本发明专利技术设计涉及一种过氧化氢酶（CAT）基因基因标签单核苷酸多态性位点的挑选、检测及其应用。本发明专利技术还涉及由CAT基因标签单核苷酸多态性位点组成的单体型及其检测方法和检测CAT基因的标签单核苷酸多态性位点的试剂盒。本发明专利技术筛选出与噪音性耳聋相关的CAT基因6个标签SNP位点，其中，当噪音强度在85dB～92dB时，携带rs769217位点C等位基因的个体患噪音性耳聋的风险大大增加；当噪音强度<85dB时，携带rs208679位点A等位基因的个体患噪音性耳聋的风险大大增加；携带六个标签SNP位点的特定组合单体型A-G-T-C-A-C个体比携带其它单体型个体相比，患噪音性耳聋的风险显著升高。
【技术实现步骤摘要】
过氧化氢酶基因标签单核苷酸多态性位点的挑选、检测及其应用
本专利技术设计涉及一种过氧化氢酶基因(catalase，CAT)基因标签单核苷酸多态性(Tag Single Nucleotide Polymorphism, tSNP)位点的挑选、检测及其应用。本专利技术还涉及由CAT基因标签单核苷酸多态性位点组成的单体型及其检测方法和应用。
技术介绍
耳聋一直是困扰人类的常见疾病，给社会和家庭带来了许多烦恼，消耗了大量的人力和物力。据世界卫生组织估计，全世界有2.5亿人患有中度以上听力丧失。2006年第二次全国残疾人抽样调查推算，全国各类残疾人总数为8296万人，其中听力残疾2004万，占各种残疾的首位。噪声性耳聋又称噪声性听力损失，是指一次高强度脉冲噪声瞬时暴露或长期接触噪声刺激引起的缓慢的、进行性感音神经性聋，损伤部位主要在内耳。前者又称为急性声损伤，后者称为慢性声损伤。噪声污染已被认为是世界性七大公害之首。噪声性耳聋是工业、建筑业、军事、交通和娱乐业等最常见的职业性伤害和听力致残因素。噪声性聋的发病率仅次于老年性聋，约占临床听力损伤的三分之一，并有逐年上升的趋势。可见，噪声性耳聋对人类健康和社会经济发展已构成巨大威胁。因此，如何降低噪声性聋的发病率已成为当今听力学家和职业病防治工作者面临的一项非常重要的课题。噪音性耳聋的发生具有明显的遗传倾向，同时又受到环境因素的密切影响，因此是典型的多因子疾病。从基础到临床，人们对噪音性耳聋进行了大量的研究，并在噪音性耳聋的危险因素和噪音性耳聋发生的病理生理方面积累了大量的知识，但对于噪音性耳聋发生的遗传因素的研究仍未取得重大突破。而从遗传学角度来解释、预防、和/或诊断噪音性耳聋是目前需要解决的首要问题。CAT与超氧化物歧化酶(superoxide dismutase, SOD)和谷胱甘肽过氧化酶(glutathione peroxidase, GSHPx) 一起构成了机体主要的抗氧化防御体系。CAT以其自身的结构和功能以较低浓度有效地降解毒性氏02。在机体CAT活性降低或丧失时，此酶导致的组织损伤不仅通过H2O2和其衍生物、而且间接通过抑制SOD而增加超氧阴离子。如果CAT发生突变，则可能降低氧自由基的清除效果，继而导致个体对噪声耐受力下降、NIHL易感性升高，因此，它可能是NIHL易感性的重要候选基因。但目前为止，有关CAT基因多态性与NIHL的相关研究很少，主要集中在启动子区-262C/T上，并且都没有检测到有意义的主效应；而389C>T多态位点近几年研究也比较多，但国内外报道比较多的是它与白癜风、系统性红斑狼疮等之间的相关性，尚未见报道其与NIHL的相关性研究，以及这些变异在预测预报和新药开发中的应用的相关报道。单核苷酸多态性(SingleNucleotide polymorphism, SNP)是 DNA 序列的变体，当基因组序列中单个核苷酸(T，T，C或G)发生改变时就会出现SNP。SNP是决定人体对各种应激打击易感性与耐受性、临床表现多样性及药物治疗反应差异性的重要因素。在本专利技术中SNP命名原则如下:以转录起始位点的第一个核苷酸定义为+1，5’上游方向核苷酸依次定义为:-1、-2...，3’下游方向核苷酸依次定义为+2、+3...。单核苷酸多态位于编码区，则以核苷酸相应变化和该核苷酸在核苷酸序列中的位置定义此多态性；若位于编码区，则以核苷酸相应变化和该核苷酸在核苷酸序列中的位置定义此多态性或以该核苷酸编码的氨基酸序列相应变化和该氨基酸在氨基酸序列中的位置定义此多态。
技术实现思路
针对上述问题，本专利技术的目的是提供一种挑选CAT基因的标签单核苷酸多态性位点；提供一种CAT基因的标签单核苷酸多态性位点组成的CAT基因保护性单体型；提供一种CAT基因的标签单核苷酸多态性位点组成的CAT基因危险性单体型；提供一种检测本专利技术的CAT基因的标签单核苷酸多态性位点的方法；提供一种检测CAT基因的保护性单体型或危险性单体型的方法；提供一种体外检测噪音性耳聋相关基因的方法；提供一种体外检测待测样品中是否含有CAT基因保护性单体型或危险性单体型的方法；提供一种体外预测待测个体患噪音性耳聋危险性的方法；提供一种检测CAT基因的标签单核苷酸多态性位点的试剂盒。具体地，本专利技术所述的一种过氧化氢酶基因保护性单体型，由过氧化氢酶基因标签单核苷酸多态性位点 rs208679, rsl0836233, rs2300182, rs769217, rs7104301 和rs7949972组成，该保护性单体型在所述位点的单核苷酸分别为:G、G、T、G、G、T。