RNA引导的I型单纯性疱疹病毒和其它相关疱疹病毒的根治制造技术

本发明专利技术涉及用于抑制疱疹病毒感染的组合物和方法。具体实施例中，该组合物和方法提供CRISPR相关的肽和引导性核酸，其诱发疱疹病毒基因组的突变，从而抑制该疱疹病毒的感染。进一步揭示Cas肽，该肽包括Cas9或包含一个或多个相对于野生型酿脓链球菌Cas 9(spCas9)的点突变的变体、及Cpfl或其变体。

RNA guided herpes simplex virus type I and other related herpes viruses

The present invention relates to a composition and method for inhibiting herpes virus infection. In specific embodiments, the composition and method provide CRISPR related peptides and guided nucleic acids, which induce mutations in herpesvirus genome, thereby inhibiting the infection of the herpesvirus. To further reveal the Cas peptide, the peptide including Cas9 or containing one or more compared with wild type Streptococcus pyogenes Cas 9 (spCas9) variant, and point mutations of Cpfl or its variant.

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】RNA引导的I型单纯性疱疹病毒和其它相关疱疹病毒的根治相关申请的交叉引用本申请主张2015年1月14日提交的第62/103,354号美国临时专利申请案及2015年10月7日提交的第62/238,288号美国临时专利申请案的权益，其全部内容通过引用方式而并入本文。
技术介绍
1型单纯性疱疹病毒(HSV-1)是感染全世界大部分人口的人类嗜神经病毒(WhitleyandRoizman,2001,Lancet357:1513-1518；Xuetal,2006,JAMA,296:964-973)。尸体剖检发现，HSV-1基因组存在于85至90％的个体的三叉神经节中(Baringer,2000,Infectiousdiseasesofthenervoussystem,Butterworth-Heinemann,Oxford:139-164)，且其在正常无症状个体中的血清阳性率为90％(KennedyandChaudhuri,2002,JNeurolNeurosurgPsychiatry,73:237-238)。大多数情况下，在初始感染后，HSV-1仅维持于潜伏期，而不造成明显症状。但是，在一些例子中，初次感染即造成发热、吞咽困难、吞咽痛、及唇舌上的疼痛性水疱(KennedyandSteiner,2013,JNeurovirol,19:346-350；WhitleyandRoizman,2001,Lancet357:1513-1518)，对于新生儿，HSV-1初次感染可导致显着的发病率和死亡率(Westerbergetal,2008,IntJPediatrOtorhinolaryngol,72:931-937；WhitleyandRoizman,2001,Lancet357:1513-1518)。HSV-1在神经系统中的复制造成脑炎，其症状范围包括发热、局灶性神经缺陷、失语症及痉挛，其起因为额叶和颞叶内的感染和抗病毒炎性反应(Gildenetal,2007,NatureClinPractice3,82-94)。HSV-1潜伏的部位主要局限地现于脑神经节，但一些例子中，已经在胸神经节和大脑内检测到了病毒基因组(Fraseretal.,1981,ProcNatlAcadSciUSA,78:6461-6465；Mahalingametal,1992,AnnNeurol,31:444-448)。