基于全长和短片段转录组高通量测序技术的新生蛋白检测方法与系统技术方案

本发明专利技术开发了一种样本新生蛋白检测分析方法，该方法提供了一键式检测分析流程，可以全面分析全长和短片段的RNA‑seq数据，涵盖了所有可能诱导潜在新蛋白的变异，包括大规模变异和小规模变异，并基于上述多种变异识别新的转录本。最后，通过将所有类型的新转录本整合并转换为fasta格式的蛋白质序列，以便用于蛋白质后续分析，如蛋白质结构预测、新抗原免疫表位分析等。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及生物信息学与新生蛋白鉴定与检测领域，具体地，涉及一种基于全长和短片段转录组高通量测序技术的新生蛋白检测方法与系统。

技术介绍

1、人类疾病领域的许多基本问题，包括癌症，都与基因和转录水平上的碱基替换、缺失、插入、移码、内含子保留、选择性剪接以及新的未注释开放阅读框(nuorfs)翻译所产生的新蛋白密切相关。由于新蛋白不存在于正常细胞中，它们不会有免疫耐受，因此很容易被识别为外来抗原。新生蛋白可被消化成短肽，宿主系统将其视为t细胞抗原，导致激发细胞免疫反应，进而消灭表达新型蛋白质的细胞。基于这一原理，制药公司或研究机构已经开发了基于新抗原的免疫疗法，以作为一种有前景的癌症治疗方法。此外，新蛋白还与其他复杂疾病有关，例如阿尔茨海默病、ii型糖尿病、肝病、肾病、肥胖和心血管疾病。因此，有效识别新蛋白对于理解人类疾病和开发相应的治疗方法至关重要。

2、识别和表征蛋白质的传统方法是结合串联质谱(ms)和质谱后的数据库搜索。ms依赖于包含规范蛋白组中常规序列的参考数据库，所以几乎不可能识别规范蛋白组之外的蛋白质，特别是那些由患者特异性个体变异本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种新蛋白质的检测方法，其特征在于，所述方法包括步骤：

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤(C)中，包括步骤：

3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤(D)中，所述分层过滤包括：

4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤(E)中，包括步骤：

5.一种新生蛋白鉴定的软件或系统，其特征在于，所述软件或系统包括：

6.由权利要求1-4任一项所述方法、或权利要求5所述软件或系统生成的蛋白质，其特征在于，所述蛋白质由如SEQ ID NO:1-4所示核苷酸序列编码而来。

7.一种多核苷酸，其特征在于...

【技术特征摘要】

1.一种新蛋白质的检测方法，其特征在于，所述方法包括步骤：

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤(c)中，包括步骤：

3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤(d)中，所述分层过滤包括：

4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤(e)中，包括步骤：

5.一种新生蛋白鉴定的软件或系统，其特征在于，所述软件或系统包括：

6.由权利要求1-4任一项所述方法、或权利要求5所述软件或系统生成的蛋白质，其特征在于，所述蛋白质由如seq id no:1-4所示...

【专利技术属性】
技术研发人员：吴增丁，费才溢，徐实，
申请(专利权)人：合肥综合性国家科学中心大健康研究院，
类型：发明
国别省市：