犬髋关节发育不良相关SNP标志物组制造技术

本发明专利技术提供了检测SNP位点基因型的试剂在制备预测拉布拉多犬或金毛巡回猎犬犬髋关节发育不良（CHD）的试剂盒中的应用，其中SNP位点选自下列位点中的一个或多个：BICF2P772455、BICF2P548082、BICF2G630339806、BICF2G630558239、BICF2G630227898、BICF2S230609、BICF2S2452559、TIGRP2P265674、BICF2P1086886、BICF2P355865、BICF2P281364、BICF2S2367279。

【技术实现步骤摘要】
犬髋关节发育不良相关SNP标志物组
本专利技术属于兽医分子生物学诊断领域，具体地说，本申请涉及检测SNP位点组基因型的试剂在制备预测犬髋关节发育不良（CHD）的试剂盒中的应用以及相应的试剂盒产品。
技术介绍
犬髋关节发育不良（Caninehipdysplasia，CHD）是一种几乎存在于所有犬种中的常见遗传病。所有品种的犬均可发生髋关节发育不良，其发病率在品种间有差异。据动物矫形外科基金会（OFA）的资料报道，不同品种的发病率从1%-75%不等(Janutta&Distl,2006)，且大型犬发病率更高，其中尤以拉布拉多犬、金毛寻回猎犬、伯恩山犬和德国牧羊犬中最常见。该病是由于在犬发育过程中肌肉与骨骼以不同速度发育成熟，致使主要依赖肌肉组织固定的髋关节变松弛，从而引发变性性骨关节病以及髋关节半脱位、甚至脱位，而最终导致髋关节发育异常。犬髋关节发育不良是一种多基因控制的遗传性疾病，此外这种疾病的发生和发展还受到环境、营养状况等因素的影响。该病属于多基因遗传病，不同个体间病症差异较大，病理变化是一个从非常轻微的变化到几乎没有髋臼的完全脱位的连续过程。目前针对CHD的诊断和预防都是建立在通过X光拍摄进行诊断，目前被普遍认可的是美国宾西法利亚大学推广的Pennyhip方法，即通过髋关节与股骨头的位置关系和关节的炎症程度对犬进行诊断(Vezzoni&Tavola,2015)。但是X光片诊断法虽然最早在四月龄时就可以进行，但是繁育期之前的幼犬由于年龄较轻，犬肌肉和骨骼尚未发育完全，导致诊断的准确率很低。因此，很难通过选育的方法有效地杜绝该病的发生。基因检测在幼犬出生后就可以进行，对于携带致病基因的犬可以在其性成熟前就得到确诊，从而避免其参与繁育，这样就可以有效提高犬质量，降低下一代的发病率（据统计，正常双亲的后代，CHD的发生率是37.5%；双亲之一患CHD，后代的发生率为44.7%；双亲都患CHD，后代患病率则高达84.1%。）。目前对于CHD致病基因的研究已经取得了一定进展，尤其是当狗的全基因组序列完成测序并且获得了超过250万个SNP位点后(Lindblad-Tohetal.,2005)，更是加快了该项研究的速度。目前已经在多个犬种中定位了几十个致病位点(Bartoloméetal.,2015;Fels,Marschall,Philipp,&Distl,2014;Pfahler&Distl,2012)。例如Bartolomé等（Bartolomé,N.,Segarra,S.,Artieda,M.,Francino,O.,Sánchez,E.,Szczypiorska,M.,Martínez,A.(2015).Ageneticpredictivemodelforcaninehipdysplasia:Integrationofgenomewideassociationstudy(gwas)andcandidategeneapproaches.PloSone,10(4),e0122558）通过将患有CHD的拉布拉多犬和正常拉布拉多犬进行全基因组关联分析（GWAS），在17万个SNP位点中定位到了7个与CHD相关的突变位点。这7个SNP位点分布于犬的七条不同的染色体上，涵盖了拉布拉多犬中85%的CHD遗传力因素，文献中诊断灵敏度达到80%，而诊断特异性达到78%。申请人阅读Bartolomé文献后，在拉布拉多犬中使用文献中的7个位点选育，并尝试将这七个位点用于尚缺乏研究的金毛巡回猎犬中。在拉布拉多犬中取得了一定的效果。但实践结果表明，该7个位点在拉布拉多犬中效果不佳，特别是特异性不足（可能与繁育基地中犬的品种和亲缘关系有关，文献中使用的是较纯正的欧洲和美国血统，国内拉布拉多犬血统纯正度一般不高），而且该7个位点在金毛巡回猎犬金毛巡回猎犬中效果更差。此外。检测SNP位点时，直接测序法和荧光探针法有反应次数多和探针标记复杂，费用高的问题。
技术实现思路
为解决上述问题，一方面，申请人查阅大量相关文献总结出数十个可能与CHD相关的位点，对拉布拉多犬和金毛巡回猎犬中这些SNP与疾病的关联进行了重新统计分析，确定了适合中国常见拉布拉多犬和金毛巡回猎犬种犬髋关节发育不良预测的SNP组合；另一方面，申请人采用等位基因特异性PCR技术（allele-specificPCR）和后标记荧光技术（post-labelingmethod），从而达到在同一反应中同时检测多个SNP位点的目的，并且只需要两条标记荧光的通用引物即可，节省了费用。一方面，本专利技术提供了检测SNP位点基因型的试剂在制备预测犬髋关节发育不良（CHD）的试剂盒中的应用，其中SNP位点选自下列位点中的一个或多个：BICF2P772455、BICF2P548082、BICF2G630339806、BICF2G630558239、BICF2G630227898、BICF2S230609、BICF2S2452559、TIGRP2P265674、BICF2P1086886、BICF2P355865、BICF2P281364、BICF2S2367279。进一步的方面，其中犬为拉布拉多犬或金毛巡回猎犬。进一步的方面，其中犬为金毛巡回猎犬。进一步的方面，其中检测SNP位点基因型的试剂为引物，引物序列和标记为：通用引物：SEQIDNO.1和SEQIDNO.2，SEQIDNO.1和SEQIDNO.2的5’端分别标记6-FAM和ROX；BICF2P772455：SEQIDNO.3、SEQIDNO.4和SEQIDNO.5；BICF2P548082：SEQIDNO.6、SEQIDNO.7和SEQIDNO.8；BICF2G630339806：SEQIDNO.9、SEQIDNO.10和SEQIDNO.11；BICF2G630558239：SEQIDNO.12、SEQIDNO.13和SEQIDNO.14；BICF2G630227898：SEQIDNO.15、SEQIDNO.16和SEQIDNO.17；BICF2S230609：SEQIDNO.18、SEQIDNO.19和SEQIDNO.20；BICF2S2452559：SEQIDNO.21、SEQIDNO.22和SEQIDNO.23；TIGRP2P265674：SEQIDNO.24、SEQIDNO.25和SEQIDNO.26；BICF2P1086886：SEQIDNO.27、SEQIDNO.28和SEQIDNO.29；BICF2P355865：SEQIDNO.30、SEQIDNO.31和SEQIDNO.32；BICF2P281364：SEQIDNO.33、SEQIDNO.34和SEQIDNO.35；BICF2S2367279：SEQIDNO.36、SEQIDNO.37和SEQIDNO.38。进一步的方面，其中SNP位点为：BICF2G630227898，BICF2G630339806，BICF2S230609，BICF2G630558239，BICF2P355865，和BICF2P281364；或者BICF2S2367279，BICF2P281364，BICF2P1086886，BICF2P355865，BICF2G本文档来自技高网...

