一种基于SNP位点的四倍体长牡蛎亲子关系鉴定方法技术

本发明专利技术公开了一种基于SNP位点的四倍体长牡蛎亲子关系鉴定方法，属于四倍体长牡蛎分子辅助育种技术领域。该四倍体长牡蛎亲子关系鉴定方法包括以下步骤：（1）取待测四倍体长牡蛎的闭壳肌进行测序；（2）比对长牡蛎参考基因组，获取四倍体长牡蛎指定SNP位点的基因型；（3）根据SNP分型结果计算所有待测亲本和子代的IBS和LOD；（4）结合IBS和LOD鉴定待测亲本和子代的亲子关系。本发明专利技术的有益之处在于：本发明专利技术首次公开了1000个用于四倍体长牡蛎亲子关系鉴定的SNP位点，为四倍体长牡蛎亲子关系鉴定提供了数据支撑，并为四倍体长牡蛎亲子关系鉴定液相芯片的开发打下基础，具有良好的应用前景。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及一种亲子关系鉴定方法，具体涉及一种基于snp位点的四倍体长牡蛎亲子关系鉴定方法，属于四倍体长牡蛎分子辅助育种。

技术介绍

1、长牡蛎（crassostrea gigas）是我国也是世界上养殖规模最大、产量最高的海洋经济贝类，具有肥满度高、生长速度快、营养丰富、适应能力广等优点。三倍体长牡蛎具有更丰富的营养，且其育性差的特性保证了其性腺四季肥满，可以常年满足市场所需。而四倍体长牡蛎是生产全三倍体长牡蛎的核心种质。随着育种技术的进步，四倍体长牡蛎的主要获取方法已从传统的药物诱导转化为自群繁殖，通过选择育种，大幅度加快了四倍体牡蛎的育种速度。目前，家系选育是四倍体长牡蛎的重要选育方法，通过选育可以获得倍性稳定、性状优良的家系，促进新品种的研发。然而，家系选育要求每个家系单独养殖，大大增加了选育所需的人力和物力。同时，家系选育需要准确记录各个家系的系谱信息，错误的系谱会降低遗传评估准确性，进而影响种质改良。此外，错误的系谱信息也会增加近交衰退的风险，导致种质退化。然而，在大规模养殖中，系谱信息记录错误的现象会时常发生。因此，需要一种高效且准确记录系谱本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种基于SNP位点的四倍体长牡蛎亲子关系鉴定方法，其特征在于，包括以下步骤：

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤（3）中，候选亲本与模拟亲本产生子代的概率P1的计算公式如下：

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤（3）中，计算背景概率P2时，模拟双亲的基因型均基于群体等位基因频率而定。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤（4）中，结合IBS和LOD鉴定待测亲本和子代的亲子关系的方法具体为：

【技术特征摘要】

1.一种基于snp位点的四倍体长牡蛎亲子关系鉴定方法，其特征在于，包括以下步骤：

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤（3）中，候选亲本与模拟亲本产生子代的概率p1的计算公式如下：

3.根据权利要求1...

【专利技术属性】
技术研发人员：王卫军，包晓凯，李赞，王扬帆，杨建敏，常丽荣，崔翠菊，冯艳微，孙国华，徐晓辉，王强，
申请(专利权)人：鲁东大学，
类型：发明
国别省市：