筛选与少根浮萍根生长相关的分子标记的方法技术

本发明专利技术公开了一种筛选与少根浮萍根生长相关的分子标记的方法。本发明专利技术公开了一种筛选少根紫萍根生长相关的分子标记的方法，包括克隆体培养、基因组DNA提取、设计微卫星引物、PCR扩增和数据统计与分析。有益效果为：本发明专利技术可快速得到大量的经微卫星引物标记的少根紫萍的DNA序列，微卫星标记检测速度快，可快速获得少根紫萍Sp16、Sp51及Sp53遗传标记基因座呈现高度遗传变异的多态性图谱。少根紫萍总根长/片和平均根长/片与Sp16、Sp51及Sp53显著相关（P<0.001）。了解基因型差异对紫萍生长以及污染物净化能力的影响，提高废水的生物治理效率。

Screening of molecular markers associated with root growth of small duckweed

The present invention discloses a method for screening molecular markers associated with the growth of roots of little duckweed. The invention discloses a method for screening small molecular markers related to the growth of duckweed root root method, including clone culture, genomic DNA extraction, PCR amplification, microsatellite primer design and data statistics and analysis. The beneficial effect is: DNA sequence spirodelaoligorrhiza the invention can quickly get a lot of the microsatellite markers, microsatellite marker detection speed, can be quickly obtained spirodelaoligorrhiza Sp16, Sp51 and Sp53 genetic marker loci are highly polymorphic patterns of genetic variation. Spirodelaoligorrhiza total root length and average root length / piece / slice with Sp16, Sp51 and Sp53 were significantly correlated (P< 0.001). To understand the influence of genotypic differences in the purification capacity of Duckweed growth and pollution, improve the efficiency of biological treatment of wastewater.

