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本发明涉及基因检测领域，具体涉及一种确定生物样本中是否存在融合基因的方法及系统和应用。确定生物样本中是否存在融合基因的方法，包括：将来源于所述生物样本的全基因组至少一部分的测序序列与所述生物样本的参照序列分别进行第一比对处理和第二比对处理，...该专利属于广州华大基因医学检验所有限公司;深圳华大临床检验中心;深圳华大基因股份有限公司所有，仅供学习研究参考，未经过广州华大基因医学检验所有限公司;深圳华大临床检验中心;深圳华大基因股份有限公司授权不得商用。