一种用于鉴定北京鸭的分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术提供了一种用于鉴定北京鸭的分子标记及其应用，该分子标记包括3个SNP分子标记中的任一个，用于检测这些SNP分子标记的特异性引物分别如SEQ ID NO.1‑2、SEQ ID NO.3‑4、SEQ ID NO.5‑6所示。利用上述3对引物中的任一对引物均能实现将北京鸭从其他鸭中准确、迅速地鉴别出来。用本发明专利技术提供的分子标记鉴定北京鸭，操作简单，特异性高、重复性好，极大地促进了北京鸭品种资源的正确保存和合理利用，同时为保障消费者权益提供了巨大的便利，在北京鸭的育种领域具有良好的应用前景。

A molecular marker for identification of Beijing duck and its application

The present invention provides a molecular marker for identification of Beijing duck and its application, which includes either of 3 SNP molecular markers, and specific primers for detecting these SNP markers such as SEQ ID NO.1 2, SEQ ID NO.3 NO.3 4, SEQ ID NO.5 NO.5 6. Using either of the 3 primers, all primers can accurately and quickly identify Beijing duck from other ducks. The identification of Beijing duck with the molecular markers provided by this invention has simple operation, high specificity and good repeatability. It greatly promotes the correct preservation and rational utilization of Beijing Duck Variety Resources, and provides great convenience for the protection of the rights and interests of consumers, and has a good application prospect in the breeding field of Beijing duck.

