用于检测金黄色葡萄球菌的组合物和方法技术

本发明专利技术涉及用于快速检测生物或非生物样品中金黄色葡萄球菌的存在或不存在的方法。本发明专利技术包括检测方法，其包括执行扩增步骤、杂交步骤和检测步骤。此外，本发明专利技术涉及设计用于检测金黄色葡萄球菌的引物、探针和试剂盒。

Compositions and methods for detection of Staphylococcus aureus

The present invention relates to a method for rapidly detecting the presence or absence of Staphylococcus aureus in biological or abiotic samples. The invention comprises a detection method, which comprises performing an amplification step, a hybridization step and a detection step. In addition, the present invention relates to primers, probes and kits designed for detection of Staphylococcus aureus.

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】专利
本专利技术涉及微生物诊断领域，并且更具体而言，涉及金黄色葡萄球菌{Staphylococcus aareiAs)检测领域。专利技术背景 金黄色葡萄球菌(“SA”)是兼性厌氧、革兰氏阳性菌，其自然储库包括人皮肤和鼻子，并且还可居住于伤口。大多数携带金黄色葡萄球菌的人未显示感染征兆；然而，如果正常屏障被突破，则金黄色葡萄球菌可以变得侵袭性并且在体内引起感染。金黄色葡萄球菌可以引起许多病，范围从较小的皮肤感染例如丘疹、疔疮和脓肿到重大疾病例如肺炎、脑膜炎和败血症。当屏障被突破时，除皮肤和鼻子外的组织可以受感染，例如皮肤或粘膜衬里，这导致疖和痈。金黄色葡萄球菌感染可以通过与受感染个人的皮肤接触或与由受感染个人使用的物体接触在人之间传播。金黄色葡萄球菌具有惊人的发展对主要抗生素包括青霉素(甲氧西林、苯唑西林、氯唑西林和氟氯西林)的抗性的能力，其已赢得“超级细菌”的标记。甲氧西林抗性金黄色葡萄球菌(MRSA)是已变得对青霉素抗性的细菌，并且它负责几种难以治疗的人感染。MRSA也可以被称为苯唑西林抗性金黄色葡萄球菌(0RSA)和多重抗性金黄色葡萄球菌，而金黄色葡萄球菌的非甲氧西林抗性株有时被称为甲氧西林敏感性金黄色葡萄球菌(MSSA)。金黄色葡萄球菌感染的诊断可以包括患者症状的医生评估，其通常不是确定性的，因为感染可以已通过另一种细菌例如酿脓链球菌/yOgefles)引起。血液测试、尿分析和有时X射线可以用于诊断金黄色葡萄球菌感染。确定性诊断可能需要培养物测试，其仅可在许多小时或天后获得，延迟患者的治疗。由于其在医院和社区获得性疾病中增加的临床重要性，设计用于MRSA的特异性检测的某些PCR测定已得到开发。然而，文献指示还存在检测无论它是否是抗生素抗性的金黄色葡萄球菌的显著临床需要。专利技术概述 本专利技术涉及用于快速检测生物或非生物样品中金黄色葡萄球菌的存在或不存在的方法。本专利技术包括包含执行至少一个循环步骤的检测方法，所述循环步骤包括扩增步骤和杂交步骤。此外，本专利技术涉及设计用于检测金黄色葡萄球菌的引物、探针和试剂盒。在本专利技术的方法中靶向用于检测金黄色葡萄球菌的基因是荚膜多糖酶(CPE )基因。例如，选择CPE基因靶因为它测定为对金黄色葡萄球菌是特异性的，并且不存在于其他葡萄球菌属物种中，并且还证实在金黄色葡萄球菌内的良好同源性。CPE基因具有未经证实的作为产生金黄色葡萄球菌荚膜多糖途径中的还原酶的功能(O’ Riordan等人，2004，Clin.Microbiol.Rev.17 (I):218-234)。在一个方面，本专利技术提供了寡核苷酸，其包含选自SEQ ID N0:2-4、6、8-10、12和14-34的核苷酸序列或其互补体，或由选自SEQ ID NO:2-4、6、8_10、12和14-34的核苷酸序列或其互补体组成。在某些实施方案中，寡核苷酸具有100个或更少的核苷酸，更优选40个或更少的核苷酸。在另一个方面，本专利技术提供了寡核苷酸，其包括与SEQ ID NO:2-4,6,8-10、12和14-34之一或其互补体具有至少80%序列同一性(例如至少85%、90%或95%等)的核酸，所述寡核苷酸具有loo个或更少的核苷酸。在某些实施方案中,序列同一'I生优选是90%，更优选95%。一般地，在这些实施方案中，这些寡核苷酸可以是引物核酸、探针核酸等。在这些实施方案的某些中，寡核苷酸具有40个或更少的核苷酸(例如35个或更少的核苷酸,30个或更少的核苷酸等)。在一些实施方案中，寡核苷酸包含至少一个修饰的核苷酸，例如以相对于未修饰的核苷酸改变核酸杂交稳定性。任选地，寡核苷酸包含至少一个标记和/或至少一个猝灭剂部分。在一些实施方案中，寡核苷酸包括至少一个保守修饰的变化。在另一个方面，本专利技术提供了一组寡核苷酸，其中所述寡核苷酸中的至少一个包含选自SEQ ID N0:2-4、6、8-10、12和14-34的序列或其互补体。