【技术保护点】
检测SNP位点基因型的试剂在制备预测犬髋关节发育不良（CHD）的试剂盒中的应用，其中SNP位点选自下列位点中的一个或多个：BICF2P772455、BICF2P548082、BICF2G630339806、BICF2G630558239、BICF2G630227898、BICF2S230609、BICF2S2452559、TIGRP2P265674、BICF2P1086886、BICF2P355865、BICF2P281364、BICF2S2367279。

【技术特征摘要】
1.检测SNP位点基因型的试剂在制备预测犬髋关节发育不良（CHD）的试剂盒中的应用，其中SNP位点选自下列位点中的一个或多个：BICF2P772455、BICF2P548082、BICF2G630339806、BICF2G630558239、BICF2G630227898、BICF2S230609、BICF2S2452559、TIGRP2P265674、BICF2P1086886、BICF2P355865、BICF2P281364、BICF2S2367279。2.权利要求1的应用，其中犬为拉布拉多犬或金毛巡回猎犬。3.权利要求2的应用，其中犬为金毛巡回猎犬。4.权利要求1-3任一项的应用，其中检测SNP位点基因型的试剂为引物，引物序列和标记为：通用引物：SEQIDNO.1和SEQIDNO.2，SEQIDNO.1和SEQIDNO.2的5’端分别标记6-FAM和ROX；BICF2P772455：SEQIDNO.3、SEQIDNO.4和SEQIDNO.5；BICF2P548082：SEQIDNO.6、SEQIDNO.7和SEQIDNO.8；BICF2G630339806：SEQIDNO.9、SEQIDNO.10和SEQIDNO.11；BICF2G630558239：SEQIDNO.12、SEQIDNO.13和SEQIDNO.14；BICF2G630227898：SEQIDNO.15、SEQIDNO.16和SEQIDNO.17；BICF2S230609：SEQIDNO.18、SEQIDNO.19和SEQIDNO.20；BICF2S2452559：SEQIDNO.21、SEQIDNO.22和SEQIDNO.23TIGRP2P265674：SEQIDNO.24、SEQIDNO.25和SEQIDNO.26；BICF2P1086886：SEQIDNO.27、SEQIDNO.28和SEQIDNO.29；BICF2P355865：SEQIDNO.30、SEQIDNO.31和SEQIDNO.32；BICF2P281364：SEQIDNO.33、SEQIDNO.34和SEQIDNO.35；BICF2S2367279：SEQIDNO.36、SEQIDNO.37和SEQIDNO.38。5.权利要求1-4任一项的应用，其中SNP位点为：BICF2G630227898，BICF2G630339806，BICF2S230609，BICF2G630558239，BICF2P355865，和BICF2P281364；或者BICF2S2367279，BICF2P281364，BICF2P1086886，BICF2P355865，BICF2G630227898，BICF2S230609，和BICF2P548082。6.预测犬髋关节发育不良（CHD）的...

【专利技术属性】
技术研发人员：王博石，
申请(专利权)人：王博石，
类型：发明
国别省市：北京,11