本专利技术所述的过氧化氢酶基因危险性单体型，由过氧化氢酶基因标签单核苷酸多态性位点 rs208679, rsl0836233, rs2300182, rs769217, rs7104301 和 rs7949972 组成，该危险性单体型在所述位点的单核苷酸分别为:A、G、T、C、A、C。本专利技术所述的检测过氧化氢酶基因保护性单体型或过氧化氢酶基因危险性单体型的方法包括检测过氧化氢酶基因的标签单核苷酸多态性位点rs208679，rsl0836233,rs2300182, rs769217,rs7104301 和 rs7949972。`本专利技术所述的体外检测噪音性耳聋相关基因的方法包括检测CAT基因的标签单核苷酸多态性位点:rs208679, rsl0836233, rs2300182, rs769217, rs7104301 和rs79499720本专利技术所述的体外检测待测样品中是否含有过氧化氢酶基因保护性单体型或过氧化氢酶基因危险性单体型的方法，包括:I)提取待测样品的DNA，针对过氧化氢酶基因的标签单核苷酸多态性位点:rs208679, rsl0836233, rs2300182, rs769217, rs7104301 和 rs7949972 设计引物进行 PCR扩增；2 )对扩增的PCR产物进行分析；3)鉴定由 rs208679, rsl0836233, rs2300182, rs769217, rs7104301 和 rs7949972位点的单核苷酸多态性构成的单体型是否为:A、A、T、T、A、C ;G、G、T、C、A、C ;A、G、A、T、A、T ;A、G、T、C、A、C*A、G、T、C、G、T;4)根据步骤3)的结果确定待测样品中是否含有过氧化氢酶基因保护性单体型或过氧化氢酶基因危险性单体型。其中步骤I)所述引物如SEQ ID NO: 1-12所示。本专利技术所述的体外预测待测个体患噪音性耳聋危险性的方法包括体外检测来自待测个体的样品中过氧化氢酶基因的标签单核苷酸多态性位点:rs208679，rsl0836233,rs2300182, rs769217, rs7104301 和 rs7949972，其中携带上述位点的单体型 A、G、T、C、A、C的个体患噪音性耳聋的危险性比携带单体型A、G、A、T、A、T ;A、A、T、T、A、C ;G、G、T、C、A、C或A、G、T、C、G、T的个体患噪音性耳聋的危险性显著升高。本专利技术所述的检测过氧化氢酶基因的标签单核苷酸多态性位点的试剂盒，含有:I)扩增 rs208679,rsl08本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种过氧化氢酶基因保护性单体型，其特征在于，由过氧化氢酶基因标签单核苷酸多态性位点rs208679，rs10836233，rs2300182，rs769217，rs7104301和rs7949972组成，该保护性单体型在所述位点的单核苷酸分别为：G、G、T、G、G、T。
【技术特征摘要】
1.一种过氧化氢酶基因保护性单体型，其特征在于，由过氧化氢酶基因标签单核苷酸多态性位点 rs208679, rsl0836233, rs2300182, rs769217, rs7104301 和 rs7949972 组成，该保护性单体型在所述位点的单核苷酸分别为:G、G、T、G、G、T02.一种过氧化氢酶基因危险性单体型，其特征在于，由过氧化氢酶基因标签单核苷酸多态性位点 rs208679, rsl0836233, rs2300182, rs769217, rs7104301 和 rs7949972 组成，该危险性单体型在所述位点的单核苷酸分别为:A、G、T、C、A、C。3.—种检测过氧化氢酶基因保护性单体型或过氧化氢酶基因危险性单体型的方法，其特征在于，该方法包括检测过氧化氢酶基因的标签单核苷酸多态性位点rs208679，rsl0836233, rs2300182,rs769217, rs7104301 和 rs7949972。4.一种体外检测噪音性耳聋相关基因的方法，其特征在于，该方法包括检测CAT基因的标签单核苷酸多态性位点:rs208679, rsl0836233, rs2300182, rs769217, rs7104301 和rs794997205.一种体外检测待测样品中是否含有过氧化氢酶基因保护性单体型或过氧化氢酶基因危险性单体型的方法，其特征在于，该方法包括: 1)提取待测样品的DNA，针对过氧化氢酶基因的标签单核苷酸多态性位点:rs208679，rsl0836233, rs2300182, rs769217, rs7104301 和 rs7949972 设计引物进行 PCR 扩增； 2)对扩增的PCR产物进行分析； 3)鉴定由rs208679,rsl083623...
【专利技术属性】
技术研发人员：段朝霞，杨俊慧，张洁元，康建毅，陈魁君，李晓霞，陈继川，王建民，李兵仓，
申请(专利权)人：中国人民解放军第三军医大学第三附属医院，
类型：发明
国别省市：
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