核酸序列信息的空间定位制造技术
【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】核酸序列信息的空间定位1.专利技术背景用于检测和分析组织样品中的核酸(例如mRNA或基因组DNA)的现有技术通常一次提供一种或有限数目的基因的空间或局部信息，或在没有期望位置信息的情况下提供样品中所有基因的信息。最近的兴趣聚焦于技术的发展，该技术可以在保存关于组织的空间信息的情况下对组织中的转录物组和/或基因组变异进行表征。需要表征组织样品背景下的核酸的方法。2.专利技术概述本公开提供了方法和组合物，其有助于在保存与组织中靶核酸起源有关的空间信息的情况下表征组织中的转录物组和/或基因组变异。例如，本文中公开的方法可以使得能够鉴定携带异常突变的组织生检中的细胞或细胞簇的位置。因此，本文中提供的方法可用于诊断目的，例如用于癌症的诊断，并且可能有助于选择靶向疗法。本公开提供了用于空间检测和分析组织样品中的核酸的捕捉阵列，所述捕捉阵列包含捕捉位点，所述捕捉位点包含表面上固定化的捕捉探针对，其中捕捉探针对的第一捕捉探针包含第一引物结合区和空间地址区，并且其中捕捉探针对的第二捕捉探针包含第二引物结合区和捕捉区。本公开还提供了用于空间检测和分析组织样品中的核酸的方法，所述方法包括(a)提供捕捉阵列，所述捕捉阵列包含捕捉位点，所述捕捉位点包含表面上固定化的捕捉探针对，其中捕捉探针对的第一捕捉探针包含第一引物结合区和空间地址区，且其中捕捉探针对的第二捕捉探针包含第二引物结合区和捕捉区。本公开还提供了用于空间检测和分析组织样品中的核酸的方法，所述方法包括提供包含固定化捕捉探针的磁性纳米颗粒，所述固定化捕捉探针包含捕捉区。本公开还提供了用于空间检测和分析组织样品中的核酸的方法，所...
【技术保护点】
用于空间检测和分析组织样品中的核酸的捕捉阵列，所述捕捉阵列包含捕捉位点，所述捕捉位点包含表面上固定化的捕捉探针对，其中所述捕捉探针对的第一捕捉探针包含第一引物结合区和空间地址区，且其中所述捕捉探针对的第二捕捉探针包含第二引物结合区和捕捉区。
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.07.27 US 62/197,389;2015.09.15 US 62/218,742;1.用于空间检测和分析组织样品中的核酸的捕捉阵列，所述捕捉阵列包含捕捉位点，所述捕捉位点包含表面上固定化的捕捉探针对，其中所述捕捉探针对的第一捕捉探针包含第一引物结合区和空间地址区，且其中所述捕捉探针对的第二捕捉探针包含第二引物结合区和捕捉区。2.权利要求1的捕捉阵列，其中所述第一捕捉探针不包含基因特异性区域。3.权利要求2的捕捉阵列，其中所述第二捕捉探针不包含空间地址区。4.权利要求1的捕捉阵列，其中所述捕捉位点是多个捕捉位点。5.权利要求1的捕捉阵列，其中捕捉位点中的所述捕捉探针对是多个捕捉探针对。6.权利要求5的捕捉阵列，其中相同捕捉位点内的所述多个捕捉探针对中的每个第一捕捉探针包含相同的空间地址序列。7.权利要求5的捕捉阵列，其中不同捕捉位点中的所述多个捕捉探针对包含不同空间地址序列。8.权利要求5的捕捉阵列，其中所述捕捉阵列的一个或多个捕捉位点具有相同数目的第一捕捉探针和第二捕捉探针。9.权利要求5的捕捉阵列，其中所述捕捉阵列的一个或多个捕捉位点具有比第二捕捉探针多的第一捕捉探针。10.权利要求5的捕捉阵列，其中所述捕捉阵列的一个或多个捕捉位点具有比第一捕捉探针多的第二捕捉探针。11.权利要求1的捕捉阵列，其中所述捕捉阵列整合到电泳系统中。12.权利要求11的捕捉阵列，其中每个捕捉位点在所述电泳系统中独立可电寻址。13.权利要求11的捕捉阵列，其中所述电泳系统中的所述捕捉位点配置用于转移并且捕捉来自组织样品的核酸，使得相对于其它方面相同的条件下通过被动扩散发生的被动核酸转移，来自组织样品的核酸的扩散和捕捉位点间的核酸损失实质性降低。14.权利要求1的捕捉阵列，其中所述捕捉阵列的表面是平面表面。15.权利要求1的捕捉阵列，其中所述捕捉阵列的表面是珠表面。16.权利要求1的捕捉阵列,其中所述第二捕捉探针中的所述捕捉区是基因特异性捕捉区。17.权利要求16的捕捉阵列，其中所述第二捕捉探针中的所述基因特异性捕捉区包含5’CAACGATCGTCGAAATTCGC[靶引物]3’5’[靶引物]AGATCGGAAGAGCGTCGTGTA3’其中[靶引物]是与靶核酸互补的序列。18.权利要求1的捕捉阵列，其中所述第二捕捉探针中的所述捕捉区是通用捕捉区。19.权利要求18的捕捉阵列，其中所述第二捕捉探针中的所述通用捕捉区包含随机引物序列。20.权利要求18的捕捉阵列，其中包含多聚T捕捉序列。21.