【技术实现步骤摘要】
【专利摘要】本专利技术公开了一种。该方法主要通过构建椭球腔混合镜像溶剂模型实现，该模型包括椭球体和截角八面体；所述截角八面体内置于所述椭球体内；所述截角八面体是一个由6个四边形和8个六边形组成的具有14个面的多面体。相比于现有的球腔镜像溶剂模型，本专利技术的椭球腔镜像溶剂模型结构对于对某些细长生物大分子，比如肌动蛋白和DNA，在生物大分子动力学模拟中更有效。【专利说明】
本专利技术涉及生物大分子动力检测。
技术介绍
现有技术下，生物分子模拟中，对处理异构系统的静电相互作用通常采用球腔混合镜像溶剂模型(Y.Lin, A.Baumketner, S.Deng, Z.Xu, D.Jacobs, ff.Cai, Animage-based reaction field method for electrostatic interactions in moleculardynamics simulations of aqueous solutions, J.Chem.Phys.131 (2009) 154103)。然而对非球状的生物大分子(如肌动蛋白和DNA)，采用球状模腔效率不高。而采用形状不规则的模腔仅仅包含大分子周围少数若干层的溶剂可以大大降低系统的规模。但采用形状不规则的模腔的问题在于如何在每一模拟时间步精确而高效地计算这种不规则模腔内的反应场。因此，在模拟非球状的生物大分子时，更适合采用与生物分子的不规则形状尽可能一致的非球状、但形状仍规则的模腔。
技术实现思路
本专利技术所要解决的问题是生物分子模拟中，检测对非球状的生物大分子的静电相互作用在传统...
【技术保护点】
椭球腔镜像模型下的生物分子动力检测方法，其特征在于，包括以下步骤：S1：构建椭球腔混合镜像溶剂模型，所述椭球腔混合镜像溶剂模型包括椭球体和截角八面体；所述截角八面体内置于所述椭球体内；所述椭球体满足方程：；所述截角八面体是一个由6个四边形和8个六边形组成的具有14个面的多面体，其中其8个六边形的平面满足方程：、6个四边形平面满足方程：、、，其中，，；S2：找出截角八面体内溶剂电荷在截角八面体与椭球体之间的周期镜像；S3：找出椭球体内电荷在椭球体外的反应场镜像电荷；S4：计算源电荷与目标电荷之间的静电相互作用；所述目标电荷是指截角八面体内所有实电荷，所述源电荷是指截角八面体内所有实电荷加上截角八面体与椭球体之间的所有周期镜像电荷再加上椭球体外的所有反应场镜像电荷。
【技术特征摘要】
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