【技术实现步骤摘要】
一种用于鉴定北京鸭的分子标记及其应用
本专利技术涉及分子生物学
，具体涉及用于鉴定北京鸭的SNP分子标记、以及鉴定北京鸭的方法。
技术介绍
北京鸭是闻名中外的家鸭优良品种，也是世界著名的优良肉用鸭标准品种。樱桃谷鸭是以北京鸭和埃里斯伯里鸭作为亲本经杂交选育而成的优良品种，是世界著名的瘦肉型鸭。北京鸭和樱桃谷鸭在外形、羽色、遗传等方面都具有极大地相似，但其在某些生产性能还是存在着明显差异。北京鸭体型硕大丰满，挺拔美观。头较大。喙中等大小。眼大而明亮。颈粗、中等长。体躯长方，前部昂起，与地面约是30°角，背宽平，胸部丰满，胸骨长而直.两翅较小而紧附于体躯。尾短而上翘，公鸭有4根卷起的性羽。产蛋母鸭因输卵管发达而腹部丰满，显得后躯大于前躯，腿短粗，蹼宽厚。全身羽毛丰满，羽色纯白并带有奶油光泽；喙、胫、蹼橙黄色或橘红色；虹彩蓝灰色。作为我国著名的肉鸭品种，北京鸭具有很多特点，具体包括以下几个方面：(1)生长速度快。刚出生时北京鸭体重约56克，60天就可达2～2.5千克。雄鸭可长到3～4千克。(2)良好的肥肝性能：北京鸭是国内外生产肥肝的主要鸭种。(3)产蛋性能：北京鸭不仅具有优良肉用性能，而且具有很高的产蛋性能，年产蛋量达到200多个。(4)育肥性能优异：北京鸭的皮脂率、腹脂率较高，育肥性能好。SNP是singlenucleotidepolymorphism的缩写，是指在基因组上单个核苷酸的变异，形成的遗传标记，其数量很多，多态性丰富。SNP包括单个碱基的转换或颠换，也包括插入或缺失，在整个基因组上具有高密度性，因此不同鸭品种基因组的SNP标记可以在育种过程中进行相关品种的精准鉴定。在品种鉴定或是种质资源改良过程中，根据鸭品种间SNP进行鉴别，这样就可以改变传统鉴定或育种的盲目性，而且极大的减小了群体大小，节省成本。利用本专利技术所提供的SNP分子标记，能够将北京鸭从其他品种鸭中鉴定出来，具有速度快、成本低、准确度高的特点。
技术实现思路
本专利技术的第一个目的是提供一种用于鉴定北京鸭的SNP分子标记。本专利技术的另一个目的是提供该SNP分子标记在鉴定北京鸭中的应用。为了实现本专利技术的目的，本专利技术利用重测序手段对不同鸭种(樱桃谷鸭、北京鸭、枫叶鸭、金定鸭、绍兴鸭、山麻鸭、高邮鸭)进行测序，通过对不同鸭种间的DNA序列进行筛查比对，找到含北京谷鸭特异性SNP位点的序列，并对这段序列设计引物进行PCR扩增和测序验证，通过分子生物学技术手段，找到一种分子标记，可以迅速准确将北京鸭从其他品种鸭中鉴定出来。具体地，本专利技术测定SNP位点的方法，按照以下步骤进行：1)样品采集：北京鸭、樱桃谷鸭、枫叶鸭、金定鸭、绍兴鸭、山麻鸭、高邮鸭共7个群体，不分雌雄，每个鸭群体8个个体。2)测序：利用Tris酚-氯仿抽提技术提取出鸭DNA，经过DNA质检和构建文库后，对合格DNA对进行重测序，平均每个个体的测序深度为6.45X。3)SNP位点的检测：对原始reads进行质量评估，删除一些低质量reads，然后将质控后合格的reads组装到鸭参考基因组上，将所得reads与参考基因组比对得到SNP。4)特异性SNP的寻找：利用perlscript程序对这些SNP位点进行比对，找到特异性存在于北京鸭中的SNP位点，并对这些SNP位点进行质控，排除低质量SNP以及大多数的假阳性变异，最终筛选出满足质控条件的特异性SNP位点。进一步地，本专利技术提供了一种用于鉴定北京鸭的分子标记，其为以下任一个SNP分子标记：(1)位于基因组版本BGI_duck_1.0:KB742833.1:5314392，多态性为G/A；(2)位于基因组版本BGI_duck_1.0:KB742464.1：2429464，多态性为T/G；(3)位于基因组版本BGI_duck_1.0:KB742878.1：713230，多态性为C/A。上述第(1)-(3)的分子标记可分别通过以下引物对扩增得到：(1)SEQIDNO.1-2；(2)SEQIDNO.3-4；(3)SEQIDNO.5-6。进一步地，本专利技术提供了用于鉴定北京鸭的引物对，其为以下任一对或多对引物：(1)SEQIDNO.1-2；(2)SEQIDNO.3-4；(3)SEQIDNO.5-6。本专利技术提供了上述分子标记在鸭育种中的应用。本专利技术提供了上述分子标记在鉴定北京鸭品种中的应用。本专利技术提供一种鉴定北京鸭的方法，包括以下步骤：(1)提取待测鸭基因组DNA，以其为模板，利用上述(1)-(3)任一对或多对引物进行PCR；(2)对扩增产物进行测序，检测相应SNP位点的基因型。若采用第(1)对引物，则对扩增产物进行测序时，检测扩增产物中对应基因组版本BGI_duck_1.0:KB742833.1:5314392处的碱基，若为A，待测鸭为北京鸭，若为G，则待测鸭不是北京鸭；若采用第(2)对引物，则对扩增产物进行测序时，检测扩增产物中对应基因组版本BGI_duck_1.0:KB742464.1：2429464的碱基，若为G，待测鸭为北京鸭，若为T，则待测鸭不是北京鸭；若采用第(3)对引物，则对扩增产物进行测序时，检测扩增产物中对应基因组版本BGI_duck_1.0:KB742878.1：713230的碱基，若为A，待测鸭为北京鸭，若为C，则待测鸭不是北京鸭。本专利技术提供的鉴定北京鸭的方法中，步骤(1)中PCR扩增反应使用的扩增体系，当体系25ul时配制如下：上下游引物各0.5ul，浓度10pmol/L；ddH2O10.5ul；2×TaqPCRMix12.5ul；DNA模板1ul，浓度100ng/ul；扩增程序：94℃预变性5min，94℃30s，60℃40s，72℃30s，35个循环，最后72℃延伸10min。本专利技术还提供了含有上述(1)-(3)任一对或多对引物对的用于鉴定北京鸭品种的试剂盒。本专利技术还提供了上述SNP分子标记或引物对或试剂盒在鸭种质资源改良中的应用。本专利技术还提供了上述SNP分子标记或引物对或试剂盒在鸭品种鉴定中的应用。优选地，用于鉴定北京鸭。本专利技术的发现的用于鉴定北京鸭的SNP标记及其应用具有如下优点：(1)本专利技术所选择的SNP位点是独特的，具有很高的广义遗传力，能比较准确的区分北京鸭与其他品种鸭。(2)本专利技术的SNP分子标记可进行准确地鉴定，显著促进北京鸭品种鉴定和培育。(3)本专利技术检测方法操作简便，速度快、成本低、准确度高。这些SNP位点既可以为北京鸭品种资源的正确保存和合理利用增添新的科学依据，也可以作为北京鸭特异性分子标记位点并为商品鸭提供屠体标识，从根本上保护育种单位的知识产权和消费者利益。附图说明图1为SNP分子标记位点即KB742833.1检测样品DNA测序峰图，峰图清晰，杂带很少，由图示可知北京鸭在此位点的突变为G/A,而其他鸭种没有发生突变。图2为SNP分子标记位点即KB742464.1检测样品DNA测序峰图，峰图清晰，杂带很少，由图示可知北京鸭在此位点的突变为T/G，而其他鸭种没有发生突变。图3为SNP分子标记位点即KB742878.1检测样品DNA测序峰图，峰图清晰，杂带很少，由图示可知北京鸭在此位点的突变为C/A，而其他鸭种没有发生突变。具体实施方式以下的实施例便于更好地理解本专利技术，但并不限定本专利技术。下述实本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种用于鉴定北京鸭的分子标记，其特征在于，其为以下任一个SNP分子标记，(1)位于基因组版本BGI_duck_1.0:KB742833.1:5314392，多态性为G/A；(2)位于基因组版本BGI_duck_1.0:KB742464.1：2429464，多态性为T/G；(3)位于基因组版本BGI_duck_1.0:KB742878.1：713230，多态性为C/A。