目前，对于HSV-1初次感染和疾病复发的治疗是非选择性的，并不预防潜伏性感染的建立或病毒再活化，且具有不良副作用，指出对于改善的和特异性的治疗策略存在强烈需求。HSV潜伏期开始和持续的机制并未被完全理解，但有证据指出了病毒RNA要素的角色(潜伏相关转录；LATS)，该要素在潜伏期内被大量表达(Izumietal,1989,MicrobPathol,7:121-134；Kangetal,2003,Virol,312:233-244；Perngetal,2000,Science287:1500-1503；Stevensetal,1987,Science,235:1056-1059)。环境因素，包括UV光刺激、过热、社会压力和药理学药剂的主体可触发潜伏的HSV-1基因组的再活化、神经元内的有效病毒复制、及疾病恶化。HSV-1再活化的最常见且容易鉴别的临床征象是感冒疮(唇疱疹)，但其它情况包括复发性生殖器疱疹也已经和HSV再活化联系起来(Xuetal,2006,JAMA,296:964-973)。使用核苷酸类似物进行药理学治疗是HSV1初次感染和病毒再活化事件的的支柱性疗法。具有最佳治疗指数的核苷酸类似物以病毒胸苷激酶(TK)为靶标，包括阿昔洛韦(acyclovir)及其衍生物。这些药物通过TK而进行单磷酸化，从而通过细胞酶机构形成ACV二磷酸酯和ACV三磷酸酯，并最终导致HSV1DNA链终结。尽管这些药物可有效限制由HSV1感染扩散至其它细胞造成的损伤，但它们对于潜伏性HSV1再活化的建立或未来的HSV1再活化事件是无效的。患者，尤其是那些具有潜在的免疫缺陷的患者，可发展对于TK抑制剂具有耐药性的HSV1株，并因此需要使用HSV1特异性较低的DNA抑制剂进行治疗。TK抑制剂也与肾毒性相关。其它抗疱疹剂以病毒DNA聚合酶UL30为靶标，如膦甲酸(foscarnet)及西多福韦(cidofovir)。这些药物可帮助控制HSV1初次感染及再活化的症状，加速病灶愈合的进程，以及减轻疼痛和缩短病毒脱落的持续时间。不幸的是，使用这些药物并不根除潜伏性HSV1感染。尤其在患有免疫缺陷的患者中，发展出了具有对于抗疱疹药物的耐药性的HSV1株。耐药性病毒株一般含有TK突变，但也出现了UL30突变。HSV1TK抑制剂和UL30活性剂并不能有效对抗具有UL30突变的HSV1。研发对抗HSV1的疫苗的尝试已经获得最小限度的成功(Belsheetal,2012,NEnglJMed366:34-43；WhitleyandRoizman,2001,Lancet357:1513-1518)。目前，尚无FDA许可的用于HSV1的接种疫苗。用于HSV1和HSV2的接种疫苗的初步测试表明，对于这些病毒，接种疫苗在先前未被感染的个体中很可能最有效，且很可能具有对于控制先前已经感染的患者中的多种再活化事件的最小效力。考虑到当前疗法的限制性，该领域需要用于治疗和预防溶菌性和潜伏性HSV1感染两者的组合物和方法。
技术实现思路
一方面，本专利技术提供用于治疗或预防疱疹病毒感染的组合物。该组合物包含：a)CRISPR相关(Cas)的肽或编码Cas肽的分离的核酸；以及b)分离的引导性核酸或编码引导性核酸的分离的核酸，其中，该引导性核酸包含与疱疹病毒基因组中的靶标序列实质互补的核苷酸序列。一种具体实施例中，该Cas肽是Cas9或其变体。一种具体实施例中，该Cas9变体包含一个或多个相对于野生酿脓链球菌Cas9(spCas9)的点突变，其是选自由下列所组成的群组：R780A、K810A、K848A、K855A、H982A、K1003A、R1060A、D1135E、N497A、R661A、Q695A、Q926A、L169A、Y450A、M495A、M694A、及M698A。一种具体实施例中，该Cas肽是Cpf1或其变体。一种具体实施例中，该编码Cas肽的分离的核酸被优化以用于在人细胞内表达。一种具体实施例中，该靶标序列包含疱疹病毒基因组的ICP0结构域内的序列。一种具体实施例中，该引导性核酸是RNA。一种具体实施例中，该引导性核酸包含crRNA及tracrRNA。