本发明专利技术公开了一种预测放射不良反应相关基因突变检测的芯片。该检测芯片包括承载基片和在基片上呈阵列式分布的多种基因探针，基因探针含有多个与放射不良反应相关基因突变位点的互补寡核苷酸序列。每个突变位点设计野生型和突变型两种探针，设计长度为17-22bp的探针。利用本发明专利技术的芯片，只需病人2毫升血液，便能够再3-4小时内迅速得到结果，并配合专用软件，向临床医生提供明确的建议。采用这一新的检测芯片，医生可以在病人放疗前前对放疗方案进行调整，大大减少了病人不必要的痛苦与经济负担。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于分子生物学
，涉及一种放射不良反应相关基因突变检测芯片。
技术介绍
恶性肿瘤是威胁人类健康的重大慢性疾病。超过一半的肿瘤患者需要进行放射治疗，但肿瘤患者放疗不良反应个体差异较大。过去解决肿瘤放疗不良反应个体差异，集中在放疗手段或技术的提高。随着分子生物学的发展及人类基因组计划的完成，尤其是药物基因组学和放射基因组学的发展，使从分子基因水平寻找肿瘤放疗不良反应个体差异的原因成为研究热点。研究发现一些基因或蛋白与肿瘤放疗不良反应密切相关，包括癌基因、抑癌基因、细胞周期蛋白、细胞凋亡基因、生长因子、DNA修复基因等。检测放射治疗不良反应个体差异的肿瘤生物遗传标志物，以便在放疗前对不良反应进行预测和评估，将有利于临床医生制定放疗的个体化治疗方案。生物芯片技术始于上世纪80年代末和90年代初南点杂交专利技术人Dr.Sountern研发的反向南点杂交实验。生物芯片产业技术主要涉及到生物芯片制备、生物芯片应用、生物芯片信息处理分析等方面。生物芯片技术已成为高效、大规模获取相关信息的重要手段。目前生物芯片技术已广泛应用于分子生物学研究、疾病的预防诊断与治疗、新药研发、司法鉴定、环境污染监测和食品卫生监督等诸多领域。本专利技术采用生物芯片技术检测与放射治疗不良反应相关的基因突变位点，提前预测放射治疗可能引起的不良反应，将有利于临床医生个体化选择放疗方案，使患者治疗利益最大化。
技术实现思路
本专利技术旨在针对目前在肿瘤放射治疗过程中，出现对放疗不良反应个体差异的预测。提供一种方便、快捷的辅助临床医生制定个体化放疗相关基因型诊断芯片。为了达到上述目的，本专利技术提供的技术方案为:—种预测放射不良反应相关基因突变检测芯片，包括固相基片和点载在固相基片上的基因探针阵列；所述基因探针含有与放射不良反应相关基因突变位点的互补寡核苷酸序列；所述不良反应相关基因突变位点是TGFBl rsl800469, S0D2 rs4880, XRCClrs25487,XRCC3 rs861539,ATM rsl801673, TP53 rsl042522 和 N0S3 rsl799983。所述 TGFB1，S0D2，XRCCl, XRCC3, ATM, TP53 和 N0S3 的序列如 SEQ ID N0.1-7 所示。其中，所述基因探针包括野生型基因探针和突变型基因探针，基因探针长度为17-22bp ;具体而言,所述基因探针包括:TGFBl rsl800469 野生型探针 5' -CAGGGTCAGTGCCGTAAT-3'(SEQ ID N0.8) TGFBl rsl800469 突变型探针 5' -TACTGTCAAAATGCCGCT-3'(SEQ ID N0.9)S0D2 rs4880 野生型探针 5' -GTCCTCGGGGTAATACATCCAA-3'(SEQ ID N0.10)S0D2 rs4880 突变型探针 5' -GAAGGTTTTCGGCAGACGTGAC-3'(SEQ ID N0.11)XRCCl rs25487 野生型探针 5' -CTTGTCAACATAGGATCAT-3'(SEQ ID N0.12)XRCCl rs25487 突变型探针 5' -TGGCTGCAAAATGCGATCT-3'(SEQ ID N0.13)XRCC3 rs861539 野生型探针 5' -ATGGGCCCACTGTGTTATTT-3'(SEQ ID N0.14)XRCC3 rs861539 突变型探针 5' -CCCTGAGATTACGGCTTAAA-3'(SEQ IDN0.15)ATM rsl801673 野生型探针 5' -TTGAGCTCCATTGGTCAT-3'(SEQ ID N0.16)ATM rsl801673 突变型探针 5' -TCAGACTGGTTCTCTAGT-3'(SEQ ID N0.17)TP53 rsl042522 野生型探针 5' -ACATACGTGTGCGAGGA-3'(SEQ ID N0.18)TP53 rsl042522 突变型探针 5' -ATATGAACGATGCAACA-3'(SEQ ID N0.19)N0S3 rsl799983 野生型探针 5' -AATCAACTTACTGTAAACTTG-3'(SEQ ID N0.20)N0S3 rsl799983 突变型探针 5' -AATGAGTCGCCTCCTACTAGC-3'(SEQ ID N0.21)所述基因探针还包括阳性参照探针5, -ACTCTAAGTGCTATGCC-3 ' (SEQ IDN0.22)。