【技术实现步骤摘要】
筛选与少根浮萍根生长相关的分子标记的方法
本专利技术涉及DNA分子标记
，具体是一种筛选少根紫萍根生长相关的分子标记的方法。
技术介绍
富、高度杂合且稳定性好、遵循孟德尔分离定律共显性遗传、易于PCR扩增等特点，已成为近年来广泛应用的DNA标记，常应用于生物资源的家系谱系认证、基因连锁分析、遗传图谱构建、种质鉴定、种群遗传多样性等许多研究领域。在自然环境中，少根紫萍基本以无性生殖进行繁殖，当环境条件适宜时2天即可克隆出一代，种群遗传多样性水平较低。现有技术提供多种卫星标记的检测方法，例如，中国专利技术授权专利文献一种锈斑蟳微卫星标记的快速检测方法授权公告号CN103305611B该专利技术涉及一种锈斑蟳微卫星标记的快速检测方法，包括：（1）锈斑蟳基因组DNA的提取；（2）根据GeneBank数据库中锈斑蟳的功能基因序列，获得含有微卫星重复的基因序列；（3）微卫星标记引物的设计；（4）锈斑蟳不同个体的基因组DNA的PCR扩增；（5）PCR产物的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。该专利技术的检测方法具有快速、准确、灵敏等优点，能够直观地检测出锈斑蟳不同个体的基因型，从而快速获得锈斑蟳在功能基因微卫星位点遗传变异的多态性图谱，该微卫星标记可应用于锈斑蟳遗传变异与种群遗传多样性分析等领域，但微卫星标记检测速度还有提升空间。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供一种快速筛选与少根紫萍根生长相关的分子标记方法，清晰少根紫萍的根数/片、总根长/片和平均根长/片与相关DNA位点的关系。本专利技术针对
技术介绍
中提到的问题，采取的技术方案为：筛选少根紫萍根生长相关的分子标记的方法，包括克隆体培养、基因组DNA提取、设计微卫星引物、PCR扩增和数据统计与分析。作为优选，植株克隆体培养的营养液成份及其浓度为：氮0.3~0.4g/L、磷酐0.1~0.15g/L、氧化钾0.16~0.23g/L、氧化镁0.01~0.015g/L和硫0.012~0.02g/L。上述营养液能全面提供少根紫萍生长所需的大量元素和微量元素，无性繁殖速度快，基因突变的概率低，可得到大量基因相同的植株，样本量足。作为优选，植株克隆体在光照培养箱中进行室内培养50~70d，培养条件为22.5~23.5℃，湿度73~83%，光照强度为1800~2200lux，光暗时间14~16:10~8h。上述培养条件下，少根紫萍的光合作用强，生长速度快。作为优选，微卫星引物为Sp16：F:GGATCTGTATATGCCCTCTCT；R:GCCGCTATCTCAGGTCTTGCT；Sp51：F:CTCGCACATCAGTTCACAGGA；R:TCAGACATCTGGCGCAGTAGA；Sp53：F:AGGACGACGACCTCTACTGCC；R:TACGAGTTCTGCGGACCATCA。作为优选，PCR扩增体系为18~22ul，其中包括3.4~4.2UTaqDNA聚合酶（Sangon）、1.6~2.2ul10×PCRbuffer、0.7~0.9mMdNTP、上游、下游引物各0.3mM、50~100ngDNA模板，ddH2O补至终体积20ul；在Bio-RadPCR扩增仪上进行扩增，扩增程序为92~96℃预变性4.5~5.6min；93~96℃变性28~33s，52~56℃复性33~37s，70~75℃延伸36~43s，共33~38个循环；最终70~75℃延伸2.5~3.4min。上述PCR扩增可快速得到大量的经微卫星引物标记的少根紫萍的DNA序列。作为优选，数据统计与分析为对紫萍克隆的根数/片、总根长/片和平均根长/片进行统计描述，应用单因素方差分析和最小显著差数法或DunnettT3非参数多重比较两两基因型生长性状特征之间的差异性；应用一般线性模型过程对根数/片、总根长/片和平均根长/片性状与微卫星位点的关联性进行最小二乘分析,并对同一位点的各基因型进行多重比较。少根紫萍总根长/片和平均根长/片与Sp16、Sp51及Sp53显著相关（P<0.001）。与现有技术相比，本专利技术的优点在于：本专利技术可快速得到大量的经微卫星引物标记的少根紫萍的DNA序列，微卫星标记检测速度快，可快速获得少根紫萍Sp16、Sp51及Sp53遗传标记基因座呈现高度遗传变异的多态性图谱。少根紫萍总根长/片和平均根长/片与Sp16、Sp51及Sp53显著相关（P<0.001）。了解基因型差异对紫萍生长以及污染物净化能力的影响，提高废水的生物治理效率。具体实施例下面通过实施例对本专利技术方案作进一步说明：实施例1：筛选少根紫萍根生长相关的分子标记的方法，包括克隆体培养、基因组DNA提取、设计微卫星引物、PCR扩增和数据统计与分析。植株克隆体培养的营养液成份及其浓度为：氮0.3~0.4g/L、磷酐0.1~0.15g/L、氧化钾0.16~0.23g/L、氧化镁0.01~0.015g/L和硫0.012~0.02g/L。上述营养液能全面提供少根紫萍生长所需的大量元素和微量元素，无性繁殖速度快，基因突变的概率低，可得到大量基因相同的植株，样本量足。植株克隆体在光照培养箱中进行室内培养50~70d，培养条件为22.5~23.5℃，湿度73~83%，光照强度为1800~2200lux，光暗时间14~16:10~8h。上述培养条件下，少根紫萍的光合作用强，生长速度快。微卫星引物为：Sp16：F:GGATCTGTATATGCCCTCTCT；R:GCCGCTATCTCAGGTCTTGCT；Sp51：F:CTCGCACATCAGTTCACAGGA；R:TCAGACATCTGGCGCAGTAGA；Sp53：F:AGGACGACGACCTCTACTGCC；R:TACGAGTTCTGCGGACCATCA。PCR扩增体系为18~22ul，其中包括3.4~4.2UTaqDNA聚合酶（Sangon）、1.6~2.2ul10×PCRbuffer、0.7~0.9mMdNTP、上游、下游引物各0.3mM、50~100ngDNA模板，ddH2O补至终体积20ul；在Bio-RadPCR扩增仪上进行扩增，扩增程序为92~96℃预变性4.5~5.6min；93~96℃变性28~33s，52~56℃复性33~37s，70~75℃延伸36~43s，共33~38个循环；最终70~75℃延伸2.5~3.4min。上述PCR扩增可快速得到大量的经微卫星引物标记的少根紫萍的DNA序列。数据统计与分析为对紫萍克隆的根数/片、总根长/片和平均根长/片进行统计描述，应用单因素方差分析和最小显著差数法或DunnettT3非参数多重比较两两基因型生长性状特征之间的差异性；应用一般线性模型过程对根数/片、总根长/片和平均根长/片性状与微卫星位点的关联性进行最小二乘分析,并对同一位点的各基因型进行多重比较。少根紫萍总根长/片和平均根长/片与Sp16、Sp51及Sp53显著相关（P<0.001）。实施例2：筛选少根紫萍根生长相关的分子标记的方法，包括克隆体培养、基因组DNA提取、设计微卫星引物、PCR扩增和数据统计与分析。植株克隆体培养的营养液成份及其浓度为：氮0.32g/L、磷酐0.12g/L、氧化钾0.19g/L、氧化镁0.012g/L和硫0.016g/L。上述营养液能全面提本文档来自技高网...

【技术保护点】
筛选与少根紫萍根生长相关的分子标记的方法，其特征在于：所述的方法包括克隆体培养、基因组DNA提取、设计微卫星引物、PCR扩增和数据统计与分析。

【技术特征摘要】
1.筛选与少根紫萍根生长相关的分子标记的方法，其特征在于：所述的方法包括克隆体培养、基因组DNA提取、设计微卫星引物、PCR扩增和数据统计与分析。2.根据权利要求1所述的筛选与少根紫萍根生长相关的分子标记的方法，其特征在于：所述的植株克隆体培养的营养液成份及其浓度为：氮0.3~0.4g/L、磷酐0.1~0.15g/L、氧化钾0.16~0.23g/L、氧化镁0.01~0.015g/L和硫0.012~0.02g/L。3.根据权利要求1所述的筛选与少根紫萍根生长相关的分子标记的方法，其特征在于：所述的植株克隆体在光照培养箱中进行室内培养50~70d，培养条件为22.5~23.5℃，湿度73~83%，光照强度为1800~2200lux，光暗时间14~16:10~8h。4.根据权利要求1所述的筛选与少根紫萍根生长相关的分子标记的方法，其特征在于：所述的微卫星引物为：Sp16：F:GGATCTGTATATGCCCTCTCT；R:GCCGCTATCTCAGGTCTTGCT；Sp51：F:CTCGCACATCAGTTCACAGGA；R:TCAGACATCTGGCGCAGTAGA；Sp53：F:AGGACGACGACCTCTACT...

【专利技术属性】
技术研发人员：徐娜娜，徐嘉俊，朱旭辉，
申请(专利权)人：浙江海洋大学，
类型：发明
国别省市：浙江,33