一种具体实施例中，该组合物包含多个分离的引导性核酸，其中，每一引导性核酸包含与疱疹病毒基因组中不同的靶标序列实质互补的核苷酸序列。一种具体实施例中，该组合物包含一种或多种分离的核酸，其中，该一种或多种分离的核酸编码多个引导性核酸，且每一引导性核酸包含与疱疹病毒基因组中不同的靶标序列实质互补的核苷酸序列。一种具体实施例中，该疱疹病毒是选自由下列所组成的群组：I型单纯性疱疹病毒(HSV1)、单纯性疱疹病毒2(HSV2)、人疱疹病毒-3(HHV-3；水痘带状疱疹病毒(VZV)、人疱疹病毒-4(HHV-4；爱泼斯坦-巴尔病毒(EBV))、人疱本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种用于治疗或预防疱疹病毒感染的组合物，其包含：a)选自由CRISPR相关的(Cas)肽及编码Cas肽的分离的核酸所组成群组中的一者；以及b)选自由分离的引导性核酸及编码引导性核酸的分离的核酸所组成群组中的一者，其中所述引导性核酸包含与疱疹病毒基因组中的靶标序列实质互补的核苷酸序列。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.01.14 US 62/103,354;2015.10.07 US 62/238,2881.一种用于治疗或预防疱疹病毒感染的组合物，其包含：a)选自由CRISPR相关的(Cas)肽及编码Cas肽的分离的核酸所组成群组中的一者；以及b)选自由分离的引导性核酸及编码引导性核酸的分离的核酸所组成群组中的一者，其中所述引导性核酸包含与疱疹病毒基因组中的靶标序列实质互补的核苷酸序列。2.如权利要求1所述的组合物，其中，所述Cas肽是Cas9或其变体。3.如权利要求2所述的组合物，其中，所述Cas9变体包含一个或多个相对于野生型酿脓链球菌Cas9(spCas9)的点突变，所述点突变是选自由下列所组成的群组：R780A、K810A、K848A、K855A、H982A、K1003A、R1060A、D1135E、N497A、R661A、Q695A、Q926A、L169A、Y450A、M495A、M694A、及M698A。4.如权利要求1所述的组合物，其中，所述Cas肽是Cpf1或其变体。5.如权利要求1所述的组合物，其中，所述编码Cas肽的分离的核酸被优化以用于在人细胞内表达。6.如权利要求1所述的组合物，其中，所述靶标序列包含疱疹病毒基因组的ICP0结构域内的序列。7.如权利要求1所述的组合物，其中，所述引导性核酸是RNA。8.如权利要求1所述的组合物，其中，所述引导性核酸包含crRNA和tracrRNA。9.如权利要求1所述的组合物，其中，所述组合物包含多个分离的核酸，其中每一引导性核酸包含与所述疱疹病毒基因组中不同的靶标序列实质互补的核苷酸序列。10.如权利要求1所述的组合物，其中，所述组合物包含一种或多种分离的核酸，其中所述一种或多种分离的核酸编码多个引导性核酸，其中每一引导性核酸包含与疱疹病毒基因组中不同的靶标序列实质互补的核苷酸序列。11.如权利要求1所述的组合物，其中，所述疱疹病毒是选自由I型单纯性疱疹病毒(HSV1)、单纯性疱疹病毒2(HSV2)、人疱疹病毒-3(HHV-3；水痘带状疱疹病毒(VZV))、人疱疹病毒-4(HHV-4；爱泼斯坦-巴尔病毒(EBV))、人疱疹病毒-5(HHV-5；巨细胞病毒(CMV))、人疱疹病毒-6(HHV-6；玫瑰疹病毒)、人疱疹病毒-7(HHV-7)、及人疱疹病毒-8(HHV-8；卡波济氏肉瘤相关的疱疹病毒(KSHV))所组成的群组。12.如权利要求1所述的组合物，其中，所述靶标序列选自由SEQIDNO:1、SEQIDNO:2、SEQIDNO:3、SEQIDNO:4、SEQIDNO:5、SEQIDNO:6、SEQIDNO:7、及SEQIDNO:8所组成的群组。13.一种医药组合物，其包含：a)选自由CRISPR相关的(Cas)肽及编码Cas肽的分离的核酸所组成群组...

【专利技术属性】
技术研发人员：P·C·勒姆，K·哈利利，S·M·谢卡拉比，H·威尔伯，
申请(专利权)人：天普大学联邦高等教育系统，
类型：发明
国别省市：美国,US