【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本文公开的主题总体上涉及空间分辨的单核测序文库，所述空间分辨的单核测序文库是使用用于由空间条形码标记细胞核的组合物和方法获得。
技术介绍
1、最近的技术创新已经实现了单独的细胞内基因表达和表观遗传调节的高通量定量，改变了我们对如何构建复杂组织的理解。然而，这些测量缺少常规地且容易地在空间上定位经剖析的细胞的能力。用于空间监测组织样品中的单细胞中的基因组学数据的方法包括传统的组织学方法，即对组织切片进行固定、染色和评估，例如在显微镜载玻片上固定的组织切片的可视区域上是否存在单独的转录物，以及某些较新的用于转录组监测的原位技术，这些技术迄今为止还存在应用费力、复用程度低、技术难度高和/或仅提供阵列上低分辨率的空间捕获(即，仅提供大约100-200μm的分辨率)等问题。
2、需要从单核中空间分辨捕获大分子。当前的空间分辨(多)组学工具捕获的每个细胞的比例并不确定，因为它们使用的是薄组织切片输入，在此过程中被切割的不完整细胞/细胞核会被捕获(如原位测序、原位捕获)。此外，一些技术会对包含多个细胞的体素中的大分子进行剖析，需要进行解卷...
【技术保护点】
1.一种生成用于单细胞基因组学的空间标记细胞核的方法，其包含：
2.根据权利要求1所述的方法，其进一步包含使用分离的标记细胞核制备单细胞基因组学测序文库，其中各自包含识别来源细胞的细胞条形码序列和任选的独特分子标识符(UMI)的核酸序列从每个空间标记细胞核中捕获空间条形码序列以产生包含空间条形码和细胞条形码的核酸序列，使得每个单细胞的基因组学数据能够通过所述细胞条形码识别，并且所述组织中相同单细胞的空间位置能够通过相同的细胞条形码识别。
3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述空间条形码通过扩散递送至所述细胞核。
4.根据权利要求...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种生成用于单细胞基因组学的空间标记细胞核的方法，其包含：
2.根据权利要求1所述的方法，其进一步包含使用分离的标记细胞核制备单细胞基因组学测序文库，其中各自包含识别来源细胞的细胞条形码序列和任选的独特分子标识符(umi)的核酸序列从每个空间标记细胞核中捕获空间条形码序列以产生包含空间条形码和细胞条形码的核酸序列，使得每个单细胞的基因组学数据能够通过所述细胞条形码识别，并且所述组织中相同单细胞的空间位置能够通过相同的细胞条形码识别。
3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述空间条形码通过扩散递送至所述细胞核。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中在步骤(a)之前，通过对包含空间条形码的所述核酸序列进行原位测序来对所述空间阵列进行序列验证，由此产生所述阵列上的空间条形码的索引。
5.根据权利要求4所述的方法，其中通过连接测序或合成测序进行原位测序。
6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述空间阵列包含固体支撑物，所述固体支撑物固定在所述阵列上的每个位置并且通过所述可裂解接头与包含空间条形码的所述核酸序列偶联，其中所述空间条形码对于一个单独的固体支撑物是相同的，但对于所述空间阵列中的任何其它固体支撑物是不同的。
7.根据权利要求6所述的方法，其中所述固体支撑物共价固定至所述空间阵列。
8.根据权利要求6所述的方法，其中所述固体支撑物通过乙烯基聚合物固定至所述空间阵列。
9.根据权利要求6至8中任一项所述的方法，其中所述固体支撑物是珠粒。
10.根据权利要求9所述的方法，其中所述珠粒是聚苯乙烯珠粒。
11.根据权利要求9或10所述的方法，其中所述珠粒的直径为50μm或更小。
12.根据权利要求11所述的方法，其中所述珠粒为1、3、10、15或20μm。
13.根据权利要求1至12中任一项所述的方法，其中所述接头是光可裂解的、化学可裂解的或酶可裂解的接头。
14.根据权利要求2至13中任一项所述的方法，其中所述空间条形码核酸包含用于由包含poly-t序列的细胞条形码核酸捕获的poly-a序列。
15.根据权利要求1至14中任一项所述的方法，其中处理所述组织样品以透化所述细胞核。
16.根据权利要求15所述的方法，其中所述组织样品在增加所述空间条形码核酸扩散的缓冲液中透化。
17.根据权利要求1至16中任一项所述的方法，其中所述空间条形码核酸的长度是不同的。
18.根据权利要求1至17中任一项所述的方法，其中所述空间条形码核酸进一步包含增强向细胞核扩散的一种或多种修饰。
19.根据权利要求18所述的方法，其中所述空间条形码核酸通过添加一个或多个脂质或胆固醇基团进行修饰。
20.根据权利要求1至19中任一项所述的方法，其中所述空间条形码核酸进一步包含能够用于识别标记细胞核的一种或多种荧光标记。
21.根据权利要求1至20中任一项所述的方法，其中所述组织样品是新鲜冷冻的组织切片。
22.根据权利要求1至20中任一项所述的方法，其中所述组织样品是新鲜未固定的组织切片。
23.根据权利要求1至20中任一项所述的方法，其中所述组织样品是固定的组织切片。
24.根据权利要求2至23中任一项所述的方法，其中基于所述文库的测序以...
【专利技术属性】
技术研发人员：陈飞，埃文·马科斯科，安德鲁·拉塞尔，纳伊姆·纳达夫，杰克逊·韦尔，维平·库马尔，
申请(专利权)人：博德研究所，
类型：发明
国别省市：
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