本发明专利技术涉及一种牛屠宰性状相关基因CMYA4的克隆及应用，在CMYA4基因的第8外显子1092bp处有一个与牛屠宰性状相关的SNP标记位点，为T/C突变，基因CMYA4的克隆制备步骤包括：获得CMYA4基因mRNA序列；CMYA4基因的染色体定位以及基因结构分析和蛋白特点分析；设计引物扩增含SNP位点的基因组DNA；RFLP-PCR多态性检测，将基因CMYA4中与牛屠宰性状相关的SNP标记作为西门塔尔牛牛肉分子育种遗传标记。本发明专利技术为牛基因组数据库提供新的信息，为优质性状基因利用提供了参考，本发明专利技术公开的SNP多态性位点的应用为检测牛屠宰性状提供了新的技术指标，为牛的标记辅助育种提供了新的标记。
【技术实现步骤摘要】
—种牛屠宰性状相关基因CMYA4的克隆及应用
本专利技术属于基因工程
，具体涉及一种牛屠宰性状相关基因CMYA4的克隆及应用。
技术介绍
动物体内的肌肉可以分为三大类骨骼肌、心肌和平滑肌。骨骼肌占体重的 40-60%，决定着家畜的产肉量。骨骼肌由大量的肌纤维(myofiber)组成，每个肌纤维就是一个肌细胞。肌纤维可根据代谢特点分为红肌纤维(缓慢有氧收缩型)和白肌纤维(快速糖酵解收缩型)，另外还有一种肌纤维所含的酶系活性居于这两类肌纤维之间，呈粉红色，为中间型肌纤维。CMYA家族基因与动物的肌肉组织的组成具有密切的关系。骨骼肌的生长过程涉及大批基因的表达及转录与翻译水平的调控，不同个体或不同品种牛的产肉性状差异与胚胎期和生后期基因的表达调控密切相关。CMYA是原发性心肌症相关蛋白 (cardiomyopathy associated protein, CMYA),目前关于CMYA家族基因的研究主要集中于对该基因与肌蛋白的相互作用。CMYA4 基因又名 UNC-45B (unc_45homolog B)或骨豁肌 UNC-45 (Skeletalmuscle UNC-45)。通过遗传实验得出该基因与粗丝的组装有关，发现其具有分子伴侣的作用。线虫 UNC-45分子量大小为107kDa，氨基端含有34个氨基酸的重复序列，大约400个氨基酸残基的中心区域以及UNC-45/Cro 1/She4p (UCS)结构域。UNC-45在肌肉组织中表达，并且免疫荧光染色显示它与重链肌球蛋白共定位于躯干肌肉A-带粗丝。研究发现在哺乳动物体内具有2种UNC-45蛋白，分别为GC UNC-45和SM UNC-45。总体上这两种蛋白质氨基酸的同源性74%左右，而小鼠和人最高，分别达到95%和98%。分别检测了它们在成年小鼠不同组织的分布情况显示GC UNC-45广泛表达于各组织，而SM UNC-45只在骨骼肌和心肌中表达，并利用原位杂交技术检测了它们在胚胎不同发育时期的表达，结果显示SM UNC-45基因在小鼠胚胎发育的第8. 75天开始仅在心脏中表达，而GC UNC-45基因在胚胎发育的第8天就开始广泛表达。在培养的C2C12细胞系中，GC-UNC45基因在增殖期表达量最高，而SM UNC-45 在分化阶段表达，参与肌细胞的成熟以及肌管的形成。通过以上结果作者得出SM UNC-45 在肌肉发育中起着重要作用。对斑马鱼敲除SM UNC-45基因后出现瘫痪以及心脏功能的异常，进一步研究发现瘫痪是由于躯干肌肉肌小节中肌球蛋白丝的缺乏。以上实验结果进一步说明了 SM UNC-45在肌肉发育中的重要作用。在实际工作中，人们试图寻找一种简便的评定胴体品质的方法，以减少经济损失， 因此大量研究致力于寻找胴体组成的最佳预测指标。而目前DNA分子标记技术的发展和应用，为胴体品质的快速评定开辟了新途径。分子遗传标记则可能克服这一缺点而较早地对种牛进行选择，因此合适的遗传标记对于开展标记辅助选择，加快遗传进展，并最终实现分子育种是极其重要的。另外，研究突变位点在群体中的多态性，并进行性状关联分析是研究基因功能的一个强有力的手段。在群体中通过性状关联分析寻找与牛重要经济性状相关的基因，进行分子育种始终是育种工作者的一项重要而艰巨的任务。CMYA4基因是一个重要的肌肉生长发育相关基因，将该基因用在分子辅助标记选择中具有重要意义，分离克隆牛屠宰性状相关基因CMYA4并进行其多态性与屠宰性状的关联分析，可以开发用于检测牛屠宰性状指标的新技术，为牛的标记辅助育种提供了新的标记。通过对国内公开专利文献的检索，未检索到与牛屠宰性状相关基因CMYA4技术的相关专利文献。
