【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术的设备和方法涉及用于确定细胞色素P450 1A2、2A6和2D6、PXR和UDP-葡萄糖醛酸基转移酶1A基因的基因型的单倍型标签单核苷酸多态性(htSNP)和基因芯片，更具体而言，涉及用于确定人类CYP1A2、CYP2A6、CYP2D6、NR1I2(＝PXR)和UGT1A基因的单倍型的htSNP的选择方法、确定所述基因的基因型的方法和用于所述方法的基因芯片。
技术介绍
出于遗传多样性的原因，个体对药物的毒性和效果会有不同反应。因此，在药物的初始开发阶段考虑重要药用蛋白相对于遗传多样性的效果是必要的，因为这可以降低药物开发的可能性失败。单倍型是决定个体之间的遗传多样性的因素之一。单倍型指的是在单个研究种群中每个基因序列的多态性的组合。单倍型比个体多态性提供了更准确和更可靠的关于遗传多样性的信息。 人类细胞色素P450是血红蛋白的一部分，血红蛋白协助氧化外来化学物质如药物、致癌物质和毒素以及内部物质如胆固醇、脂肪酸和维生素(Nelson等，Phamacogenetics 61-42，1996)。在肝、肾、小肠和肺中发现了细胞色素P450的各种亚科。 人类细胞色素P450 1A2(下文称CYP1A2)基因以及CYP1A1和CYP1B1都是CYP1基因群中包含的药物代谢酶。CYP1A2主要在肝脏中产生，并占细胞色素酶总量的15％。CYP1A2参与重要医用药物如咖啡因、氯氮平(clozapine)、丙咪嗪(imiparamine)和普萘洛尔(propranolol)的代谢。另外，CYP1A2催化内部合成物质(如17β-雌二醇、尿卟啉原III)，...
【技术保护点】
选择人类ＣＹＰ１Ａ２基因的单倍型标签单核苷酸多态性的方法，所述方法包括： （ａ）从对象中收集生物样本； （ｂ）从操作（ａ）所收集的所述样本里提取核酸； （ｃ）用引物进行ＰＣＲ（聚合酶链式反应），该反应使用操作（ｂ）中所提取 的所述核酸作为模板来扩增人类ＣＹＰ１Ａ２基因或其片段； （ｄ）对操作（ｃ）中所得ＰＣＲ产物进行测序并确定变异体的存在；和 （ｅ）根据操作（ｄ）中已确定具有变异体的所述ＰＣＲ产物的基因序列预测单倍型并用ＳＮＰｔａｇｇｅｒ软件对所述 ＰＣＲ产物进行测序。
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】KR 2006-9-11 10-2006-0087179;KR 2007-5-30 10-2007-1.选择人类CYP1A2基因的单倍型标签单核苷酸多态性的方法，所述方法包括(a)从对象中收集生物样本；(b)从操作(a)所收集的所述样本里提取核酸；(c)用引物进行PCR(聚合酶链式反应)，该反应使用操作(b)中所提取的所述核酸作为模板来扩增人类CYP1A2基因或其片段；(d)对操作(c)中所得PCR产物进行测序并确定变异体的存在；和(e)根据操作(d)中已确定具有变异体的所述PCR产物的基因序列预测单倍型并用SNPtagger软件对所述PCR产物进行测序。2.如权利要求1所述的方法，其中，操作(a)中收集的所述生物样本选自血液、皮肤细胞、粘液细胞和毛发。3.如权利要求1所述的方法，其中，操作(c)中的所述引物选自含参照2～31的引物。4.如权利要求1所述的方法，其中，操作(d)中的所述变异体选自单核苷酸多态性(SNP)、基因删除和基因重复。5.如权利要求1所述的方法，其中，操作(d)中的所述测序包括通过自动测序或焦磷酸测序进行测序。6.如权利要求1所述的方法，其中，所述操作(d)通过对比所述PCR产物的基因序列和野生型CYP1A2基因的基因序列来进行。7.如权利要求1所述的方法，所述方法还包括重复所述操作(a)～(d)。8.确定人类CYP1A2基因的单倍型的方法，所述方法包括(a)从对象中收集生物样本；(b)从操作(a)中所收集的所述样本中提取基因组DNA；(c)用引物进行PCR，该反应使用操作(b)中所提取的所述基因组DNA作为模板来扩增人类CYP1A2基因或其片段；和(d)在操作(c)中所得的PCR产物的基因序列中确定CYP1A2基因中至少11种变异体的存在，所述至少11种变异体选自-3860G>A、-3598G>T、-3594T>G、-3113G>A、-2847T>C、-2808A>C、-2603insA、-2467delT、-1708T>C、-739T>G、-163C>A、1514G>A、2159G>A、2321G>C、3613T>C、5347C>T和5521A>G。9.