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本发明提供一种微囊藻计数方法、系统及装置，计数方法包括以下步骤，捕获藻类视野并进行拍照；将捕获的藻类照片生成灰图；提取藻类照片中暗色光斑；根据藻类照片中微囊藻的总面积、单个藻细胞面积以及镜头的面积来计算微囊藻个数；计数系统包括图像采集模块，...该专利属于中国科学院南京地理与湖泊研究所;常州市环境科学研究院所有，仅供学习研究参考，未经过中国科学院南京地理与湖泊研究所;常州市环境科学研究院授权不得商用。