一种生命科学应用的集群分配方法、软件安装方法及装置制造方法及图纸

本发明专利技术公开了一种生命科学应用的集群分配方法及装置、软件安装方法及系统，将这些应用快速高效地部署到集群中，其中，所述集群分配方法包括：对生命科学应用进行分类；根据各类应用对集群资源的需求，为各类应用分配满足分配策略的集群。所述安装方法在集群分配方法的基础上还包括：在所述集群的节点上将待安装的应用软件使用静态库进行安装。本发明专利技术的集群分配方法及装置、软件安装方法及系统将这些应用快速高效地部署到集群中，提高生命科学领域程序部署进度以及集群管理员的工作效率。

【技术实现步骤摘要】
【专利摘要】本专利技术公开了一种生命科学应用的集群分配方法及装置、软件安装方法及系统，将这些应用快速高效地部署到集群中，其中，所述集群分配方法包括：对生命科学应用进行分类；根据各类应用对集群资源的需求，为各类应用分配满足分配策略的集群。所述安装方法在集群分配方法的基础上还包括：在所述集群的节点上将待安装的应用软件使用静态库进行安装。本专利技术的集群分配方法及装置、软件安装方法及系统将这些应用快速高效地部署到集群中，提高生命科学领域程序部署进度以及集群管理员的工作效率。【专利说明】一种生命科学应用的集群分配方法、软件安装方法及装置
本专利技术涉及高性能计算科学集群，具体涉及一种生命科学应用的集群分配方法及装置、软件安装方法及系统。
技术介绍
将多台同构或异构的计算机连接起来协同完成特定的任务就构成了集群(cluster)系统。简单的说,集群(cluster)就是一组计算机,它们作为一个整体向用户提供一组网络资源。这些单个的计算机系统就是集群的节点。在高性能计算中，生命科学占有非常重要的位置，并且在该领域中应用类别庞杂，每个应用又包含很多软件，以某基因研究所为例，其应用软件高达100种，这些应用有些为计算密集型应用，有些为存储密集型，有些为内存密集型应用，有些事网络密集型应用，如此多的应用，应用特征不一，对硬件平台的需求自然不同，使得集群选型部署难度重重，何种集群能够满足这么多应用的需求就变的非常重要，如何将这些应用快速高效地部署到集群中是集群管理员或是科研工作者头痛的问题。
技术实现思路
本专利技术需要解决的技术问题是提供一种生命科学应用的集群分配方法及装置、软件安装方法及系统，将这些应用快速高效地部署到集群中，提高生命科学领域程序部署进度以及集群管理员的工作效率。为了解决上述技术问题，本专利技术提供了一种生命科学应用的集群分配方法，包括:对生命科学应用进行分类；根据各类应用对集群资源的需求，为各类应用分配满足分配策略的集群。进一步地，所述对生命科学应用进行分类包括:将所述生命科学应用分为:序列比对、序列拼接、分子动力学、分子对接、蛋白质结构预测、质谱解析和三维电镜重构。进一步地，所述对集群资源的需求包括:对内存容量需求、对磁盘IO需求、主频敏感度和扩展性的要求；所述分配策略包括:当某类应用对内存容量需求及磁盘IO需求大于第一阈值时，为该类应用分配胖节点集群；当某类应用对内存需求小于第一阈值、对磁盘IO需求小于第一阈值且大于第二阈值、主频敏感度大于第三阈值、对网络带宽需求高于第四阈值且扩展性好时，为该类应用分配双路高主频、高网络带宽集群；当某类应用对内存容量需求小于第一阈值、对磁盘IO需求大于第一阈值、主频敏感度大于第三阈值且扩展性好时，为该类应用分配双路高主频高IO吞吐集群。为了解决上述技术问题，本专利技术还提供了一种生命科学应用的集群软件安装方法，包括:对生命科学应用进行分类；根据各类应用对集群资源的需求，为各类应用分配满足分配策略的集群；在所述集群的节点上将待安装的应用软件使用静态库进行安装。进一步地，在所述集群的节点上将待安装的应用软件使用静态库进行安装包括:根据所述应用的类别将各个类别对应的应用软件使用静态库编译软件，生成二进制文件，并将每类应用的所述二进制文件构建一个文件夹。进一步地,所述方法还包括:当有应用软件需要更新时，将需要更新的应用软件使用静态库重新编译软件生成二进制文件，添加到相应应用类别的所述文件夹中。