如权利要求8所述的方法，其中，操作(c)中的所述引物选自含参照2～31、62和63的引物。10.如权利要求8所述的方法，其中，所述操作(d)包括确定SNP(单核苷酸多态性)-3860G>A、-3598G>T、-3113G>A、-2808A>C、-2603insA、-2467delT、-163C>A、1514G>A、2159G>A、5347C>T和5521A>G的存在。11.如权利要求8所述的方法，其中，所述操作(d)包括确定单核苷酸多态性-3860G>A、-3113G>A、-2808A>C、-2603insA、-2467delT、-739T>G、-163C>A、1514G>A、2159G>A、5347C>T和5521A>G的存在。12.如权利要求8所述的方法，其中，所述操作(d)包括确定单核苷酸多态性-3860G>A、-3598G>T、-3594T>G、-3113G>A、-2808A>C、-2603insA、-2467delT、-163C>A、1514G>A、2159G>A、5347C>T和5521A>G的存在。13.如权利要求8所述的方法，其中，所述操作(d)包括确定单核苷酸多态性-3860G>A、-3598G>T、2321G>C、-3113G>A、-2808A>C、-2603insA、-2467delT、-163C>A、1514G>A、2159G>A、5347C>T和5521A>G的存在。14.如权利要求8所述的方法，其中，操作(d)中对所述变异体的存在的确定包括用SNaPshot分析确定所述变异体的存在。15.如权利要求14所述的方法，其中，所述SNaPshot分析用选自含参照64～74的引物中的引物进行。16.检测CYP1A2启动子基因中的变异体的方法，所述方法包括(a)从对象中收集生物样本；(b)从操作(a)中所收集的所述样本中提取基因组DNA；(c)用引物进行PCR，该反应使用操作(b)中所提取的所述基因组DNA作为模板来扩增人类CYP1A2基因的启动子区域；和(d)在操作(c)中所得的PCR产物的基因序列中确定CYP1A2基因中单核苷酸多态性的存在，所述单核苷酸多态性包括-3860G>A、-3598G>T、-3594T>G、-3113G>A、-2847T>C、-2808A>C、-2603insA、-2467delT、-1708T>C、-739T>G和-163C>A。17.如权利要求8或16所述的方法，其中，操作(a)中收集的所述生物样本选自血液、皮肤细胞、粘液细胞和毛发。18.如权利要求16所述的方法，其中，操作(b)中的所述引物包含参照62和63。19.如权利要求16所述的方法，其中，在操作(d)中对所述变异体的存在的确定包括用SNaPshot分析确定所述变异体的存在。20.如权利要求19所述的方法，其中，所述SNaPshot分析用选自含参照64～74的引物中的引物进行。21.选择人类CYP2A6基因中的单倍型标签单核苷酸多态性的方法，所述方法包括(a)从对象中收集生物样本；(b)从操作(a)中所收集的所述样本中提取核酸；(c)用引物进行PCR，该反应使用操作(b)中所提取的所述核酸作为模板来扩增人类CYP2A6基因或其片段；(d)在操作(c)中所得的PCR产物的基因序列中确定变异体的存在；(e)由在操作(d)中已确定具有所述变异体的PCR产物的基因序列确定单倍型；和(f)用SNPtagger软件对操作(e)中所确定的所述单倍型进行测序并选择单倍型标签单核苷酸多态性。22.如权利要求21所述的方法，其中，操作(a)中收集的所述生物样本选自血液、皮肤细胞、粘液细胞和毛发。23.如权利要求21所述的方法，其中，操作(c)中的所述引物选自含参照76～89的引物。24.如权利要求21所述的方法，其中，操作(d)中的所述变异体选自单核苷酸多态性、基因删除和基因重复。25.如权利要求21所述的方法，其中，操作(d)中对所述变异体的存在的确定包括对比所述PCR产物的基因序列和野生型CYP2A6基因的基因序列。26.如权利要求21所述的方法，所述方法还包括重复操作(a)～(d)。27.确定人类CYP2A6基因的基因型的方法，所述方法包括(a)从对象中收集生物样本；(b)从操作(a)中所收集的所述样本中提取核酸；(c)用引物进行PCR，该反应使用操作(b)中所提取的所述核酸作为模板来扩增人类CYP2A6基因或其片段；和(d)在操作(c)中所得的PCR产物的基因序列中确定CYP2A6基因中的变异体的存在，所述变异体包括-48T>G；13G>A；567C>T；2134A>G；3391T>C；6458A>T；6558T>C；6582G>T；6600G>T；和选自6091C>T、5971G>A和5983T>G中的一种。