筛查马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒的芯片及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种筛查马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒的芯片及其应用。本发明专利技术提供的鉴定或辅助鉴定马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒的探针组，由19条探针组成，所述19条探针的核苷酸序列依次分别为序列表中的序列1-19。还提供了筛查马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒的基因芯片，为将上述的探针组固定在片基表面得到的基因芯片。本发明专利技术的实验证明，本发明专利技术采用生物信息学方法对马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒类病毒的核苷酸序列进行分析，设计了该属的兼容性探针，标准类病毒样品验证结果证明探针效果良好。本发明专利技术的筛查马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒的芯片可用于马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒的检疫鉴定。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及生物信息学及生物检疫鉴定
，尤其涉及筛查马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒的芯片及其应用。
技术介绍
马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒(Pospiviroid)属于马铃薯纺锤形块茎类病毒科(Pospiviroidae),根据国际病毒分类委员会(International Committee on Taxonomyof Viruses, ICTV)第八次分类报告,该属包括马铃薯纺锤形块莖类病毒(Potato spindle tuber viroid, PSTVd)、菊花矮化类病毒(Chrysanthemum stunt viroid, CSVd)、柑橘裂皮类病毒(Citrus exocortis viroid, CEVd)、金鱼花潜隐类病毒(Columnea latent viroid,CLVd)、血觅类病毒 I (Iresine viroid 1，IrVd-1)、墨西哥心叶爺类病毒(Mexican papitaviroid,MPVd-1)、番爺顶缩类病毒(Tomato apical stunt viroid,TASVd)及番爺雄性株类病毒(Tomato planta macho viroid,TPMVd)等8种类病毒。该属的类病毒可侵染马铃薯、番茄、辣椒、鳄梨、菊花、柑橘、金鱼花、血苋、心叶茄等多种重要的作物。其代表种马铃薯纺锤形块茎类病毒是2007年发布的《中华人民共和国进境植物检疫性有害生物名录》中的检疫性有害生物，在美国、加拿大、前苏联的马铃薯种植区均有发生；在南非，该类病毒也引起番茄病害。轻型株多于重型株，其比例约为10 I。轻型病株引起严重损失为159^25%;重型株引起严重症状，造成产量损失可达65%。近几年，该病原的寄主呈扩大趋势，先后在新西兰的辣椒、荷兰及欧洲国家的茄属观赏植物和捷克的曼陀罗属、素馨茄、人参果、矮牵牛属植物及土耳其和德国的灯笼果上发现该病毒。随着该病毒寄主范围的扩大，各国不同程度的加大了对此病毒的重视程度和对病毒寄主有害生物变化趋势的关注程度，并及时采取各种灵活变通的检疫措施，并在进境检疫中非正式地调整了检查对象。如2010年2月韩国突然对我国出口辣椒种子实施马铃薯纺缍块茎病毒检测，并以此为由退运处理部分货物。由于本属具有潜在新发检疫性类病毒的可能，而目前用于该属类病毒检测的方法如指示植物法、聚丙烯酰胺凝胶电泳法、核酸斑点杂交技术及分子生物学技术等只能对该属已知类病毒进行特异性检测，对于未知及新发的类病毒监测无能为力，所以容易造成危险性类病毒漏检并传播扩散，进而导致巨大的经济损失和不良的社会影响。
技术实现思路
本专利技术的一个目的是提供一种鉴定或辅助鉴定马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒的探针组。本专利技术提供的鉴定或辅助鉴定马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒的探针组，由探针I-探针19共19条探针组成,所述探针I-探针19的核苷酸序列依次分别为序列表中的序列1-19。上述探针中，所述马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒为马铃薯纺锤形块茎类病毒、菊花矮化类病毒、柑橘裂皮类病毒、金鱼花潜隐类病毒、血苋类病毒I、墨西哥心叶茄类病毒、番煎顶缩类病毒或番煎雄性株类病毒。本专利技术的另一个目的是提供一种筛查马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒的基因-H-* I I心/T 本专利技术提供的筛查马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒的基因芯片，为将上述的探针组固定在片基表面得到的基因芯片。在上述基因芯片中，所述片基为醛基化玻璃片基，在本专利技术的实施例中采用的是博奥生物有限公司晶芯微阵列基片，产品目录号420022。在上述基因芯片中，所述马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒为马铃薯纺锤形块茎类病毒、菊花矮化类病毒、柑橘裂皮类病毒、金鱼花潜隐类病毒、血苋类病毒I、墨西哥心叶茄类病毒、番茄顶缩类病毒或番茄雄性株类病毒。本专利技术的第三个目的是提供一种筛查马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒的试剂盒。本专利技术提供的试剂盒，包括上述的基因芯片。上述试剂盒还包括用于扩增所述马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒的cDNA的引物对，所述引物对具体为引物对I或引物对2 ；所述引物对I由序列表中序列20和序列表中序列21所示的DNA分子组成(用于扩增菊花矮化类病毒);所述引物对2由序列表中序列22和序列表中序列23所示的DNA分子组成(用于扩增番茄雄性株类病毒);所述马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒为菊花矮化类病毒或番茄雄性株类病毒。