一种设计碱基替换或插入缺失的SNP分子标记的方法技术

本发明专利技术公开了一种设计碱基替换或插入缺失的SNP分子标记的方法，该方法针对由于平常所用的TaqDNA聚合酶要进行正常扩增，其5′可以不需要与模板完全匹配，而其3′要求完全配对。针对这个特性，可以特异地将所发现的SNP位点设计在引物3′位置；针对突变型的基因设计的引物与野生型的基因会形成3′端错配，导致不能正常扩增；同样以野生基因设计的引物与突变型基因的3′端产生错配，也同样在突变型个体基因组中不能正常扩增。本发明专利技术通过两次PCR，再通过特定技术检测PCR结果，可以方便地确定该个体SNP位点的基因型。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于SNP检测
，尤其涉及一种设计碱基替换或插入缺失的SNP分子标记的方法。
技术介绍
单核苷酸多态性(SNP)标记技术,属于新一代的标记技术。常用来表不不同生物个体在同一等位基因处个别碱基的差异，常常出现的单核苷酸多态性有碱基替换、碱基的插入缺失。目前，SNP是所发现的生物中存在最广泛的变异类型，即使在不同生物个体中序列差异不大的基因中也存在一定数量的SNP位点，因此是植物遗传研究中理想的分子标记。作为新兴的分子标记，SNP有如下优点:数量多分布广，SNP比微卫星标记密度更高，是等位基因间序列差异最为普遍的类型；SNP具有二态性特点，其不再以DNA序列长度的不同来检测多态性，能够用不同的方法进行基因的检测；在启动子区的SNP可能对基因的表达造成影响，而在编码序列的SNP可能会影响到所编码蛋白的结构和功能，是目前遗传研究的热点。目前，检测SNP的方法很多，常用的有如下几种:利用生物信息学的方法在已有的DNA数据库中搜索SNP，这种方法比较直接、快捷；单链构象多态性(SSCP)，通过个别碱基的变化影响DNA的构象的原理来检测SNP，操作简单、经济、适用面广。但影响因素本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种设计碱基替换或插入缺失的SNP分子标记的方法，其特征在于，该方法以已知功能基因SNP突变位点为参照，将此位点设计在特异引物的3′位置；通过分别设计Allele1和Allele2特异位点两对引物，通过两次PCR，再通过技术检测PCR结果，确定出个体SNP位点的基因型，通过标记功能验证及稳定性检测，将该分子标记用于辅助选择育种。

【技术特征摘要】

【专利技术属性】
技术研发人员：李学军，杨子博，李立群，吴青霞，杨林，邵慧，冉从福，
申请(专利权)人：西北农林科技大学，
类型：发明
国别省市：