【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及生物信息，特别是涉及一种基于热力学参数的rna靶标设计方法、应用及计算机程序产品。
技术介绍
1、rna干扰是一种在真核生物中高度保守的基因沉默机制。rna干扰技术的发展历程经历了从基础研究到实际应用的深刻转变。在农业领域，rna干扰技术作为一种创新的害虫管理工具展现出巨大的应用潜力。通过将特定的dsrna分子导入害虫体内，可精准靶向害虫的关键生存基因，进行基因沉默，从而抑制害虫的生存或繁殖，有效减少害虫种群数量。由于dsrna分子在环境中降解迅速，能显著降低对非靶标生物和生态系统的潜在影响。这种基于rna干扰的生物农药开发具有高特异性、低毒性和环境友好的特点，未来农业有望实现更加精准且环保的害虫控制方法，减少化学农药的使用，提高农产品的安全性，并推动农业的可持续发展。
2、研究表明，针对同一基因，由不同片段合成的双链rna（dsrna），其干扰效率存在显著差异。影响rna干扰效率的因素众多，涵盖dsrna片段长度、在基因上的位置以及碱基序列特征等。当前，dsrna靶序列的设计大多依赖随机方式并加以验证，这一过...
【技术保护点】
1.一种基于热力学参数的dsRNA/siRNA靶标序列设计方法，其特征在于，所述设计方法包括：
2.根据权利要求1所述的基于热力学参数的dsRNA/siRNA靶标序列设计方法，其特征在于，步骤（2）的具体步骤为：
3.根据权利要求1所述的基于热力学参数的dsRNA/siRNA靶标序列设计方法，其特征在于，步骤（3）中，获得碱基对的具体步骤为：定义相邻两个碱基为一个碱基对，从候选dsRNA/siRNA靶标序列5’向3’方向依次分析，获得所有可能的碱基对。
4.根据权利要求1所述的基于热力学参数的dsRNA/siRNA靶标序列设计方法，...
【技术特征摘要】
1.一种基于热力学参数的dsrna/sirna靶标序列设计方法，其特征在于，所述设计方法包括：
2.根据权利要求1所述的基于热力学参数的dsrna/sirna靶标序列设计方法，其特征在于，步骤（2）的具体步骤为：
3.根据权利要求1所述的基于热力学参数的dsrna/sirna靶标序列设计方法，其特征在于，步骤（3）中，获得碱基对的具体步骤为：定义相邻两个碱基为一个碱基对，从候选dsrna/sirna靶标序列5’向3’方向依次分析，获得所有可能的碱基对。
4.根据权利要求1所述的基于热力学参数的dsrna/sirna靶标序列设计方法，其特征在于，步骤（3）中，获得碱基对的具体步骤为：阅读框内相邻的两个碱基为一个碱基对；通过阅读框的平移，获得所有碱基对。
5.根据权利要求1所述的基于热力学参数的dsrna靶标序列设计方法，其特征在于，步骤（4）中最终热力学参数fe的计算式为：
6.根据权利要求1所述的基于热力学参数的dsrna靶标序列设计方法，其特征在于，步骤（5）的具体评分方法为：
7.权利要求1-6中任一所述的基于热力学参数的dsrna/sirna靶标序列设计方法在rna干扰以及研究外源dsrna/sirna与靶标位置结合中应用。
8.权利要求1-6中任一所述的基于热力学参数的dsrna/si...
【专利技术属性】
技术研发人员：李敬彬，唐雪明，于佳梅，王仁杰，李佳宁，
申请(专利权)人：硅羿科技上海有限公司，
类型：发明
国别省市：
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