确定生物通路活性的方法技术

用于确定正遭受病状的患者的生物样品中生物通路的活性水平的方法，所述方法包括以下步骤：建立阴性参考，测量至少三个基因的表达水平，所述基因来自于由个体、对照个体或患者所组成的组，该组的生物通路是失活的，所述的至少三个基因与所述的生物通路相关联，并且建立阳性参考，测量所述至少三个基因的表达水平，所述基因来自于由个体、对照个体或患者所组成的组，该组的生物通路是活性的，并且测量所述患者样品中所述至少三个基因的表达水平，并且将所述患者样品中所述至少三个基因的表达水平与阴性参考中所述至少三个基因的表达水平进行比较，并确定C-值，其对应于所述阴性参考中所述至少三个基因的表达水平与所述患者中所述至少三个基因的表达水平之间的相关联水平，并且将所述患者样品中所述至少三个基因的表达水平与阳性参考中所述至少三个基因的表达水平进行比较，并确定C+值，其对应于所述阳性参考中所述至少三个基因的表达水平与所述患者中所述至少三个基因的表达水平之间的相关联水平，并且建立C+/C-的比率，其给出了相关性得分，其中如果相关性得分低于1，表明生物通路不具备活性，并且如果相关性得分高于或等于1，表明生物通路具备活性。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】本专利技术涉及一种，所述生物通路与疾病相关联的。更精确地说，该方法包括基于基因表达图谱，评估所述通路在患者中的活性水平，所述患者患有所述疾病。本专利技术还涉及该方法在定向性治疗中的应用。已逐步形成了广泛的微阵列数据分析方法，范围包括从简单的倍数变化方法，到许多复杂的有计算要求的技术。通过微阵列技术的基因表达图谱已成为在研究许多复杂疾病的分子机制时被广泛使用的策略。然而，通过对大多数疾病遇到的生物异质性所进行的分析更加复杂。基因表达分析中一个常见的现象是，许多基因表现出类似的表达模式(I )，其可以分享共同调节控制下的生物学功能。此外，在实验条件(2)的子集中，这些共表达的基因根据它们的表达模式经常组成簇。因此，基因共表达，而不是差异表达，也可能提供信息。 然而,在文献通常使用的方法中不考虑生物识别标志(biological signature)的激活状态，这可以产生一些错误分类(3-7)。因此，本专利技术人已经开发了一种用于确定患有一种疾病的患者的生物通路的活性水平的方法，提供了一个所述生物通路的活性或非活性的响应指示，其避免了错误分类。本专利技术的方法允许确定真正的活性生物学网络，所述网络只与高水平的生物识别标志成分的相关性相关联。事实上，考虑到生物网络解释的这种新的相关方面，应允许在细胞水平上捕获实际的激活机制。生物识别标志是指共享一个或多个生物过程的一组基因或它们的产物。当基因在各种生物条件下被共调控或共激活时，相应的表达图谱可能会显示出相对的相似性，或者共表达。以下关于本专利技术方法的发展，关注，和说明显示出与类风湿关节炎(RA)有关。当然，本专利技术并不限于RA，其延伸至与其中至少一个生物通路相关联的任何病状之中。作为进一步的例子，所述病状可能是系统性红斑狼疮(SLE)，多发性硬化症(MS)，干燥综合征，I型糖尿病，皮肌炎等……。本专利技术的用于确定生物样品生物通路的活性水平的方法包括以下步骤，所述生物样品来源于正遭受病状的患者:为建立阴性参考，测量至少三个基因的表达水平，所述基因来自于由个体、对照个体或正遭受病状的患者所组成的组，该组的生物通路是失活的，所述的至少三个基因与所述的生物通路相关联，并且为建立阳性参考，测量上述至少三个基因的表达水平，所述基因来自于由个体、对照个体或正遭受病状的患者所组成的组，该组的生物通路是活性的，所述的至少三个基因与所述的生物通路相关联，并且测量所述患者样品中所述至少三个基因的表达水平，并且将所述患者样品中所述至少三个基因的表达水平与阴性参考中所述至少三个基因的表达水平进行比较，并确定C-值，其对应于所述阴性参考中所述至少三个基因的表达水平与所述患者中所述至少三个基因的表达水平之间的相关联水平，并且将所述患者样品中所述至少三个基因的表达水平与阳性参考中所述至少三个基因的表达水平进行比较，并确定C+值，其对应于所述阳性参考中所述至少三个基因的表达水平与所述患者中所述至少三个基因的表达水平之间的相关联水平，并且建立C+/C-的比率，其给出了相关性得分，其中如果相关性得分低于1，表明生物通路不具备活性，并且如果相关性得分高于或等于1，表明生物通路具备活性。