蛋白质片段-主要组织兼容性复合体的键结预测方法与装置制造方法及图纸

技术编号:46438894 阅读:5 留言:0更新日期:2025-09-19 20:41
本发明专利技术提供一种蛋白质片段(peptide)‑主要组织兼容性复合体(MHC)的键结预测方法与装置。其中,peptide‑MHC的键结预测方法包括以下步骤。获得一peptide序列及一MHC序列。依据peptide序列及MHC序列,以至少一蛋白质结构预测模型获得至少一蛋白质结构文件(Protein Data Bank,PDB)。依据蛋白质结构文件,以至少一结构结合仿真工具获得至少一结构结合指针。获得peptide序列及对应MHC序列的一人类白血球抗原(human leukocyte antigen,HLA)类型。依据peptide序列及HLA类型,以至少一亲和力分析模型获得至少一亲和力指标。输入结构结合指针及亲和力指针至一机器学习模型,以获得一整合分数。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术是有关于一种预测方法与装置,且特别是有关于一种蛋白质片段-主要组织兼容性复合体的键结预测方法与装置


技术介绍

1、癌症治疗一直是广泛探讨的研究课题,近年来出现多种创新治疗方法,其中免疫疗法以特制抗原疫苗激发身体免疫系统主动标记并消灭癌细胞的概念引起极大关注。该治疗方式的核心挑战在于确认癌症细胞中的蛋白质片段(peptide)是否能有效结合到主要组织兼容性复合体(major histocompatibility complex,mhc)。每一个癌症病患所拥有的主要组织兼容性复合体种类也不尽相同,进而延伸到不同的蛋白质片段也具有极大的多样性。peptide-mhc两者成功结合后,被t细胞辨识,便能够引起免疫反应,进而促使癌细胞被免疫系统辨认,杀死癌细胞。

2、传统的peptide-mhc结合实验往往需要庞大的时间和金钱成本,因为必须进行细胞培养来确认基因突变的蛋白质片段是否与mhc发生结合。面对这样的挑战,如何发展出能够预测peptide-mhc结合的方法变得至关重要,不仅可以节省时间与成本,更能够提升了治疗的效率与精确性。

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【技术保护点】

1.一种蛋白质片段(peptide)-主要组织兼容性复合体(major histocompatibilitycomplex,MHC)的键结预测方法,包括:

2.如权利要求1所述的peptide-MHC的键结预测方法,其特征在于,其中该至少一蛋白质结构预测模型包括AlphaFold2、Colabfold或Pandora。

3.如权利要求1所述的peptide-MHC的键结预测方法,其特征在于,其中该至少一结构结合仿真工具包括AutoDock Vina、PISA(Proteins,Interfaces,Structures andAssemblies)或局部距离差测试...

【技术特征摘要】

1.一种蛋白质片段(peptide)-主要组织兼容性复合体(major histocompatibilitycomplex,mhc)的键结预测方法,包括:

2.如权利要求1所述的peptide-mhc的键结预测方法,其特征在于,其中该至少一蛋白质结构预测模型包括alphafold2、colabfold或pandora。

3.如权利要求1所述的peptide-mhc的键结预测方法,其特征在于,其中该至少一结构结合仿真工具包括autodock vina、pisa(proteins,interfaces,structures andassemblies)或局部距离差测试(local distance difference test,lddt)。

4.如权利要求3所述的peptide-mhc的键结预测方法,其特征在于,其中若该至少一结构结合仿真工具为autodock vina,该至少一结构结合指针包括结合分数(binding score)或氢键数量(h-bond)。

5.如权利要求1所述的peptide-mhc的键结预测方法,其特征在于,其中若该至少一结构结合仿真工具为pisa,该至少一结构结合指针包括p-value、氢键数量(h-bond)或折叠能量(energy for folding)。

6.如权利要求1所述的peptide-mhc的键结预测方法,其特征在于,其中若该至少一结构结合仿真工具为局部距离差测试(lddt),该至少一结构结合指针包括蛋白质结构文件距离差(iddt with other pdb)。

7.如权利要求1所述的pep...

【专利技术属性】
技术研发人员:苏威霖陈骏宏蔡宗宪
申请(专利权)人:宏碁股份有限公司
类型:发明
国别省市:

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