技术实现思路
本专利技术的目的在于分离牛屠宰性状相关基因CMYA4，获得CMYA4基因mRNA序列，实现对牛屠宰性状相关基因CMYA4的克隆，通过对克隆基因的RFLP多态性检测，RFLP多态性与胴体性状的关联分析，建立RFLP多态性用于检测牛屠宰性状指标的技术，并为牛的标记辅助育种提供新的标记。本专利技术解决其技术问题是采取以下技术方案实现的一种牛屠宰性状相关基因CMYA4，在CMYA4基因的第8外显子1092bp处有一个与牛屠宰性状相关的SNP标记位点，为T/C突变。一种牛屠宰性状相关基因CMYA4的克隆，制备步骤如下第一步，通过查询 NCBI 数据库(http: //www. ncb1. nlm. nih. gov/guide/)和 Ensembl数据库(http://asia. ensembl. org/index, html)利用I；匕较基因组学方法获得 CMYA4基因mRNA序列⑴查询数据库获得Homo sapiens cardiomyopathy-associated protein 4 (CMYA4), mRNA 序列 ΝΜ_173167· 2 和 Mus musculus cardiomyopathy -associatedprotein 4 (CMYA4)，mRNA 序列 NM_178680. 4 ；⑵利用NCBI BLAST 工具利用 Highly similar sequences (megablast)比对牛表达序列标签EST，选取同源性大于80%的表达序列标签序列.EDY048664.1, EE373716.1, EE 381791.1, EE376524.1, DV933195.1, DV930911.1, DV797178.1, CB438141. 1，通过 DNAstar (Madison, WI, USA)程序拼接获得 CMYA4mRNA 全长序列 3430bp ； 第二步，根据CMYA4基因mRNA序列，利用比对的方法进行CMYA4基因的染色体定位以及基因结构分析和蛋白特点分析第三步，找出CMYA4基因的SNP位点，设计弓丨物扩增含SNP位点的基因组DNA ；⑴找出CMYA4基因的一个SNP位点；⑵根据基因序列设计引物扩增出待测SNP所在的核苷酸片段；第四步，RFLP-PCR多态性检测。而且，所述制备步骤第三步的第⑵步中设计引物扩增出待测SNP所在的核苷酸片段的引物序列如SEQ ID N0:3 4所示。一种牛屠宰性状相关基因CMYA4的应用，是将基因CMYA4中与牛屠宰性状相关的 SNP标记作为牛肉分子育种遗传标记。而且，将基因CMYA4中与牛屠宰性状相关的SNP标记作为牛分子育种遗传标记的步骤如下第一步，牛CMYA4基因HindII1-RFLP基因型与部分性状的关联分析；第二步，确定基因CMYA4及其SNP位点用于检测个体毛重、胴体重、胴体长、胴体深、皮重等胴体性状。本专利技术的优点和效果是1、本专利技术分离牛屠宰性状相关基因CMYA4，利用比较基因组学方法获得CMYA4基因mRNA序列，并确定CMYA4基因的染色体定位以及基因的结构，可以为牛基因组数据库提供新的信息，为优质性状基因利用提供参考。2、CMYA4基因是一个重要的肌肉生长发育相关基因，将该基因用在分子辅助标记选择中具有重要意义，本专利技术选取CMYA4基因的一个SNP位点，根据基因序列设计引物扩增出待测SNP所在的核苷酸片段，用HindIII进行RFLP-PCR。在分析的牛群中，利用一对引物针对突变位点，通本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种牛屠宰性状相关基因CMYA4，其特征在于：在CMYA4基因的第8外显子1092bp处有一个与牛屠宰性状相关的SNP标记位点，为T/C突变。
【技术特征摘要】
【专利技术属性】
技术研发人员：郭宏，葛秀国，聂永伟，丁向彬，刘新峰，
申请(专利权)人：天津农学院，
类型：发明
国别省市：
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