使用粪源细菌群落来治疗微生态失衡的系统和方法技术方案

本发明专利技术提供了一种治疗患有微生态失衡的个体的方法，所述方法包括：确定患有微生态失衡的个体的肠道微生物组的第一代谢谱；通过向个体施用组合物来将个体的肠道微生物组的第一代谢谱改变为个体的肠道微生物组的第二代谢谱，所述组合物包含选自以下的至少一种菌种：肠氨基酸球菌(Acidaminococcus intestinalis)、卵形拟杆菌(Bacteriodes ovatus)、青春双歧杆菌(Bifidobacterium adolescentis)、长双歧杆菌(Bifidobacterium longum)、布劳特氏菌(Blautia sp.)、梭菌(Clostridium sp.)、产气柯林斯菌(Collinsella aerofaciens)、大肠杆菌(Escherichia coli)、链状真杆菌(Eubacterium desmolans)、挑剔真杆菌(Eubacterium eligens)、粘液真杆菌(Eubacterium limosum)、普氏粪杆菌(Faecalibacterum prausnitzii)、裂果胶毛螺菌(Lachnospira pectinoshiza)、干酪乳杆菌(Lactobacillus casei)、吉氏副拟杆菌(Parabacteroides distasonis)、粪罗斯氏菌(Roseburia faecalis)、肠道罗斯氏菌(Roseburia intestinalis)、瘤胃球菌(Ruminococcus sp.)、瘤胃球菌属(Ruminococcus species)和扭链瘤胃球菌(Ruminococcus torques)，其中所述组合物以足以将所述肠道微生物组的第一代谢谱改变为所述肠道微生物组的第二代谢谱的治疗有效量施用。

Systems and methods for treatment of microecological imbalance using fecal bacterial communities

The present invention provides a method for the treatment of individuals with microecological imbalance. The method includes: determining the first metabolic spectrum of an intestinal microorganism group of an individual with microecological imbalance; by applying a composition to the individual, the first metabolic spectrum of the individual intestinal microorganism group is changed into second of the individual intestinal microorganism group. The composition contains at least one species selected from the following: Acidaminococcus intestinalis, Bacteriodes ovatus, Bifidobacterium adolescentis, Bifidobacterium (Bifidobacterium longum), Blaut S (Blautia sp.), Clostridium (Clost) Ridium sp.), Collins bacteria (Collinsella aerofaciens), Escherichia coli (Escherichia coli), Eubacterium desmolans (Eubacterium desmolans), picky true bacillus (Eubacterium eligens), true bacilli (Eubacterium limosum), fecal bacilli, and Lactobacillus mucilococcus Ectinoshiza), Lactobacillus casei (Lactobacillus casei), Parabacteroides distasonis, Roseburia faecalis, Roseburia intestinalis, rumen coccus (Ruminococcus sp.), rumen coccus (Ruminococcus) and torsional chain rumen coccus Orques), the composition is used to change the first metabolic spectrum of the intestinal microorganism group into a therapeutic effective dose of the second metabolic spectrum of the intestinal microorganism group.

