The invention provides a spectral similarity calculation method, the sample spectrum and standard spectrum similarity method can not only reflect the comprehensive evaluation for the evaluation of spectra with the standard spectra between the peaks of similarity, also consider the influence of non peak total number and size of similarity evaluation, can reflect the whole spectrum the degree of similarity between graphs, the size of the similarity is sensitive to the expression of spectra with the standard spectra of qualitative and quantitative difference map, reliably identified the evaluated samples.
【技术实现步骤摘要】
谱图相似度的计算方法
本专利技术涉及谱图,特别涉及谱图相似度的计算方法。
技术介绍
谱图的匹配比对在生物医学、化学、物理学等领域中有着广泛的应用。在血液细菌感染(菌血症)的细菌鉴定工作中,由于患者的临床表现不典型,给感染的诊断带来困难。目前,临床上菌血症诊断的金标准是血液细菌培养法,但血液培养的阳性率极低从而导致延误治疗。相比之下,质谱谱图法准确度高、稳定性好、操作简单,易于临床推广。从1990年代起,基质辅助激光解析电离源飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)被用于细菌鉴定[R.D.Holland,J.G.Wilkes,F.Rafii,J.B.Sutherland,C.C.Persons,K.J.Voorhees,J.O.Lay,RapidCommunicationsinMassSpectrometry1996,10,1227-1232;M.A.Claydon,S.N.Davey,V.EdwardsJones,D.B.Gordon,NatureBiotechnology1996,14,1584-1586.]。通过分析不同的细菌,科学家发现从完整的细菌细胞中可以得到具有指纹特征性的质谱图。通过记录多种单一纯细菌的指纹质谱图可以构建细菌鉴定所需的生物特征数据库。之后通过比对临床样本中采集的细菌的MALDI-TOF-MS指纹质谱图,可以实现细菌种类的鉴定[A.Croxatto,G.Prod'hom,G.Greub,FemsMicrobiologyReviews2012,36,380-407;T.R.Sandrin,J.E.Goldstein,S.Schuma ...
【技术保护点】
一种谱图相似度的计算方法,其特征在于,所述方法如下:所述计算方法提供基于欧式距离公式的谱图相似性打分的方法;(1)针对实验谱图的原始数据计算出每个峰的半峰宽,记为fwhm
【技术特征摘要】
1.一种谱图相似度的计算方法,其特征在于,所述方法如下:所述计算方法提供基于欧式距离公式的谱图相似性打分的方法;(1)针对实验谱图的原始数据计算出每个峰的半峰宽,记为fwhmi,在与参考谱图进行比对时,将在实验谱图的峰的半峰宽范围内出现的参考谱图的峰作为共峰;引入表示实验谱图i和参考谱图j取l=lij个共峰后实验谱图i中共峰对应的峰值的质荷比构成的向量,表示实验谱图i和参考谱图j,取l=lij个共峰后由实验谱图i中共峰的峰值强度构成的向量;(2)从下列两种基于欧式距离的公式中任选一种评价实验谱图与参考谱图的相似度:(a)相对欧氏距离法,实验谱图i与参考谱图j的一对共峰之间的欧式距离定义为它们的峰值质荷比差值和峰值强度差值的平方和的平方根,对该距离进行相对化处理,相对化处理要求以所述一对共峰的最大可能欧式距离为除数,所述最大可能欧式距离是共峰中的两峰值质荷比的差值趋近于二分之一半峰宽,同时强度的差值趋向于较强的一个峰值强度时的欧式距离;因此,最大可能欧式距离为:因此,在共峰处的相对欧式距离可以表示为对没有匹配为共峰的峰引入罚分机制,暨假设所述没有匹配为共峰的峰存在一个相对欧式距离为1的共峰,引入罚分后的谱图的相对欧式距离打分公式经过适当变换调整为式中,ni为实验谱图i中的峰个数,nj为参考谱图j中的峰个数。Eu为两张谱图相似性得分,其分值在0到1之间,分值越高则谱...
【专利技术属性】
技术研发人员:乔振刚,
申请(专利权)人:浙江和谱生物科技有限公司,
类型:发明
国别省市:浙江,33
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