【技术特征摘要】
1.一种用于鉴定北京鸭的分子标记，其特征在于，其为以下任一个SNP分子标记，(1)位于基因组版本BGI_duck_1.0:KB742833.1:5314392，多态性为G/A；(2)位于基因组版本BGI_duck_1.0:KB742464.1：2429464，多态性为T/G；(3)位于基因组版本BGI_duck_1.0:KB742878.1：713230，多态性为C/A。2.如权利要求1所述的分子标记，其特征在于，其(1)-(3)的分子标记可分别通过以下引物对扩增得到：(1)SEQIDNO.1-2；(2)SEQIDNO.3-4；(3)SEQIDNO.5-6。3.用于鉴定北京鸭的引物对，其特征在于，其为以下任一对或多对引物：(1)SEQIDNO.1-2；(2)SEQIDNO.3-4；(3)SEQIDNO.5-6。4.权利要求1或2所述的分子标记在鸭育种中的应用。5.权利要求1或2所述的分子标记在鉴定北京鸭品种中的应用。6.一种鉴定北京鸭的方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)提取待测鸭基因组DNA，以其为模板，利用权利要求3所述引物对进行PCR；(2)对扩增产物进行测序，检测相应SNP位点的基因型。7.如权利要求6所示的方法，其特征在于，若采用第(1)对引物，则对扩增产...

【专利技术属性】
技术研发人员：曲鲁江，谷洪昌，张泽宾，贾亚雄，王梁，朱涛，吕学泽，陈余，
申请(专利权)人：中国农业大学，
类型：发明
国别省市：北京,11