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】使用粪源细菌群落来治疗微生态失衡的系统和方法相关申请本申请要求2015年8月24日提交的标题为“使用全基因组分析优化用于根除艰难梭菌感染的粪便替代移植治疗(OPTIMIZINGSTOOLSUBSTITUTETRANSPLANTTHERAPYFORTHEERADICATIONOFCLOSTRIDIUMDIFFICILEINFECTIONUSINGWHOLEGENOMEANALYSIS)”的美国临时申请第62/209,149号专利申请的优先权，通过引用将其全部内容并入本文用于所有目的。
本专利技术的领域涉及胃肠疾病的治疗方法。具体而言，本专利技术提供了以包含粪源细菌群落的组合物用作治疗胃肠疾病的治疗方法为特征的系统和方法。
技术介绍
艰难梭菌(Clostridiumdifficile)是一种产毒素的革兰氏阳性杆菌，在人类肠道中过多的艰难梭菌导致产生毒素和艰难梭菌感染(CDI)的结肠炎症状。CDI是一种胃肠道的机会性(opportunistic)细菌性疾病，占所有抗生素相关性腹泻病例的15-25％。广谱全身性抗菌素使用的增加扰乱了人类肠道的生态细菌平衡，使得CDI在医疗领域日益复杂化。使用甲硝唑或口服万古霉素10-14天来治疗CDI。然而，5％-35％的接受治疗的患者复发。复发性CDI(RCDI)被定义为经适当的治疗后CDI完全消失，但治疗停止后再次感染。医学界普遍认为，RCDI不一定是由病原体本身引起的，而是由于无法重建正常的肠道细菌。包含粪源细菌群落的组合物可用于治疗CDI以及其他原因导致的微生态失衡。附图说明将参照附图进一步解释本专利技术，其中在全部几个视图中相同的结构由相同的数字表示。所示的附图不一定按比例绘制，而是通常将重点放在说明本专利技术的原理上。此外，一些特征可能被放大以显示特定组件的细节。此外，附图中示出的任何尺寸、规格等旨在说明而非限制。因此，本文公开的具体结构和功能细节不应被解释为限制性的，而仅仅是作为用于教导本领域技术人员以各种方式使用本专利技术的代表性依据。图1A-F显示本专利技术的一些实施方案的方法中采用的序列比较。图2A-F显示本专利技术的一些实施方案的方法中采用的序列比对图。图3A-C显示本专利技术的一些实施方案的方法中所采用的用于比较的一些散点图。图4A-D显示本专利技术的一些实施方案的方法中采用的用于鉴定菌种匹配的一些比较。图5A-5H显示本专利技术的一些实施方案的方法中采用的用于鉴定代谢通路的KEGG通路图。图6A-6H显示在本专利技术的一些实施方案的方法中使用的一种或多种菌种的代谢通路图。图7A-7Q显示本专利技术的一些实施方案的方法中采用的代谢通路图。图8A-8H显示本专利技术的一些实施方案的方法中采用的比较22种菌种的通路图。图9和图10显示本专利技术的一些实施方案的方法中采用的单级恒化器容器。
技术实现思路
在一些实施方案中，本专利技术提供一种方法，其中该方法治疗患有微生态失衡的个体，该方法包括：确定患有微生态失衡的个体的肠道微生物组的第一代谢谱；通过向个体施用组合物来将个体的肠道微生物组的第一代谢谱改变为个体的肠道微生物组的第二代谢谱，该组合物包含选自以下的至少一种菌株：肠氨基酸球菌(Acidaminococcusintestinalis)14LG、卵形拟杆菌(Bacteriodesovatus)5MM、青春双歧杆菌(Bifidobacteriumadolescentis)20MRS、长双歧杆菌(Bifidobacteriumlongum)、布劳特氏菌(Blautiasp.)27FM、梭菌(Clostridiumsp.)21FAA、产气柯林斯菌(Collinsellaaerofaciens)、大肠杆菌(Escherichiacoli)3FM4i、链状真杆菌(Eubacteriumdesmolans)48FAA、挑剔真杆菌(Eubacteriumeligens)F1FAA、粘液真杆菌(Eubacteriumlimosum)13LG、普氏粪杆菌(Faecalibacterumprausnitzii)40FAA、裂果胶毛螺菌(Lachnospirapectinoshiza)34FAA、干酪乳杆菌(Lactobacilluscasei)25MRS、吉氏副拟杆菌(Parabacteroidesdistasonis)5FM、粪罗斯氏菌(Roseburiafaecalis)39FAA、肠道罗斯氏菌(Roseburiaintestinalis)31FAA、瘤胃球菌(Ruminococcussp.)11FM、瘤胃球菌属(Ruminococcusspecies)和扭链瘤胃球菌(Ruminococcustorques)30FAA，其中组合物以足以将肠道微生物组的第一代谢谱改变为肠道微生物组的第二代谢谱的治疗有效量施用，其中肠道微生物组的第一代谢谱是微生态失衡的结果，其中肠道微生物组的第二代谢谱治疗患有微生态失衡的个体。在一些实施方案中，组合物以足以使细菌在个体肠道定植的治疗有效量施用。在一些实施方案中，组合物包含选自以下的至少一种菌株：16-6-I21FAA92％耳蜗形梭菌(Clostridiumcocleatum)；16-6-I2MRS95％luti布劳特氏菌属(Blautialuti)；16-6-I34FAA95％裂果胶毛螺菌；32-6-I30D6FAA96％glycyrrhizinilyum梭菌(Clostridiumglycyrrhizinilyum)；和32-6-I28D6FAA94％乳酸发酵梭菌(Clostridiumlactatifermentans)。在一些实施方案中，本专利技术提供了一种方法，其中该方法治疗患有微生态失衡的个体，该方法包括：确定患有微生态失衡的个体的肠道微生物组的第一代谢谱；通过向个体施用组合物来将个体的肠道微生物组的第一代谢谱改变为个体的肠道微生物组的第二代谢谱，所述组合物包含选自以下的至少一种菌种：肠氨基酸球菌、卵形拟杆菌、青春双歧杆菌、长双歧杆菌、布劳特氏菌、梭菌、产气柯林斯菌、大肠杆菌、链状真杆菌、挑剔真杆菌、粘液真杆菌、普氏粪杆菌、裂果胶毛螺菌、干酪乳杆菌、吉氏副拟杆菌、粪罗斯氏菌、肠道罗斯氏菌、瘤胃球菌、瘤胃球菌属和扭链瘤胃球菌，其中组合物以足以将肠道微生物组的第一代谢谱改变为肠道微生物组的第二代谢谱的治疗有效量施用，其中肠道微生物组的第一代谢谱为微生态失衡的结果，其中肠道微生物组的第二代谢谱治疗患有微生态失衡的个体。