一种用于scRNA-seq数据的插补方法和插补模型技术

本发明专利技术为一种用于scRNA‑seq数据的插补方法和插补模型。一种用于scRNA‑seq数据的插补方法，包括以下步骤：对scRNA‑seq数据分别通过马尔可夫自注意力机制的自动编码器、自适应阈值低秩逼近方法进行dropout插补，得插补矩阵XCG和插补矩阵XMF；将所述的插补矩阵XCG和插补矩阵XMF通过细胞级的插补矩阵整合方法进行整合，得插补结果；所述的插补结果作为下一次迭代的输入，至满足迭代条件，循环结束后，得最终的插补结果。本发明专利技术所述一种用于scRNA‑seq数据的插补方法和插补模型，在保证了scRNA‑seq数据的全局异质性的同时还捕捉了scRNA‑seq数据的局部结构，插补值不仅在趋势上与真实数据保持了高度一致，还取得了最优的数值精度。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于生物数据处理，具体涉及一种用于scrna-seq数据的插补方法和插补模型。

技术介绍

1、单细胞rna测序(scrna-seq)技术的出现解决了传统转录组测序技术对于复杂组织的异质性不足的问题，该技术在单个细胞水平上构建每个细胞的表达谱，能够揭示单个细胞的基因表达状态，反映细胞间的异质性。然而，scrna-seq在带来更高分辨率的同时，也因为捕获率低、测序深度不足等问题使得scrna-seq数高度稀疏，其中存在大量的假零，称为dropout事件。dropout事件的存在会影响scrna-seq数据的可靠性，进而影响scrna-seq的下游分析。因此，准确的插补这些dropout事件对研究细胞间的异质性具有重要意义。

2、多种方法已经被提出用于scrna-seq数据的dropout插补，这些方法都基于scrna-seq的数据特性。包括：

3、(1)第一种特性是细胞间的相似性，scrna-seq数据由具有相似表达的若干细胞簇构成，相似细胞中的基因预计具有相似的表达值，可以通过从相似细胞中插值来恢复一个细胞中的dropout本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种用于scRNA-seq数据的插补方法，其特征在于，包括以下步骤：

2.根据权利要求1所述的插补方法，其特征在于，

3.根据权利要求2所述的插补方法，其特征在于，

4.根据权利要求2所述的插补方法，其特征在于，

5.根据权利要求1所述的插补方法，其特征在于，

6.根据权利要求5所述的插补方法，其特征在于，

7.根据权利要求1所述的插补方法，其特征在于，

8.根据权利要求1所述的插补方法，其特征在于，

9.一种用于scRNA-seq数据的插补模型，其特征在于，所述的插补模型用于权利要求1-...

【技术特征摘要】

1.一种用于scrna-seq数据的插补方法，其特征在于，包括以下步骤：

2.根据权利要求1所述的插补方法，其特征在于，

3.根据权利要求2所述的插补方法，其特征在于，

4.根据权利要求2所述的插补方法，其特征在于，

5.根据权利要求1所述的插补方法，其特征在于，

6.根据权利要求5所述的插补方法，其特征在于，

7.根据权利要求1所述的插补方法，其特征...

【专利技术属性】
技术研发人员：陈程，刘浩，陈晨，吕小毅，左恩光，
申请(专利权)人：新疆大学，
类型：发明
国别省市：