在某些实施方案中，寡核苷酸组包括包含选自SEQ ID NO:2、8、12和14-20的序列或其互补体的第一寡核苷酸，和包含选自SEQ ID NO:3、6、9和21-26的序列或其互补体的第二寡核苷酸。在一些实施方案中，寡核苷酸组还包括包含选自SEQ ID NO:4、10和27-34的序列或其互补体的第三寡核苷酸。在特定实施方案中，第三寡核苷酸是可检测标记的。在进一步方面，本专利技术提供了用于检测样品中的SA的方法，该方法包括执行扩增步骤，其包括使样品与一组SA引物接触，如果SA存在于样品中，则产生扩增产物；执行杂交步骤，其包括使扩增产物与一种或多种可检测的SA探针接触；且检测扩增产物的存在或不存在，其中所述扩增产物的存在指示样品中SA的存在，且其中所述扩增产物的不存在指示样品中SA的不存在。在一个实施方案中，SA引物组的每个引物包含选自SEQ ID NO:2、3、6、8、9、12和14-26的核苷酸序列或其互补体，或由选自SEQ ID NO:2、3、6、8、9、12和14-26的核苷酸序列或其互补体组成，并且一种或多种可检测的SA探针包含选自SEQ ID N0:4、10和27-34的核苷酸序列或其互补体，或由选自SEQ ID NO:4、10和27-34的核苷酸序列或其互补体组成。在一些实施方案中，杂交步骤包括使扩增产物与由供体荧光部分标记和相应的受体突光部分标记的探针接触。该方法还包括检测探针的供体突光部分和受体突光部分之间的荧光共振能量转移(FRET)的存在或不存在。荧光的存在或不存在指示样品中SA的存在或不存在。在一个方面，扩增可以采用具有5’至3’外切核酸酶活性的聚合酶。在一些实施方案中，第一和第二荧光部分可以沿着探针长度在彼此不超过5个核苷酸内。在另一个方面，SA探针包括允许二级结构形成的核酸序列。此类二级结构形成一般导致第一和第二荧光部分之间的空间接近。根据这种方法，在探针上的第二荧光部分可以是猝灭剂。在进一步方面，本专利技术提供了用于检测SA的核酸的试剂盒。该试剂盒可以包括包含选自SEQ ID N0:2、8、12和14-20的序列或其互补体，或由选自SEQ ID N0:2、8、12和14-20的序列或其互补体组成的第一寡核苷酸；包含选自SEQ ID NO:3、6、9和21-26的序列或其互补体，或由选自SEQ ID NO:3、6、9和21-26的序列或其互补体组成的第二寡核苷酸；和包含选自SEQ ID NO:4、10和27-34的序列或其互补体，或由选自SEQ ID N0:4、10和27-34的序列或其互补体组成的第三可检测标记的寡核苷酸。在一个方面，试剂盒可以包括已用供体和相应的受体荧光部分标记的探针，或可以包括用于标记探针的荧光部分。在某些实施方案中，受体荧光部分可以是猝灭剂。该试剂盒还可包括三磷酸核苷、核酸聚合酶和/或核酸聚合酶功能所需的缓冲液。该试剂盒还可包括关于使用引物、探针和荧光部分检测样品中SA的存在或不存在的包装说明书和使用说明书。除非另有定义，否则本文使用的所有技术和科学术语具有与本专利技术所属领域普通技术人员通常理解相同的含义。尽管与本文所述那些相似或等价的方法和材料可以用于本专利技术的实践或测试中，但是下文描述了合适的方法和材料。此外，材料、方法和例子仅是举例说明性的，并且不意图本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种寡核苷酸，其包含选自SEQ?ID?NO：2?4、6、8?10、12和14?34的序列或其互补体。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2011.05.26 US 13/116,9751.一种寡核苷酸，其包含选自SEQ ID NO:2-4、6、8-10、12和14-34的序列或其互补体。2.权利要求1的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸包含至少一个修饰的核苷酸。3.权利要求1或2中任一项的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸包含至少一个保守修饰的变化。4.权利要求1-3中任一项的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸具有40个或更少的核苷酸。5.权利要求1-4中任一项的寡核苷酸,其还包含一个或多个可检测标记。6.权利要求1-5中任一项的寡核苷酸,其中所述寡核苷酸包含至少一个标记部分和/或至少一个粹灭剂部分。7.一种寡核苷酸，其与SEQ ID勵:2-4、6、8-10、12和14-34之一或其互补体具有至少80%序列同一1丨生。8.一种检测样品中的金黄色葡萄球菌(SA)的方法，所述方法包括: -执行扩增步骤，其包括使所述样品与一组SA引物接触，如果SA存在于所述样品中，则产生扩增产物； -执行杂交步骤，其包括使所述扩增产物与一种或多种可检测的SA探针接触；和-检测所述扩增产物的存在或不存在，其中所述扩增产物的存在指示所述样品中SA的存在，且其中所述扩增产物的不存在指示所述样品中SA的不存在； 其中所述SA引物组的每个引物包含选自SEQ ID NO:2、3、6、8、9、12和14-26的序列或其互补体；并且其中所述一种或多种可检测的SA探针包含选自SE...

【专利技术属性】
技术研发人员：JA约翰逊，
申请(专利权)人：霍夫曼拉罗奇有限公司，
类型：
国别省市：