在一些实施方案中，组合物以足以使细菌在所述个体肠道定植的治疗有效量施用。在一些实施方案中，组合物包含选自以下的至少一种菌种：耳蜗形梭菌；luti布劳特氏菌；裂果胶毛螺菌；glycyrrhizinilyum梭菌；和乳酸发酵梭菌。在一些实施方案中，微生态失衡与胃肠炎症相关。在一些实施方案中，胃肠炎症为炎症性肠病、肠易激综合征、憩室病、溃疡性结肠炎、克罗恩氏病或未定型结肠炎。在一些实施方案中，微生态失衡为艰难梭菌感染。在一些实施方案中，微生态失衡为食物中毒。在一些实施方案中，微生态失衡为化疗相关的微生态失衡。具体实施方式在已经公开的那些益处和改进中，从以下结合附图的描述，本专利技术的其他目的和优点将变得显而易见。本文公开了本专利技术的详细实施方案；然而，应当理解的是，所公开的实施方案仅仅是本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种治疗患有微生态失衡的个体的方法，所述方法包括：a.确定患有微生态失衡的个体的肠道微生物组的第一代谢谱；和b.通过向个体施用组合物来将个体的肠道微生物组的第一代谢谱改变为个体的肠道微生物组的第二代谢谱，所述组合物包含选自以下的至少一种菌株：肠氨基酸球菌(Acidaminococcus intestinalis)14LG、卵形拟杆菌(Bacteriodes ovatus)5MM、青春双歧杆菌(Bifidobacterium adolescentis)20MRS、长双歧杆菌(Bifidobacterium longum)、布劳特氏菌(Blautia sp.)27FM、梭菌(Clostridium sp.)21FAA、产气柯林斯菌(Collinsella aerofaciens)、大肠杆菌(Escherichia coli)3FM4i、链状真杆菌(Eubacterium desmolans)48FAA、挑剔真杆菌(Eubacterium eligens)F1FAA、粘液真杆菌(Eubacterium limosum)13LG、普氏粪杆菌(Faecalibacterum prausnitzii)40FAA、裂果胶毛螺菌(Lachnospira pectinoshiza)34FAA、干酪乳杆菌(Lactobacillus casei)25MRS、吉氏副拟杆菌(Parabacteroides distasonis)5FM、粪罗斯氏菌(Roseburia faecalis)39FAA、肠道罗斯氏菌(Roseburia intestinalis)31FAA、瘤胃球菌(Ruminococcus sp.)11FM、瘤胃球菌属(Ruminococcus species)和扭链瘤胃球菌(Ruminococcus torques)30FAA，其中所述组合物以足以将所述肠道微生物组的第一代谢谱改变为所述肠道微生物组的第二代谢谱的治疗有效量施用，其中所述肠道微生物组的第一代谢谱为所述微生态失衡的结果，其中所述肠道微生物组的第二代谢谱治疗患有微生态失衡的个体。...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.08.24 US 62/209,1491.一种治疗患有微生态失衡的个体的方法，所述方法包括：a.确定患有微生态失衡的个体的肠道微生物组的第一代谢谱；和b.通过向个体施用组合物来将个体的肠道微生物组的第一代谢谱改变为个体的肠道微生物组的第二代谢谱，所述组合物包含选自以下的至少一种菌株：肠氨基酸球菌(Acidaminococcusintestinalis)14LG、卵形拟杆菌(Bacteriodesovatus)5MM、青春双歧杆菌(Bifidobacteriumadolescentis)20MRS、长双歧杆菌(Bifidobacteriumlongum)、布劳特氏菌(Blautiasp.)27FM、梭菌(Clostridiumsp.)21FAA、产气柯林斯菌(Collinsellaaerofaciens)、大肠杆菌(Escherichiacoli)3FM4i、链状真杆菌(Eubacteriumdesmolans)48FAA、挑剔真杆菌(Eubacteriumeligens)F1FAA、粘液真杆菌(Eubacteriumlimosum)13LG、普氏粪杆菌(Faecalibacterumprausnitzii)40FAA、裂果胶毛螺菌(Lachnospirapectinoshiza)34FAA、干酪乳杆菌(Lactobacilluscasei)25MRS、吉氏副拟杆菌(Parabacteroidesdistasonis)5FM、粪罗斯氏菌(Roseburiafaecalis)39FAA、肠道罗斯氏菌(Roseburiaintestinalis)31FAA、瘤胃球菌(Ruminococcussp.)11FM、瘤胃球菌属(Ruminococcusspecies)和扭链瘤胃球菌(Ruminococcustorques)30FAA，其中所述组合物以足以将所述肠道微生物组的第一代谢谱改变为所述肠道微生物组的第二代谢谱的治疗有效量施用，其中所述肠道微生物组的第一代谢谱为所述微生态失衡的结果，其中所述肠道微生物组的第二代谢谱治疗患有微生态失衡的个体。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述组合物以足以使细菌在所述个体肠道定植的治疗有效量施用。3.根据权利要求1所述的方法，其中所述组合物包含至少一种选自以下的菌株：16-6-I21FAA92％耳蜗形梭菌(Clostridiumcocleatum)；16-6-I2MRS95％luti布劳特氏菌(Blautialuti)；16-6...

【专利技术属性】
技术研发人员：艾玛·艾伦费尔科，
申请(专利权)人：努比约塔有限公司，
类型：发明
国别省市：美国,US