用于慢性创伤的分类和预后的方法和试剂盒技术

本发明专利技术涉及用于识别非愈合性或者愈合性的慢性哺乳动物创伤组织的方法和试剂盒，或者用于确定慢性哺乳动物创伤组织的预后的方法和试剂盒，该方法和试剂盒基于鉴定至少一套关键的分子标记物或者基因，所述的分子标记物或基因的表达谱指示给定的创伤类型，并且对于给定的预后是有代表性的。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及用于哺乳动物以及尤其是人的慢性创伤的分类和预后的方法和试剂盒，包括其部分。更具体地，该方法涉及识别一种或者多种基因表达谱，所述的基因表达谱使得能够区分“异常的或者非愈合性的”慢性创伤或者愈合性的慢性创伤。有利地，所述的基因表达谱使得能够对治疗的选择作出知情决定，以及能够预测使用给定的疗法之后的结果。此外本专利技术识别出了用于创伤疗法的新的靶。
技术介绍
在一种或另一种形式上说，非愈合性的或者慢性的和愈合不良的创伤构成了英国卫生系统的主要负担。此外，在欧盟若干成员国中，与创伤愈合相关的医疗费用已经接近健康护理资金的第三位。慢性足溃疡是糖尿病的主要并发症，其在所有糖尿病相关的入院中占高达25%， 并且每年花费英国国民保健服务2亿5千万英镑。慢性足溃疡导致高发病率，损害生活的质量，并且是下肢截肢的主要原因。尽管对足部护理给予了细心的关注，仍有多达25%的糖尿病患者在其一生中发生足溃疡。在糖尿病患者中，下肢溃疡的原因是和非糖尿病患者一致的，也即神经病、缺血以及外伤。然而，这一“致病三部曲”使得创伤容易感染，这也助长了创伤的非愈合特性。当前的治疗涉及从该区域消除压力、清创、包扎创伤并控制感染在更为严重的疾病中，可能需要外科切除和血管重建，最终可能必须截肢。除了糖尿病患者中的下肢溃疡外，医疗费用的另一主要来源是由压力创伤，或者未能提供常规护理或者医疗处理所导致的溃疡所产生的。在英国每年有412000人受此类创伤的影响，花费14-21亿英镑。创伤的愈合受到复杂的生物过程的控制，该生物过程涉及大量类型的细胞；细胞和组织之间的复杂相互作用；免疫系统的激活以及血管生成过程的激活。典型的愈合过程可以分为5个不同的但是紧密相关的阶段凝固阶段，急性炎症阶段，基质沉积阶段，毛细血管形成阶段和上皮重新形成阶段。这些阶段中的每个均受到多种因素的控制。在该过程的任意方面的缺陷都可以导致有缺陷的创伤愈合。因此，“正常” 的愈合过程可以由于内在的或者外在的因素而有缺陷，所述的缺陷表现为”不正常的非愈合性的“或者”慢性的“创伤。正是这些“非愈合性的”或者慢性的创伤为患者的生活质量带来了最大的挑战，并增加了医疗护理系统的开支。尽管一些共同的临床的/病理的因素对于预先判断创伤是“愈合性的”抑或“非愈合性”，或者急性的创伤是否变成慢性的有帮助，没有特定的实验室检测来区分创伤的类型。除此之外，尚未有清楚的方法能确定如何预测愈合过程，以及确定患者在创伤护理中对治疗可能的反应。因此，我们开发了确定给定创伤的预后的方法，该方法在创伤的治疗之前或者在其治疗中相对地易于实施，有效地进行并且为可能的结果提供准确的指示。我们的方法使用虽少但具高度代表性的标记物样本，该标记物样本区分急性创伤、慢性创伤和非愈合性创伤，并且因此在为给定的创伤选择治疗时是尤其地相关的，并且在给定的创伤的治疗后在确定可能的结果中尤其地准确。总而言之，我们确定了多种分子标记物，所述的分子标记物对于确定预测给定的创伤具有相关性。这些标记物共同地构成至少一个分子特征，并且这些标记物在来自患者的创伤组织中的表达构成了基因表达谱，该基因表达谱表明给定的创伤的类型和预后。除此之外，我们分析了所述的分子特征，从而识别哪些标记物是创伤类型和预后的最佳的指示剂，换言之，对所述的分子特征预测能力贡献最大的那些。标记物的这个子集统称为精制的分子特征以及这些标记物的表达构成了精制的基因表达谱。除此之外，我们对此精制的分子特征进行了检查，以确定其是否含有基因的子集， 所述的基因的子集可以用于提供进一步可接受的，创伤愈合的指示。