进一步地，在所述集群的节点上将待安装的应用软件使用静态库进行安装之前，还包括:在所述集群中的节点上安装操作系统及集群文件系统，安装编译器并设置消息传送接口 MPI并行环境。进一步地，所述对生命科学应用进行分类包括:将所述生命科学应用分为:序列比对、序列拼接、分子动力学、分子对接、蛋白质结构预测、质谱解析和三维电镜重构。进一步地，所述对集群资源的需求包括:对内存容量需求、对磁盘IO需求、主频敏感度和扩展性的要求；所述分配策略包括:当某类应用对内存容量需求及磁盘IO需求大于第一阈值时，为该类应用分配胖节点集群；当某类应用对内存需求小于第一阈值、对磁盘IO需求小于第一阈值且大于第二阈值、主频敏感度大于第三阈值、对网络带宽需求高于第四阈值且扩展性好时，为该类应用分配双路高主频、高网络带宽集群；当某类应用对内存容量需求小于第一阈值、对磁盘IO需求大于第一阈值、主频敏感度大于第三阈值且扩展性好时，为该类应用分配双路高主频高IO吞吐集群。为了解决上述技术问题，本专利技术还提供了一种生命科学应用的集群分配装置，包括:分类模块，用于对生命科学应用进行分类；集群分配模块，用于根据各类应用对集群资源的需求，为各类应用分配满足分配策略的集群。进一步地，所述对生命科学应用进行分类包括:将所述生命科学应用分为:序列比对、序列拼接、分子动力学、分子对接、蛋白质结构预测、质谱解析和三维电镜重构。进一步地，所述对集群资源的需求包括:对内存容量需求、对磁盘IO需求、主频敏感度和扩展性的要求；所述分配策略包括:当某类应用对内存容量需求及磁盘IO需求大于第一阈值时，为该类应用分配胖节点集群；当某类应用对内存需求小于第一阈值、对磁盘IO需求小于第一阈值且大于第二阈值、主频敏感度大于第三阈值、对网络带宽需求高于第四阈值且扩展性好时，为该类应用分配双路高主频、高网络带宽集群；当某类应用对内存容量需求小于第一阈值、对磁盘IO需求大于第一阈值、主频敏感度大于第三阈值且扩展性好时，为该类应用分配双路高主频高IO吞吐集群。为了解决上述技术问题，本专利技术还提供了一种生命科学应用的集群软件安装系统，包括:如上所述的装置，还包括:与所述装置相连的安装模块，用于在所述集群的节点上将待安装的应用软件使用静态库进行安装。进一步地，所述安装模块，用于在所述集群的节点上将待安装的应用软件使用静态库进行安装包括:根据所述应用的类别将各个类别对应的应用软件使用静态库编译软件，生成二进制文件，并将每类应用的所述二进制文件构建一个文件夹。进一步地，所述安装模块，还用于当有应用软件需要更新时，将需要更新的应用软件使用静态库重新编译软件生成二进制文件，添加到相应应用类别的所述文件夹中。与现有技术相比，本专利技术提供的生命科学应用的集群分配方法及装置、软件安装方法及系统，分析生命科学应用类别，选择满足分配策略的集群，能够将这些应用快速高效地部署到集群中，大大提高了生命科学领域程序部署进度，通过使用静态库批量的安装生命科学应用软件，大大提高了集群管理员的工作效率。【专利附图】【附图说明】图1是实施例中生命科学应用的集群分配方法流程图；图2是实施例中生命科学应用的集群软件安装方法流程图；图3是实施例中生命科学应用的集群软件安装方法流程图；图4是实施例中生命科学应用的集群分配装置结构图；图5是实施例中生命科学应用的集群软件安装系统结构图。【具体实施方式】为使本专利技术的目的、技术方案和优点更加清楚明白，下文中将结合附图对本专利技术的实施例进行详细说明。需要说明的是，在不冲突的情况下，本申请中的实施例及实施例中的特征可以相互任意组合。实施例:如图1所示，本实施例提供了一种生命科学应用的集群分配方法，包括:SlOl:对生命科学应用进行分类；其中，将生命科学类应用中与高性能计算相关的应用照生命科本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种生命科学应用的集群分配方法，包括：对生命科学应用进行分类；根据各类应用对集群资源的需求，为各类应用分配满足分配策略的集群。

【技术特征摘要】

【专利技术属性】
技术研发人员：金莲，
申请(专利权)人：浪潮北京电子信息产业有限公司，
类型：发明
国别省市：