28.如权利要求28所述的方法，其中，操作(a)中收集的所述生物样本选自血液、皮肤细胞、粘液细胞和毛发。29.如权利要求27所述的方法，其中，操作(c)中的所述引物选自含参照90、91、102和103的引物。30.如权利要求27所述的方法，其中，所述操作(d)包括确定变异体的存在，所述变异体包括-48T>G；13G>A；22C>T；51G>A；567C>T；1620T>C；1836G>T；2134A>G；3391T>C；6458A>T；6558T>C；6582G>T；6600G>T；和选自6091C>T、5971G>A和5983T>G中的一种。31.如权利要求27所述的方法，其中，所述操作(d)包括确定变异体的存在，所述变异体包括-48T>G；22C>T；51G>A；567C>T；1620T>C；1836G>T；3391T>C；6458A>T；6558T>C；6600G>T；和选自6091C>T、5971G>A和5983T>G中的一种。32.如权利要求27所述的方法，其中，所述操作(d)包括确定变异体的存在，所述变异体包括22C>T；51G>A；567C>T；1620T>C；1836G>T；3391T>C；6354T>C；6458A>T；6558T>C；6600G>T；和选自6091C>T、5971G>A和5983T>G中的一种。33.如权利要求27所述的方法，其中，所述操作(d)包括确定变异体的存在，所述变异体包括-48T>G；13G>A；22C>T；51G>A；567C>T；1620T>C；1836G>T；2134A>G；3391T>C；6458A>T；6558T>C；和选自6091C>T、5971G>A和5983T>G中的一种。34.如权利要求27所述的方法，其中，所述操作(d)包括确定变异体的存在，所述变异体包括-48T>G；13G>A；22C>T；51G>A；567C>T；1620T>C；1836G>T；3391T>C；6458A>T；6558T>C；6600G>T；和选自6091C>T、5971G>A和5983T>G中的一种。35.如权利要求27所述的方法，其中，所述操作(d)包括确定变异体的存在，所述变异体包括-48T>G；22C>T；51G>A；567C>T；1620T>C；1836G>T；2134A>G；3391T>C；6458A>T；6558T>C；6600G>T；和选自6091C>T、5971G>A和5983T>G中的一种。36.如权利要求27所述的方法，其中，操作(d)中对所述变异体的存在的确定包括用SNaPshot分析确定所述变异体的存在。37.如权利要求36所述的方法，其中，所述SNaPshot分析用选自含参照92～101的引物中的引物进行。38.选择人类CYP2D6基因的单倍型标签单核苷酸多态性的方法，所述方法包括(a)从人类收集生物样本；(b)从操作(a)中所收集的所述样本中提取核酸；(c)用引物进行PCR，该反应使用操作(b)中所提取的所述核酸作为模板来扩增人类CYP2D6基因或其片段；(d)在操作(c)中所得的PCR产物的基因序列中确定变异体的存在；(e)由在操作(d)中已确定具有所述变异体的PCR产物的基因序列确定单倍型；和(f)用SNPtagger软件对操作(e)中所确定的所述单倍型进行测序并选择单倍型标签单核苷酸多态性。39.如权利要求38所述的方法，其中，操作(a)中收集的所述生物样本选自血液、皮肤细胞、粘液细胞和毛发。40.如权利要求38所述的方法，其中，操作(c)中的所述引物包含选自参照106、107、121～127、129～136、138、139、149和150的基因序列。41.如权利要求38所述的方法，其中，操作(d)中的所述变异体选自单核苷酸多态性、基因删除和基因重复。42.如权利要求38所述的方法，其中，操作(d)中对所述变异体的存在的确定包括用测序、电泳分析和RFLP分析中的一种来确定所述变异体的存在。43.如权利要求38所述的方法，所述方法还包括重复操作(a)～(d)。44.确定人类CYP2D6基因的基因型的方法，所述方法包括(a)从人类收集生物样本；(b)从操作(a)中所收集的所述样本中提取核酸；(c)用引物进行PCR，该反应使用操作...
【专利技术属性】
技术研发人员：申载国，张仁珍，李相燮，郑惠恩，车仁浚，金佑永，芮晟洙，金垠泳，车恩暎，孙知弘，崔银贞，金江美，郑玄朱，
申请(专利权)人：INJE大学校产学协力团，
类型：发明
国别省市：KR[韩国]
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。