上述探针组、上述基因芯片或上述试剂盒在如下1)-4)中的应用，也是本专利技术保护的范围I)鉴定或辅助鉴定马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒；2)制备鉴定或辅助鉴定马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒产品；3)鉴定或辅助鉴定待测植物感染马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒；4)制备鉴定或辅助鉴定待测植物感染马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒产品。上述应用中，所述马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒为马铃薯纺锤形块茎类病毒、菊花矮化类病毒、柑橘裂皮类病毒、金鱼花潜隐类病毒、血苋类病毒I、墨西哥心叶茄类病毒、番茄顶缩类病毒或番茄雄性株类病毒；所述待测植物为马铃薯、菊花、柑橘、金鱼花、血苋、心叶茄或番茄。本专利技术的第四个目的是提供一种筛查或辅助筛查待测植物感染马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒的方法。本专利技术提供的方法，包括如下步骤I)将待测植物的组织的cDNA进行标记，得到标记后产物；2)将步骤I)得到的标记后产物与上述的基因芯片进行杂交，得到杂交后芯片；3)将步骤2)得到的杂交后芯片扫描，、若所述基因芯片上的至少一条所述探针的信号绝对值不小于600且信噪比不小于3. 0，则待测植物感染或候选感染马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒。上述方法中，步骤I)中，所述标记为以所述cDNA为模板，以上述的试剂盒中的所述引物对进行PCR扩增，得到PCR产物，再将所述PCR产物进行Klenow酶标记，得到标记后产物；步骤2)中，所述杂交的温度为42°C，所述杂交的时间为12h ；在所述步骤2)后和步骤3)前还包括将所述杂交后芯片进行洗涤的步骤；所述至少一 条所述探针为上述探针组中的任意一条；所述组织为叶片；所述马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒、所述引物对和所述待测植物如下I)或2)I)所述马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒为菊花矮化类病毒，所述引物对为所述引物对I ;所述待测植物为菊花；2)所述马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒为番茄雄性株类病毒，所述引物对为所述引物对2 ;所述待测植物为番茄。本专利技术的实验证明，本专利技术提供的筛查马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒芯片中的探针具有马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒属水平上的兼容性和属内的特异性，所需的样品量少，一般仅需0. lg。另外数据的分析与计算机图像处理软件相结合，达到分析结果能够直观化、可视化。本专利技术采用生物信息学方法对马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒的核苷酸序列进行分析，设计了该属的兼容性探针，标准类病毒样品验证结果证明探针效果良好。本专利技术的马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒芯片可用于马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒的检疫鉴定。附图说明图I为马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒筛查芯片探针点阵示意图(6X5)图2为应用菊花矮化类病毒样品验证马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒筛查芯片的结果图3为应用番茄雄性株类病毒样品验证马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒筛查芯本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种鉴定或辅助鉴定马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒的探针组，由探针I-探针19共19条探针组成，所述探针I-探针19的核苷酸序列依次分别为序列表中的序列1-19。2.根据权利要求I所述的探针组，其特征在于所述马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒为马铃薯纺锤形块茎类病毒、菊花矮化类病毒、柑橘裂皮类病毒、金鱼花潜隐类病毒、血觅类病毒I、墨西哥心叶爺类病毒、番爺顶缩类病毒或番爺雄性株类病毒。3.—种筛查马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒的基因芯片，为将权利要求I或2所述的探针组固定在片基表面得到的基因芯片。4.根据权利要求3所述的基因芯片，其特征在于所述片基为醛基化玻璃片基；所述马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒为马铃薯纺锤形块茎类病毒、菊花矮化类病毒、柑橘裂皮类病毒、金鱼花潜隐类病毒、血苋类病毒I、墨西哥心叶茄类病毒、番茄顶缩类病毒或番茄雄性株类病毒。5.一种筛查马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒的试剂盒，包括权利要求3或4所述的基因芯片。6.根据权利要求5所述的试剂盒，其特征在于所述试剂盒还包括用于扩增所述马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒的cDNA的引物对，所述引物对具体为引物对I或引物对2 ; 所述引物对I由序列表中序列20和序列表中序列21所示的DNA分子组成； 所述引物对2由序列表中序列22和序列表中序列23所示的DNA分子组成； 所述马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒为菊花矮化类病毒或番茄雄性株类病毒。7.权利要求I或2所述探针组、权利要求3或4所述的基因芯片、权利要求5或6所述的试剂盒在如下I)-4)中的应用 1)鉴定或辅助鉴定马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒； 2)制备鉴定或辅助鉴定马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒产品； 3)鉴定或辅助鉴定待测植物感染马铃薯纺锤形块茎类病毒属类病毒...

【专利技术属性】
技术研发人员：张永江，朱水芳，丁芳，王国平，李世访，辛言言，刘洪义，粟智平，
申请(专利权)人：中国检验检疫科学研究院，
类型：发明
国别省市：