一种植物属内泛转录组的构建方法及其应用技术

本发明专利技术涉及植物属内泛转录组的构建方法及其应用，该方法通过以下步骤实现：获取属内不同物种的二三代转录组数据并质控，利用HISAT2等软件比对参考基因组，经StringTie拼接后通过gffcompare筛选有效转录本；基于ORF长度（≥100aa为mRNA，10‑99aa为小肽转录本，＜10aa为ncRNA）分类转录本及基因；通过编码基因和非编码基因分析物种间序列保守性，将基因划分为核心、可选、特异类型；最终整合构建包含三类转录组的属水平泛转录组。本发明专利技术首次实现植物属内跨物种泛转录组的系统构建，可解析蛋白质编码基因、小肽及非编码RNA的保守性与差异性，为植物功能基因组研究提供新工具。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及生物，具体涉及植物转录组学、生物信息学数据处理及泛转录组构建方法及其应用。

技术介绍

1、有植物泛转录组（pan-transcriptome）的构建方法主要聚焦于单个物种的不同群体，例如水稻中通过minimap2、tama、sqanti3等软件整合单物种转录组数据并注释新转录本（zhong et al., 2024），但缺乏针对植物属内不同物种的泛转录组构建策略。此外，当前植物转录组分析以蛋白质编码基因为核心，而植物中广泛存在的小肽（长度定义不统一，如5~100个氨基酸）和非编码rna（不编码蛋白质的功能性rna）因功能未知且分析方法缺失，未被系统解析（choi et al., 2019；khavinson et al., 2021；ning et al., 2018）。随着高通量测序技术的发展，海量转录组数据亟需整合分析方法，以揭示属内物种间蛋白质编码基因、小肽及非编码rna的保守性与差异性。

2、因此，亟待一种植物转录组学、生物信息学数据处理及泛转录组构建方法，以解决现有技术缺乏植物属内不同物种的泛转录组构建方法，且未系统性解本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种植物属内泛转录组的构建方法，其特征在于，包括以下步骤：

2.根据权利要求1所述的一种植物属内泛转录组的构建方法，其特征在于，步骤（1）中所述二代转录组测序数据为Illumina或华大平台产生的双端测序数据，三代转录组测序数据选自PacBio Sequel II或Nanopore平台产生的长读序数据。

3.根据权利要求1所述的一种植物属内泛转录组的构建方法，其特征在于，步骤（2）中所述二代转录组测序数据比对使用HISAT2软件，三代转录组测序数据比对使用Minimap2软件，转录本拼接使用StringTie软件，所述预设覆盖度阈值为≥5条测序读序支持。...

【技术特征摘要】

1.一种植物属内泛转录组的构建方法，其特征在于，包括以下步骤：

2.根据权利要求1所述的一种植物属内泛转录组的构建方法，其特征在于，步骤（1）中所述二代转录组测序数据为illumina或华大平台产生的双端测序数据，三代转录组测序数据选自pacbio sequel ii或nanopore平台产生的长读序数据。

3.根据权利要求1所述的一种植物属内泛转录组的构建方法，其特征在于，步骤（2）中所述二代转录组测序数据比对使用hisat2软件，三代转录组测序数据比对使用minimap2软件，转录本拼接使用stringtie软件，所述预设覆盖度阈值为≥5条测序读序支持。

4.根据权利要求1所述的一种植物属内泛转录组的构建方法，其特征在于，步骤（2）中所述参考基因注释比对通过gffcompare软件实现，保留比较结果为“=、c、x、j、o、i、u、p”的转录本；

5.根据权利要求1所述的一种植物属内泛转录组的构建方法，其特征在于，步骤（3）中转录本分类的标准为：

6.根据权利要求1所述的一种植物属内泛转录...

【专利技术属性】
技术研发人员：褚琴洁，胡煜蓉，陈露，
申请(专利权)人：浙江大学，
类型：发明
国别省市：