用于空间检测和分析组织样品中的核酸的方法，所述方法包括(a)提供捕捉阵列，所述捕捉阵列包含捕捉位点，所述捕捉位点包含表面上固定化的捕捉探针对，其中所述捕捉探针对的第一捕捉探针包含第一引物结合区和空间地址区，且其中所述捕捉探针对的第二捕捉探针包含第二引物结合区和捕捉区。22.权利要求21的方法，其中所述第一捕捉探针不包含捕捉区。23.权利要求21的方法，其中所述第二捕捉探针不包含空间地址区。24.权利要求21的方法，所述方法还包括(b)使所述捕捉阵列与组织样品接触，使得所述阵列上捕捉位点的位置可以与所述组织样品中的位置相关联；(c)允许所述组织样品的核酸与所述第二捕捉探针的所述捕捉区杂交；(d)延伸所述第二捕捉探针的所述捕捉区以形成与所述基因特异性序列杂交的核酸的固定化第一互补链；(e)将所述固定化第一互补链与第一捕捉探针的空间地址序列连接以在两个末端固定化所述第一互补链；(f)使用与所述第一捕捉探针的第一引物结合序列互补的引物来合成第二互补链；(f)从所述捕捉阵列的表面释放所述第二互补链；(g)分析释放的第二互补链的序列，并且(h)将所述释放的第二互补链的序列与所述组织样品中的所述核酸的位置相关联。25.权利要求24的方法，其中允许所述组织样品的核酸与所述第二捕捉探针的捕捉区杂交包括将所述核酸从所述组织样品电泳转移到所述捕捉阵列上。26.权利要求24的方法，其中允许所述组织样品的核酸与所述第二捕捉探针的捕捉区杂交包括将所述核酸从所述组织样品被动扩散到所述捕捉阵列上。27.权利要求24的方法，其中分析所述释放的互补链的序列包括下一代测序。28.权利要求24的方法，其中所述组织样品的核酸包括信使核糖核酸(mRNA)。29.权利要求21的方法，其中所述第一或第二引物结合区包含SBS引物序列。30.权利要求29的方法，其中所述SBS引物序列是SBS3或SBS12序列。31.权利要求21的方法，其中所述第二捕捉探针的捕捉区包含单核苷酸变异(SNV)。32.权利要求31的方法，其中所述方法具有典型的FFPE切片中小于约0.0001％的SNV检测灵敏性，所述典型的FFPE切片包含多达100万个固定细胞。33.权利要求21的方法，其中所述第二捕捉探针中的所述捕捉区是通用捕捉区。34.权利要求33的方法，其中所述第二捕捉探针中的所述通用捕捉区包含随机引物序列。35.权利要求33的方法，其中所述第二捕捉探针中的所述捕捉区包含多聚T捕捉序列。36.权利要求21的方法，其中所述第二捕捉探针中的所述捕捉区是基因特异性捕捉区。37.权利要求36的方法，其中所述第二捕捉探针中的所述基因特异性捕捉区包含TSCA寡核苷酸探针的序列。38.用于空间检测和分析组织样品中的核酸的方法，所述方法包括提供磁性纳米颗粒，所述磁性纳米颗粒包含含有捕捉区的固定化捕捉探针。39.权利要求38的方法，其中所述捕捉区是基因特异性捕捉区。40.权利要求38的方法，其中所述捕捉区是通用捕捉区。41.权利要求38的方法，其中所述固定化捕捉探针不包含空间地址区。42.权利要求38的方法，其中所述方法还包括使所述磁性纳米颗粒与组织样品接触，使得所述组织样品上的所述磁性纳米颗粒的位置可以与所述组织样品中的核酸的位置相关联，并且允许所述核酸与所述固定化捕捉探针的所述捕捉区杂交。43.权利要求42的方法，其中所述方法还包括延伸所述固定化捕捉探针的所述捕捉区以形成与所述捕捉区杂交的核酸的固定化第一互补链。44.权利要求43的方法，其中所述方法还包括使所述组织样品与捕捉阵列接触，使得所述捕捉阵列上的捕捉位点的位置可以与所述组织样品中的位置相关联，其中所述捕捉阵列包含捕捉位点，所述捕捉位点包含表面上固定化的捕捉探针，其中所述捕捉探针包含可切割区域、空间地址区和基因特异性区域。45.权利要求44的方法，其中所述方法还包括对所述捕捉阵列和组织样品施加磁场以将具有所述固定化第一互补链的所述磁性纳米颗粒转移到所述捕捉阵列，并且允许所述固定化第一互补链与所述捕捉阵列上的所述捕捉探针的捕捉区杂交。46.权利要求45的方法，其中所述方法还包括延伸所述捕捉阵列上所述捕捉探针的所述捕捉区以形成所述核酸的固定化第二互补链。47.权利要求46的方法，其中所述方法还包括切割可切割域处所述捕捉阵列上的所述捕捉探针以从所述捕捉阵列的表面释放空间标签化第二互补链。48.权利要求47的方法，其中所述方法还包括分析释放的空间标签化第二互补链...
【专利技术属性】
技术研发人员：A索，L刘，MJR沈，N萨拉蒂亚，KM斯蒂芬斯，A雅格，T威尔逊，J富勒顿，SM拉米雷兹，S卡普兰，R潘托贾，BM文卡特桑，S莫迪亚诺，
申请(专利权)人：亿明达股份有限公司，
类型：发明
国别省市：美国,US
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