所述固相基片材料为硅片、玻璃片、塑料片或尼龙膜中的一种或它们的任意组合。所述基因探针及固相基片表面包被多聚赖氨酸或琼脂糖。所述基因探针及固相基片表面修饰有氨基或醛基。下面结合原理及使用方法对本专利技术作进一步说明:本专利技术的预测放疗不良反应芯片包括承载基片和在基片上呈阵列式分布的多种基因探针，基因探针含有放疗不良反应预测相关基因突变位点的互补寡核苷酸序列，根据药物基因组学和/或放射基因组学的研究结果，这些突变位点在人群中的发生率较高，且对肿瘤放疗反应有明显影响。此外，为了控制芯片质量，芯片上基因探针阵列里亦可设置阳性参照探针。每个突变位点设计野生型基因探针阵列和突变型基因探针阵列两种探针，其探针长度为17-22bp。每个承载基片上可设置多个基因探针阵列即多个点样区域。承载基片可采用硅片、玻璃片、 塑料片、尼龙膜等固相介质，其表面可经过化学修饰。本专利技术预测放射不良反应相关基因芯片制造方法是:根据所需检测的基因位点附近的碱基序列，每个突变位点设计野生型和突变型两种探针，设计长度为17-22bp的探针，使用DNA序列合成仪合成探针，用点样装置将探针按一定的间距点在基片上，点样面积可根据探针数量、探针间距、点的大小等因素进行调整，点样后将芯片按探针与基片结合方式的不同，采取适当的方法进行固化。然后立即使用或贮存于4° C备用。承载基片可采用硅片、玻璃片、塑料片、尼龙膜等固相介质。为提高探针与基片结合的效率和检测灵敏度，探针和基片可作进一步修饰和包被。如其基片表面处理方式可为多聚赖氨酸包被、琼脂糖包被、氨基或醛基化修饰。本专利技术预测放射不良反应相关基因突变芯片的使用方法为:(I)采样从病人身上采血2ml ；(2)样本处理使用基因组DNA抽提试剂盒提取DNA ；以下涉及到荧光标记引物及其产物的操作步骤均在避光条件下(有红灯的暗室内)进行。(3) PCR反应扩增使用基因突变位点特异性引物通过PCR反应对DNA标本扩增，使用荧光物质或同位素对引物或dNTP进行标记； (4)杂交取PCR产物混合液，加阳性参照溶液及预热的杂交液，混匀，变性3分钟后置冰上，全部转移到放射不良反应相关基因突变检测芯片的点样区域(对照点样矩阵定位芯片)，加盖玻片(注意不要有气泡)；杂交舱里加几滴水，以保持湿度；将芯片放入杂交舱，密封杂交舱，然后放进恒温箱或水浴保温一小时；(5)洗片打开杂交舱，取出芯片，用洗脱液冲掉盖玻片，然后把芯片放入洗脱液中，室温(25° C±10° C)放置5分钟，用灭菌双蒸水冲洗二遍，室温下干燥；(6)读片推荐使用ScanArray4000扫描仪在60-85扫本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种预测放射不良反应相关基因突变检测芯片，包括固相基片和点载在固相基片上的基因探针阵列，其特征在于，所述基因探针含有与放射不良反应相关基因突变位点的互补寡核苷酸序列；所述不良反应相关基因突变位点是TGFB1?rs1800469，SOD2?rs4880，XRCC1?rs25487，XRCC3?rs861539，ATM?rs1801673，TP53?rs1042522和NOS3rs1799983。
【技术特征摘要】
1.一种预测放射不良反应相关基因突变检测芯片，包括固相基片和点载在固相基片上的基因探针阵列，其特征在于，所述基因探针含有与放射不良反应相关基因突变位点的互补寡核苷酸序列；所述不良反应相关基因突变位点是TGFBl rsl800469, S0D2 rs4880,XRCCl rs25487, XRCC3 rs861539, ATM rsl801673, TP53 rsl042522 和 N0S3rsl799983。2.如权利要求1所述的芯片，其特征在于，所述基因探针包括野生型基因探针和突变型基因探针，基因探针长度为17-22bp。3.如权利要求1所述的芯片，其特征在于，所述基因探针包括: TGFBl rsl800469 野生型探针 5' -CAGGGTCAGTGCCGTAAT-3' TGFBl rsl800469 突变型探针 5' -TACTGTCAAAATGCCGCT-3' S0D2 rs4880 野生型探针 5' -GTCCTCGGGGTAATACATCCAA-3' S0D2 rs4880 突变型探针 5' -GAAGGTTTTCGGCAGACGTGAC-3' XRCCl rs25487 野生型探针 5' -CTTGTCAACATAGGATCAT-3' XRCCl rs25487 突变型探针 5' -TGGCTGCAAAATGCGATCT-3' XR...
【专利技术属性】
技术研发人员：郭成贤，尹继业，裴奇，周伯庭，孟祥光，王瑛，陈娟，
申请(专利权)人：中南大学，
类型：发明
国别省市：
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