标记物的该子集统称为超精制的分子特征，并且这些标记物的表达构成了超精制的基因表达谱。在此所引用的术语标记物是指其完整身份可以在mm. NCBI. LM. NIH. gov数据库中得到的已命名的基因，或者本领域技术人员所公知的，参见附录1。对在此描述的分子特征的说明在第一个实例中，牵涉到系统和仔细的检查创伤组织的34个样品和110个遗传分子标记物，以及在进行验证研究的第二个实例中，牵涉到系统和仔细的检查创伤组织的71个样品以及在此描述的标记物的应用。然而，在完成这一艰苦的任务之后，我们出乎意料地发现，事实上为了向给定的创伤组织样品提供准确的分类和预后需要对非常少的基因进行检查。更为出乎意料的是，我们能够通过识别出对我们的分子特征的预测能力贡献最多的那些分子标记物，来进一步地减少这一数目，例如仅有25个；或者更为理想地，14个；或者更为理想地只有4个基因需要被进行检查。这意味着我们的方法具有直接的应用，并且可以快速、常规地在临床的环境下实施。实际上，我们建议我们的方法构成创伤护理的标准治疗方案的部分，从而相关的医师可以在早期确定特定的创伤的分类和结果，从而相应地配合治疗。因此，例如，一名个体在表现出表示“异常的或者非愈合性的”慢性创伤的特征指示情况下，可以采取与表现出愈合性慢性创伤不同形式的治疗。因此，我们的方法不仅仅用于确保个体得到针对其创伤状态的治疗，通过确保侵入性疗法仅仅用于必须的情况，其还能够在治疗中改善患者的生活质量。
技术实现思路
在下述的本专利技术的陈述中，我们使用了 14个经基因精制的基因特征来提供识别异常的或者非愈合性的慢性哺乳动物创伤组织的方法。相应地，在本专利技术的一个方面，提供了用于识别异常的或者非愈合性的慢性哺乳动物创伤组织的方法，该方法包括(a)检查来自个体的创伤组织样品，从而确定编码以下分子标记物的基因的表达水平，所述的分子标记物为ARP2、CREB11、VEGF-C、牛皮藓素、IL22R、TEM4、IL8RB、IL17BR、 闭合蛋白-5、KAIl、PTPRK、CARl、Endomuscin-2 和 TEM7R ；并且(b)如果所有的下列基因都显示出上升的表达水平牛皮藓素、闭合蛋白-5、IL8RB、IL22R、PTPRK、TEM4、TEM7R、VEGF-C、ARP2和 CARl ；(c)推断该组织样品所取自的个体具有异常的或者非愈合性的慢性创伤。在本专利技术进一步优选的方法中，进行了另外的研究，从而确定下列的标记物中的任意一种或多种是否显示出下降的或者正常的表达水平Endomuscin-2、IL17BR、KaIl 和 CREBll ；并且如果情况是这样，推断该组织样品所取自的个体具有非愈合性的慢性创伤。理想地，所述的创伤组织样品来自慢性创伤。在本专利技术的第二个方面，提供了识别愈合性慢性哺乳动物创伤组织的方法，该方法包括(a)检查来自个体的创伤组织样品，从而确定编码以下分子标记物的基因的表达水平，所述的分子标记物为ARP2、CREBl 1、VEGF-C、牛皮藓素、IL22R、TEM4、IL8RB、IL17BR、 闭合蛋白-5、KAIl、PTPRK、CARl、Endomuscin-2，和 TEM7R ；并且(b)如果所有的下列基因都显示出下降的表达水平CREBl 1、IL17BR、KAI1 和 Endomuscin-2 ；(c)推断该组织样品所取自的个体具有愈合性的慢性创伤。在本专利技术的进一步优选的方法中，进行了另外的研究，从而确定下列的标记物中的任意一种或多种是否显示出上升的或者正常的表达水平牛皮藓素、闭合蛋白_5、 IL8RB、IL22R、PTPRK、TEM4、本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
...

【专利技术属性】
技术研发人员：WG姜，KG哈丁，
申请(专利权)人：加的夫大学学院咨询有限公司，
类型：发明
国别省市：