与肝癌分化相关的基因及其应用制造技术

本发明专利技术涉及与肝癌分化相关的基因及其应用，具体的涉及CDKN2AIPNL基因、MFSD2B基因、LSM11基因在制备诊治肝癌分化中的应用。发明专利技术通过在TCGA数据库的中挑选肝癌患者的测序数据和临床信息，进行挑选和归类，数据分析获得与肝癌分化相关的差异表达基因，进行临床实验验证，结果表明CDKN2AIPNL基因、MFSD2B基因、LSM11基因的表达和肝癌的分化高度相关。本发明专利技术提供与肝癌分化密切相关的分子标志物，可用来动态监测肝癌的分化程度，具有重要的临床意义及应用前景。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及生物
，具体涉及与肝癌分化相关的基因及其应用，更具体的涉及CDKN2AIPNL基因、MFSD2B基因、LSM11基因在制备诊治肝癌分化制剂中的应用。
技术介绍
肝癌是我国常见的恶性肿瘤，2015年癌症统计数据显示，中国四种最常见肿瘤分别是肺癌、胃癌、肝癌和食管癌，其中预计肝癌新发病约46.6万，继肺癌、胃癌和食管癌之后，排名第四，但是，预计肝癌的死亡率达42.2万，继肺癌和胃癌之后，排名第三。肝癌的治疗方式主要包括手术切除、射频消融等局部治疗、介入栓塞、化疗、生物免疫治疗等。这些治疗手段各有所长，各有一定的适应症和局限性。外科手术是肝癌治疗的主要手段，小肝癌的5年生存率达60-70％。但在切除大肝癌时切缘易残留微小的癌灶，并且对肝脏功能也有较大的负面影响，手术后易发生断面的复发或肝功能不全等并发症。射频消融等局部治疗对较小的肝癌病灶有很好的消融作用，且对肝功能影响不大，但是，当癌灶的体积较大时，往往存在消融不完全等问题。介入栓塞治疗虽然对癌灶有很好的治疗作用，对于较大的肿瘤，或者多发性肿瘤尤为适合，但该方法对肝脏功能有较大的负面影响，治疗过度容易引起肝功能不全等并发症。化疗虽属全身性治疗，但选择性抑制作用不强，化疗药物往往“敌我”不分，毒性较大，因此单靠使用化疗药物很难把癌细胞彻底消灭。中医中药在调动机体脏腑功能、提高人体抗病能力、减轻其它治疗的副作用等方面有其长处，但对肿瘤的局部控制能力较差。生物免疫治疗属于21世纪肿瘤治疗研究的重点，但现有的生物免疫治疗方法只能在残存肿瘤细胞数量较少的情况下发挥作用。各种治疗方法的优点有机地结合起来，制定确切有效的综合治疗方案，扬长避短，发挥各种治疗方法的优势以提高疗效，是进一步提高肝癌远期治疗效果的最重要措施。在医生制定手术方案时，肝癌的分化程度是影响方案的重要因素之一。对于分化程度高或较高的肝癌，医生更倾向于手术切除；如果分化程度差，要慎重选择手术切除。由于手术前医生无法确切地知
道肝癌细胞的分化程度，这需要将手术标本放在显微镜让病理医生来检查。这样为医生制定适宜的手术方案增加难度。本专利技术通过在TCGA数据库的中挑选333例肝癌患者的测序数据和临床信息，进行挑选和归类，并对所有原始数据集进行总体归一化处理后进行linear by linear association test，数据分析获得与肝癌分化相关的基因，进一步对筛选到的与肝癌分化相关的差异表达基因进行实验验证，结果表明CDKN2AIPNL基因、MFSD2B基因、LSM11基因的表达和肝癌的分化密切相关，随着肝癌的分化程度变差(低)，基因的表达量不断升高。即本专利技术找到与肝癌分化密切相关的分子标志物，可用来动态监测肝癌的分化程度，具有重要的临床意义及应用前景。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供检测CDKN2AIPNL、MFSD2B和/或LSM11基因表达情况或蛋白含量的试剂在制备诊断肝癌分化制剂中的应用。为实现上述目的，专利技术通过生物信息学整合分析筛选到基因CDKN2AIPNL、MFSD2B和LSM11，进而通过RT-PCR验证了他们与肝癌分化具有很好的相关性，可用于制备肝癌分化辅助诊疗制剂，具有重要的临床应用价值。肝癌分化采用肝癌Edmondson-Steiner分级法：Ⅰ级：癌细胞呈高分化状态，核/质比接近正常；Ⅱ级：癌细胞中度分化，但核/质比增加，核染色更深；Ⅲ级：癌细胞分化较差，核/质比更高，核异质明显，核分裂多见；Ⅳ级：癌细胞分化最差，胞质少，核染色质浓染，细胞形状极不规则，排列松散。进一步，CDKN2AIPNL、MFSD2B和/或LSM11基因或其表达产物在高分化肝癌样本中低表达。CDKN2AIPNL、MFSD2B和/或LSM11基因在不同肝癌分化组中相对表达量：Ⅰ级<Ⅱ级<Ⅲ级<Ⅳ级。进一步，诊断肝癌分化制剂包括用荧光定量PCR方法、基因芯片方法、northern杂交方法或高通量测序方法检测样本中CDKN2AIPNL、MFSD2B和/或LSM11基因表达情况。用于荧光定量PCR方法检测肝癌中CDKN2AIPNL、MFSD2B和/或LSM11基因的产品含有特异性扩增CDKN2AIPNL、MFSD2B和/或LSM11基因的引物；
基因芯片包括与CDKN2AIPNL、MFSD2B和/或LSM11基因的核酸序列杂交的探针；northern杂交包括与CDKN2AIPNL、MFSD2B和/或LSM11基因的核酸序列杂交的探针。优选的，荧光定量PCR方法检测基因CDKN2AIPNL、MFSD2B和/或LSM11，采用特异的引物，检测LSM11基因的引物序列为SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2；检测MFSD2B基因的引物序列为SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4；检测CDKN2AIPNL基因的引物序列为SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6。优选的，检测样本为肝癌组织。样本可以通过穿刺活检等方式取得。荧光定量PCR法是通过荧光染料或荧光标记的特异性的探针，对PCR产物进行标记跟踪，实时在线监控反应过程，结合相应的软件可以对产物进行分析，计算待测样品模板的初始浓度。荧光定量PCR的出现，极大地简化了定量检测的过程，而且真正实现了绝对定量。多种检测系统的出现，使实验的选择性更强。自动化操作提高了工作效率，反应快速、重复性好、灵敏度高、特异性强、结果清晰。基因芯片又称为DNA微阵列(DNA microarray)，可分为三种主要类型：1)固定在聚合物基片(尼龙膜，硝酸纤维膜等)表面上的核酸探针或cDNA片段，通常用同位素标记的靶基因与其杂交，通过放射显影技术进行检测。2)用点样法固定在玻璃板上的DNA探针阵列，通过与荧光标记的靶基因杂交进行检测。3)在玻璃等硬质表面上直接合成的寡核苷酸探针阵列，与荧光标记的靶基因杂交进行检测。基因芯片作为一种先进的、大规模、高通量检测技术，应用于疾病的诊断，其优点有以下几个方面：一是高度的灵敏性和准确性；二是快速简便；三是可同时检测多种疾病。进一步，诊断肝癌分化制剂包括用免疫方法检测CDKN2AIPNL、MFSD2B和/或LSM11蛋白含量。优选的，免疫方法检测CDKN2AIPNL、MFSD2B和/或LSM11蛋白含量为western blot和/或ELISA和/胶体金检测方法。ELISA法为使用ELISA检测试剂盒检测CDKN2AIPNL、MFSD2B和/或LSM11蛋白含量。试剂盒中的抗体可采用市售的CDKN2AIPNL、MFSD2B和/或LSM11单克隆抗体。进一步，所述的试剂盒包括：包被CDKN2AIPNL、MFSD2B和/或LSM11单克隆抗体的固相载体，酶标抗体，酶的底物，蛋白标准品，阴性
对照品，稀释液，洗涤液，酶反应终止液等。胶体金法为使用胶体金试剂盒检测CDKN2AIPNL、MFSD2B和/或LSM11蛋白含量，抗体可采用市售的CDKN2AIPNL、MFSD2B和/或LSM11单克隆抗体。进一步，胶体金检测试剂盒采用胶体金免疫层析技术或胶体金渗滤法。进一步，胶体金检测试剂盒硝酸纤维素膜上的检测区(T)喷点有抗CDKN2本文档来自技高网...