根据本专利技术，短语“对照个体”包括任何个体，其中所述病状并未进行诊断，特别是包括健康个体，患有所述病状之外的任何其它病状的患者，患有所述病状的无症状患者。本专利技术还涉及一种通过确定生物通路的活性水平体外建立预测健康个体发生病状的方法，所述方法包括以下步骤:提供健康个体的样品，为建立阴性参考，测量至少三个基因的表达水平，所述基因来自于由个体、对照个体或正遭受病状的患者所组成的组，该组的生物通路是失活的，所述的至少三个基因与所述的生物通路相关联，并且为建立阳性参考，测量上述至少三个基因的表达水平，所述基因来自于由个体、对照个体或正遭受病状的患者所组成的组，该组的生物通路是活性的，并且测量所述健康个体的样品中所述至少三个基因的表达水平，并且将所述健康个体的样品中所述至少三个基因的表达水平与阴性参考中所述至少三个基因的表达水平进行比较，并确定C-值，其对应于所述阴性参考中所述至少三个基因的表达水平与所述对照个体中所述至少三个基因的表达水平之间的相关联水平，并且将所述健康个体的样品中所述至少三个基因的表达水平与阳性参考中所述至少三个基因的表达水平进行比较 ，并确定C+值，其对应于所述阳性参考中所述至少三个基因的表达水平与所述对照个体中所述至少三个基因的表达水平之间的相关联水平，并且建立C+/C-的比率，其给出了相关性得分，其中如果相关性得分低于1，表明生物通路不具备活性，这意味着，健康个体不可能发生病状，并且如果相关性得分高于或等于1，表明生物通路具备活性，这意味着，健康个体可能发生病状。在另一实施例中，本专利技术还涉及一种通过确定生物通路的活性水平体外建立患者病状诊断的方法，所述方法包括以下步骤:提供患者的样品，为建立阴性参考，测量至少三个基因的表达水平，所述基因来自于由个体、对照个体或正遭受病状的患者所组成的组，该组的生物通路是失活的，所述的至少三个基因与所述的生物通路相关联，并且为建立阳性参考，测量上述至少三个基因的表达水平，所述基因来自于由个体、对照个体或正遭受病状的患者所组成的组，该组的生物通路是活性的，并且测量所述患者样品中所述至少三个基因的表达水平，并且将所述患者样品中所述至少三个基因的表达水平与阴性参考中所述至少三个基因的表达水平进行比较，并确定C-值，其对应于所述阴性参考中所述至少三个基因的表达水平与所述患者中所述至少三个基因的表达水平之间的相关联水平，并且将所述患者样品中所述至少三个基因的表达水平与阳性参考中所述至少三个基因的表达水平进行比较，并确定C+值，其对应于所述阳性参考中所述至少三个基因的表达水平与所述患者中所述至少三个基因的表达水平之间的相关联水平，并且建立C+/C-的比率，其给出了相关性得分，其中如果相关性得分低于1，表明生物通路不具备活性，这意味着，患者不遭受与生物通路活性相关的病状，并且如果相关性得分高于或等于1，表明生物通路具备活性，这意味着，患者正遭受与生物通路活性相关的病状。正如上文所述，本专利技术还涉及使用上述方法进行定向性/个性化治疗。因此，本专利技术还涉及一种评估表现病状的患者是否确实需要给药的方法，所述药物直接或间接地与生物通路相互作用，所述方法确定生物通路的生物活性，并且所述生物活性与所述病状相关联，所述方法包括以下步骤: 提供患者的样品，为建立阴性参考，测量至少三个基因的表达水平，所述基因来自于由个体、对照个体或患者所组成的组，该组的生物通路是失活的，所述的至少三个基因与所述的生物通路相关联，并且为建立阳性参考，测量上述至少三个基因的表达水平，所述基因来自于由个体、对照个体或患者所组成的组，该组的生物通路是活性的，并且测量所述患者 样品中所述至少三个基因的表达水平，并且将所述患者样品中所述至少三个基因的表达水平与负参考中所述至少三个基因的表达水平进行比较，并确定C-值，其对应于所述阴性参考中所述至少三个基因的表达水平与所述患者中所述至少三个基因的表达水平之间的相关联水平，并且将所述患者样品中所述至少三个基因的表达水平与阳性参考中所述至少三个基因的表达水平进行比较，并确定C+值，其对应于所述阳性参考本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2010.10.06 EP 10306090.11.