一组用于区分我国育成芝麻品种的SNP分子标记制造技术

本发明专利技术属于生物育种技术领域，具体涉及一组可准确区分我国育成芝麻品种的SNP标记。针对我国现有151个育成芝麻品种，本申请有针对性地进行了SNP标记筛选和开发工作，通过筛选所确定的15个多态性SNP标记，最终成功构建了151份我国芝麻品种的SNP指纹图谱。与现有芝麻品种鉴定方法相比，本发明专利技术开发了用于区分芝麻品种的一组多态性SNP标记；可为快速鉴定和评价芝麻品种特异性和亲缘关系提供了技术支撑，可为建立芝麻分子辅助育种技术平台提供了理论和数据支持，可为选育优异麻新品种提供了高效检测方法；可为评价我国芝麻品种遗传特征、特定芝麻品种鉴定等工作提供了理论依据和技术手段，具有较为重要的理论价值和应用意义。

A set of SNP molecular markers for differentiation of sesame varieties bred in China

The invention belongs to the technical field of biological breeding, and in particular relates to a set of SNP markers for accurately distinguishing the varieties of sesame varieties bred in china. According to China's existing 151 cultivars of sesame varieties, this application targeted for SNP marker screening and development work, through the screening of 15 polymorphic SNP markers are determined, finally successfully constructed 151 Sesame Varieties in China SNP fingerprint. Compared with the existing Sesame Variety identification method, the invention is developed for a group of polymorphic SNP markers to distinguish sesame varieties; provide technical support for the rapid identification and evaluation of sesame varieties specificity and phylogenetic relationship, can provide theoretical and data support for the establishment of sesame molecular assisted breeding technology platform, which can provide an efficient detection method for the breeding of excellent new varieties of hemp; can provide theoretical basis and technical means for the evaluation of sesame varieties genetic characteristics, our country specific sesame cultivar identification work has important theoretical value and practical significance.