【技术保护点】
检测CDKN2AIPNL、MFSD2B和/或LSM11基因表达情况或蛋白含量的试剂在制备诊断肝癌分化制剂中的应用。

【技术特征摘要】
1.检测CDKN2AIPNL、MFSD2B和/或LSM11基因表达情况或蛋白含量的试剂在制备诊断肝癌分化制剂中的应用。2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，CDKN2AIPNL、MFSD2B和/或LSM11基因或其表达产物在高分化肝癌样本中低表达。3.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，诊断肝癌分化制剂包括用荧光定量PCR方法、基因芯片方法、northern杂交方法或高通量测序方法检测样本中CDKN2AIPNL、MFSD2B和/或LSM11基因表达情况。4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，荧光定量PCR方法检测样本中CDKN2AIPNL、MFSD2B和/或LSM11基因表达的产品含有特异性扩增CDKN2AIPNL、MFSD2B和/或LSM11基因的引物；基因芯片方法使用与CDKN2AIPNL、MFSD2B和/或LSM11基因的核酸序列杂交的探针；northern杂交方法使用与CDKN2AIPNL、MFSD2B和/或LSM11基因的核酸序列杂交的探针。5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，荧光定量PCR方法检测样本中LSM11基因表达的引物序列为SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2；MFSD2B基因表达的引物序列为SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4；CDKN2AIPNL基因表达的引物序列为...

【专利技术属性】
技术研发人员：果春青，杨承刚，宋宏涛，
申请(专利权)人：北京泱深生物信息技术有限公司，
类型：发明
国别省市：北京;11