一种用于确定正遭受病状的患者的生物样品中生物通路的活性水平的方法，所述方法包括以下步骤: 建立阴性参考，测量至少三个基因的表达水平，所述基因来自于由个体、对照个体或正遭受病状的患者所组成的组，该组的生物通路是失活的，所述的至少三个基因与所述的生物通路相关联，并且 建立阳性参考，测量所述至少三个基因的表达水平，所述基因来自于由个体、对照个体或正遭受病状的患者所组成的组，该组的生物通路是活性的，并且测量所述患者样品中所述至少三个基因的表达水平，并且 将所述患者样品中所述至少三个基因的表达水平与阴性参考中所述至少三个基因的表达水平进行比较，并确定C-值，其对应于所述阴性参考中所述至少三个基因的表达水平与所述患者中所述至少 三个基因的表达水平之间的相关联水平，并且 将所述患者样品中所述至少三个基因的表达水平与阳性参考中所述至少三个基因的表达水平进行比较，并确定C+值，其对应于所述阳性参考中所述至少三个基因的表达水平与所述患者中所述至少三个基因的表达水平之间的相关联水平，并且建立C+/C-的比率，其给出了相关性得分，其中如果相关性得分低于1，表明生物通路不具备活性，并且如果相关性得分高于或等于1，表明生物通路具备活性。2.一种通过确定生物通路的活性水平体外建立预测健康个体发生病状的方法，所述方法包括以下步骤: 提供健康个体的样品， 建立阴性参考，测量至少三个基因的表达水平，所述基因来自于由个体、对照个体或正遭受病状的患者所组成的组，该组的生物通路是失活的，所述的至少三个基因与所述的生物通路相关联，并且 建立阳性参考，测量所述至少三个基因的表达水平，所述基因来自于由个体、对照个体或正遭受病状的患者所组成的组，该组的生物通路是活性的，并且测量所述健康个体的样品中所述至少三个基因的表达水平，并且将所述健康个体的样品中所述至少三个基因的表达水平与阴性参考中所述至少三个基因的表达水平进行比较，并确定C-值，其对应于所述阴性参考中所述至少三个基因的表达水平与所述对照个体中所述至少三个基因的表达水平之间的相关联水平，并且 将所述健康个体的样品中所述至少三个基因的表达水平与阳性参考中所述至少三个基因的表达水平进行比较，并确定C+值，其对应于所述阳性参考中所述至少三个基因的表达水平与所述对照个体中所述至少三个基因的表达水平之间的相关联水平，并且建立C+/C-的比率，其给出了相关性得分，其中 如果相关性得分低于1，表明生物通路不具备活性，这意味着，健康个体不可能发生病状，并且 如果相关性得分高于或等于1，表明生物通路具备活性，这意味着，健康个体可能发生病状。3.—种通过确定生物通路的活性水平体外建立患者病状诊断的方法，所述方法包括以下步骤:提供患者的样品， 建立阴性参考，测量至少三个基因的表达水平，所述基因来自于由个体、对照个体或正遭受病状的患者所组成的组，该组的生物通路是失活的，所述的至少三个基因与所述的生物通路相关联，并且 建立阳性参考，测量上述至少三个基因的表达水平，所述基因来自于由个体、对照个体或正遭受病状的患者所组成的组，该组的生物通路是活性的，并且测量所述患者样品中所述至少三个基因的表达水平，并且 将所述患者样品中所述至少三个基因的表达水平与阴性参考中所述至少三个基因的表达水平进行比较，并确定C-值，其对应于所述阴性参考中所述至少三个基因的表达水平与所述患者中所述至少三个基因的表达水平之间的相关联水平，并且 将所述患者样品中所述至少三个基因的表达水平与阳性参考中所述至少三个基因的表达水平进行比较，并确定C+值，其对应于所述阳性参考中所述至少三个基因的表达水平与所述患者中所述至少三个基因的表达水平之间的相关联水平，并且建立C+/C-的比率，其...

【专利技术属性】
技术研发人员：皮埃尔·迈奥斯克，布鲁诺·摩根，玛利克·帕耶，弗雷德里克·雷尼尔，
申请(专利权)人：拜奥默里克斯公司，里昂公立收容所，
类型：
国别省市：