【技术实现步骤摘要】
一组用于区分我国育成芝麻品种的SNP分子标记
本专利技术属于生物育种
，具体涉及一组可准确区分我国育成芝麻品种的SNP标记。
技术介绍
芝麻（SesamumindicumL.，2n=26），属胡麻科胡麻属，是我国重要的特色优质油料作物。自上世纪60年代以来至今，我国共育成芝麻新品种151份，其中白芝麻品种135份，黑芝麻品种16份。受芝麻种质遗传基础狭窄、少量优异亲本使用率高等因素影响，目前我国芝麻主栽品种间的遗传差异越来越小，田间表型较为相似，采用田间形态性状指标区分和鉴定芝麻品种的准确度差；加之形态鉴定方法周期长，易受环境及主观因素影响，鉴定结果可靠性较低。因此，开发用于区分不同芝麻品种的分子标记十分必要。利用SSR、SNP等分子标记建立的植物DNA指纹鉴定技术，可以用于区分同种植物个体在分子水平上的差异，结果准确、可靠，检测快速，在新品种选育与鉴定方面得到广泛应用。在众多分子标记中，单核苷酸多态位点（SNP）标记具有数量多、分布广、多态性丰富、遗传稳定且二等位基因等特点，已被用于多种植物的高质量分子遗传图谱构建、基因定位和农作物种质的遗传特异性分析。但是针对国内众多芝麻品种，由于传统鉴定方法的局限性，现有技术中，尚缺乏一种或一组较好的有针对性的SNP标记分子，从而便于相关芝麻品种的鉴定。
技术实现思路
本专利技术的在于提供一组用于区分我国育成芝麻品种的SNP标记，从而便于相关芝麻品种的鉴定、及相关作为品种的筛选和开发利用。本专利技术所采取的技术方案详述如下。一组用于区分我国育成芝麻品种的SNP标记，序列表具体如SEQIDNO.1~45所示，具体而言，如下表1所示：表1，用于区分151个芝麻品种的15个多态性SNP标记引物对信息表：表中括号内碱基为特异SNP位点（括号本身无含义，仅为便于区别相关碱基）。利用所述用于区分我国育成芝麻品种的SNP标记所构建的我国151个芝麻品种的指纹图谱，具体如下表2所示：表2，我国151个芝麻育成品种的指纹图谱信息表：指纹图谱中的A、T、C或G分别表示对应着特定多态性SNP标记在该品种中的条带类型；需要说明的是，利用指纹图谱进行鉴定时，由于皖芝4号、皖芝5号与皖芝3号间亲缘关系太近，导致其指纹信息过于一致无法区分，但其他品种均获得了特异性指纹图谱。利用所述用于区分我国育成芝麻品种的SNP标记的芝麻品种区分方法，具体包括如下操作步骤：（1）种子预处理挑选待鉴定芝麻种子，灭菌处理后，25℃~28℃、100~120rpm条件下振荡培养至种子露白；所述灭菌处理具体程序为：先用70%酒精处理30s，再3%的次氯酸钠处理10~15min，最后无菌水冲洗3~5次；将露白后芝麻种子播种于盛有无菌蛭石的容器中，所述容器例如容量为250mL的纸杯，每个纸杯中可播种10粒露白后芝麻种子；（2）幼苗培养并DNA提取定期用MS基本营养液进行浇灌，人工气候培养箱培养。培养温度25-28℃、相对湿度为60-80%、每天15h/9h光暗交替；培育至2对真叶后，采集幼嫩叶片；参照魏利斌等（2008）的改良CTAB法提取待鉴品种的DNA（魏利斌等，芝麻DNA和RNA同步提取方法，2008，分子植物育种）；（3）PCR产物扩增利用上述用于区分我国育成芝麻品种的SNP标记组（15个SNP标记引物对），以步骤（2）中所提取待测芝麻品种的基因组DNA为模板进行PCR扩增；10μL的PCR反应体系设计如下：步骤（2）中所提取模板DNA，50ng/µL、1.0µL；10×PCRBuffer(Mg2+)，1.0µL；Taqase酶，5U/µL、0.2µL；dNTP，10mmol/L、0.2µL；SNP引物组中正向引物（F引物），10µM、0.5µL；SNP引物组中反向引物（R引物），10µM、0.5µL；超纯水加至为10µL；PCR反应程序为：94℃预变性3分钟；之后94℃变性30秒，55℃复性30秒，72℃延伸30秒，循环30次；最后72℃延伸5分钟；4℃保存PCR扩增产物备用或直接进行后续电泳分析；需要说明的是，PCR反应时，可根据每个SNP引物对的Tm值，对PCR反应过程中的复性温度进行调整，以确保特异性PCR扩增结果；（4）对PCR扩增产物分析对步骤（3）中的PCR扩增产物进行非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分析；电泳分析时，凝胶质量浓度为8~10%，凝胶大小可设计为：180mm×120mm×2mm，电泳缓冲液为0.5×TBE，150V恒压交流电电泳1.5~2小时；电泳结束后，进行银染并显色，漂洗后读取数据进行分析；具体而言：电泳结束后，在凝胶加入浓度为0.1%的硝酸银水溶液，置于水平摇床上渗透银染10min；再加入2%氢氧化钠和0.4%甲醛混合溶液，置于水平摇床中适度显色；最后清水漂洗凝胶并记录读取数据。本专利技术创新点主要体现在以下几个方面：（1）本专利技术开发出了适于鉴定我国芝麻品种的15个SNP引物对，同时提供了利用多态性SNP位点鉴定芝麻品种的PCR鉴定方法，该方法可以较为便捷和快速地初步确定待测芝麻品种的类型，对开展芝麻品种鉴定和评价具有重要意义，必将在芝麻分子辅助育种中得到较好地应用；（2）本专利技术所获得了151个芝麻品种的DNA指纹图谱，SNP标记序列明确，检测结果稳定可靠，为芝麻新品种选育、良种繁育及种子销售提供了参考。（3）本专利技术所提供的SNP标记，位于芝麻栽培种的13条染色体组上，分布较为均匀，具有代表性和普遍性，检测结果稳定性好，应用价值高。与现有芝麻品种鉴定方法相比，本专利技术优点可以概况为：（1）本专利技术首次开发了用于区分芝麻品种的一组多态性SNP标记；（2）本专利技术开发了用于区分芝麻品种的15个SNP引物对，为快速鉴定和评价芝麻品种特异性和亲缘关系提供了技术支撑。（3）本专利技术所提供的SNP分子标记，为建立芝麻分子辅助育种技术平台提供了理论和数据支持，为选育优异麻新品种提供了高效检测方法。总之，针对我国现有151个育成芝麻品种，本申请有针对性地进行了SNP标记筛选和开发工作，通过筛选所确定的15个多态性SNP标记，最终成功构建了151份我国芝麻品种的SNP指纹图谱，从而为评价我国芝麻品种遗传特征、特定芝麻品种鉴定等工作提供了理论依据和技术手段，具有较为重要的理论价值和应用意义。附图说明图1为多态性SNP标记引物对SiSNP13-F（CCGTGGCTTGTGGTGACT）、SiSNP13-1R（GTCCAACCCCTGGAAGTCT）和SiSNP13-2R（TATAAGTCCAACCCCTGGAAGTCG）在22个芝麻品种中的扩增结果；图中M为DNAmarker；具体泳道情况为：泳道1、2：鄂芝1号；泳道3、4：鄂芝2号；泳道5、6：鄂芝3号；泳道7、8：赣芝4号；泳道9、10：赣芝5号；泳道11、12：赣芝6号；泳道13、14：吉芝5号；泳道15、16：吉芝6号；泳道17、18：吉芝7号；泳道19、20：辽芝1号；泳道21、22：辽芝2号；泳道23、24：漯芝18号；泳道25、26：漯芝19号；泳道27、28：漯芝20号；泳道29、30：漯芝21号；泳道31、32：豫芝6号；泳道33、34：豫芝7号；泳道35、36：豫芝8号；泳道37、38：中芝12号；泳道39、40：中芝13号；泳道41、42：中芝本文档来自技高网...

【技术保护点】
一组用于区分我国育成芝麻品种的SNP标记，其特征在于，碱基序列具体如SEQ ID NO.1~45所示，具体而言，如下表1所示：表1，用于区分151个芝麻品种的15个多态性SNP标记引物对信息表：

【技术特征摘要】
1.一组用于区分我国育成芝麻品种的SNP标记，其特征在于，碱基序列具体如SEQIDNO.1~45所示，具体而言，如下表1所示：表1，用于区分151个芝麻品种的15个多态性SNP标记引物对信息表：表中括号内碱基为特异SNP位点。2.利用权利要求1所述用于区分我国育成芝麻品种的SNP标记所构建的不同芝麻品种的指纹图谱，其特征在于，具体如下表2所示：表2，我国151个芝麻育成品种的指纹图谱信息表：指纹图谱中的A、T、C或G分别表示对应着特定多态性SNP标记在该品种中的条带类型。3.利用权利要求1所述用于区...

【专利技术属性】
技术研发人员：张海洋，苗红梅，魏利斌，李春，徐芳芳，段迎辉，孔静静，张欣童，张战有，
申请(专利权)人：河南省农业科学院芝麻研究中心，
类型：发明
国别省市：河南,41