基于定量PCR的使用重复DNA元件作为阴性对照预测用于下一代测序的靶标富集的效率的方法技术

本发明专利技术涉及一种基于定量PCR的使用重复DNA元件作为阴性对照预测用于下一代测序的靶标富集的效率的方法。用于测定从DNA文库中的靶标富集的效率的方法包括：将阴性对照序列和阳性对照序列添加至DNA文库，或从文库中挑选阴性对照序列和/或阳性对照序列；测定阴性对照序列的捕获前的量和阳性对照序列的捕获前的量；使用诱饵序列对来自DNA文库的靶标序列进行富集以产生捕获后文库；测定捕获后文库中的阴性对照序列的捕获后的量和阳性对照序列的捕获后的量；并基于阳性对照序列的捕获后的量、阴性对照序列的捕获后的量、阳性对照序列的捕获前的量和阴性对照序列的捕获前的量，测定靶标富集的效率。

【技术实现步骤摘要】
基于定量PCR的使用重复DNA元件作为阴性对照预测用于下一代测序的靶标富集的效率的方法
本专利技术涉及DNA文库组成分析领域，特别是分析DNA文库中的序列的相对丰度变化的方法。
技术介绍
用于对基因组测序的更为有效的技术的需求已导致下一代基因组测序技术的开发。虽然这些下一代测序技术已彻底改革了对基因组测序的方式，这些技术具有其弱点。例如，这些技术不能容易地靶向基因组的特定区域。对基因组的特定区域测序的能力具有许多应用。例如，一些疾病由仅仅少数核苷酸的突变引起。对整个人类基因组测序以鉴定这些少数突变是低效的。类似地，许多复杂疾病涉及单核苷酸多态性(SNP)或与疾病风险关联的SNP组。鉴定基因组中的此种SNP是费力的任务，因为其包括对来自受侵袭个体的基因组DNA的大的区域(典型地，大于100千碱基)测序以查找单个碱基变化或鉴定所有序列变体。为了使该任务便利，已开发了更新的方法，所述方法包括在分析或测序之前针对感兴趣的序列富集文库。富集之后，感兴趣的序列的亚组可被更为有效地测序。富集系统典型地使用含有感兴趣的区域周围的序列的寡核苷酸探针作为诱饵从DNA文库钓取(通过杂交)感兴趣的DNA片段本文档来自技高网...

【技术保护点】
用于测定从DNA文库中富集靶标的效率的方法，其包括：将阴性对照序列和/或阳性对照序列添加至DNA文库，或从DNA文库中挑选阴性对照序列和/或阳性对照序列；测定DNA文库中的阴性对照序列的捕获前的量和阳性对照序列的捕获前的量；使用至少一种诱饵序列对来自DNA文库的靶标序列进行富集以产生捕获后文库；测定在所述捕获后文库中的所述阴性对照序列的捕获后的量和所述阳性对照序列的捕获后的量；并基于所述阳性对照序列的捕获后的量与所述阴性对照序列的捕获后的量的比率，或基于将所述阳性对照序列的捕获前的量与所述阴性对照序列的捕获前的量的第一比率(i)与所述阳性对照序列的捕获后的量与所述阴性对照序列的捕获后的量的第二...

【技术特征摘要】
2011.11.30 US 13/308,4821.用于测定从DNA文库中富集靶标的效率的方法，其包括：将阴性对照序列添加至DNA文库或从DNA文库中挑选阴性对照序列，且将阳性对照序列添加至DNA文库或从DNA文库中挑选阳性对照序列；测定DNA文库中的阴性对照序列的捕获前的量和阳性对照序列的捕获前的量；使用至少一种诱饵序列对来自DNA文库的靶标序列进行富集以产生捕获后文库；测定在所述捕获后文库中的所述阴性对照序列的捕获后的量和所述阳性对照序列的捕获后的量；并基于所述阳性对照序列的捕获后的量与所述阴性对照序列的捕获后的量的比率，或基于将所述阳性对照序列的捕获前的量与所述阴性对照序列的捕获前的量的第一比率(i)与所述阳性对照序列的捕获后的量与所述阴性对照序列的捕获后的量的第二比率(ii)进行比较测定所述靶标富集的效率，其中所述阴性对照序列是选自长散布元件(LINE)或短散布元件(SINE)的重复元件，所述阳性对照序列是在DNA文库中找到的那些或掺入DNA文库的外源序列。2.根据权利要求1的方法，其中所述重复元件是Alu元件。3.根据权利要求2的方法，其中所述重复元件是AluJo，AluJo的序列为SEQIDNO:1。4.根据权利要求1的方法，其中所述重复元件是L1MEe，L...

【专利技术属性】
技术研发人员：斯科特·哈珀，约瑟夫·晃·海·翁，
申请(专利权)人：安捷伦科技有限公司，
类型：发明
国别省市：