【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本文描述的主题一般涉及蛋白质分子的构象中的一个或多个结合位点的识别。
技术介绍
1、分子结合是其中两个或更多个分子(例如，蛋白质、配体等)可相互作用以形成稳定分子结构的过程。例如，分子结合可包括第一分子的一部分与第二分子的一部分之间的化学键合。第一分子的结合至第二分子的部分可以包括多个结合位点。例如，在蛋白质-配体复合物的情况下，蛋白质分子中的每个结合位点可以包括多个结合残基，这些残基是参与和配体结合的残基。各种现实世界的应用(例如，药物发现等)可能需要识别一个分子中能够与另一分子结合的结合位点。例如，可以利用蛋白质分子中的结合残基的身份来设计可以与蛋白质分子有效地结合的配体。
技术实现思路
1、提供了用于识别蛋白质分子中的结合位点的系统、方法和制品，包括计算机程序产品。在一些示例性实施例中，提供了一种包括至少一个处理器和至少一个存储器的系统。该至少一个存储器可以包括程序代码，该程序代码在由至少一个处理器执行时提供操作。操作可包括：(a)确定针对蛋白质分子的第一构象的第一扰动集，确定第一扰...
【技术保护点】
1.一种计算机实现方法，其包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中与所述第一构象中的每个残基相关联的所述保护因子对应于处于结合状态的残基的第一能量与处于未结合状态的残基的第二能量之间的差，并且其中至少基于所述一个或多个残基的满足一个或多个阈值的所述保护因子来识别所述一个或多个残基以包括在所述第一扰动集中。
3.根据权利要求1至2中任一项所述的方法，其中每轮分子动力学模拟对偶联的蛋白质-结构-化合物的时间演化进行模拟，所述偶联的蛋白质-结构-化合物包括在所述第一扰动集中所包括的所述第一多个残基处结合至所述蛋白质分子的所述第一构象的所述化合物。<...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种计算机实现方法，其包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中与所述第一构象中的每个残基相关联的所述保护因子对应于处于结合状态的残基的第一能量与处于未结合状态的残基的第二能量之间的差，并且其中至少基于所述一个或多个残基的满足一个或多个阈值的所述保护因子来识别所述一个或多个残基以包括在所述第一扰动集中。
3.根据权利要求1至2中任一项所述的方法，其中每轮分子动力学模拟对偶联的蛋白质-结构-化合物的时间演化进行模拟，所述偶联的蛋白质-结构-化合物包括在所述第一扰动集中所包括的所述第一多个残基处结合至所述蛋白质分子的所述第一构象的所述化合物。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中确定所述第一扰动集进一步包括从所述第一扰动集中排除至少第三残基，所述第三残基需要阈值数量的重取向以与所述化合物相互作用。
5.根据权利要求4所述的方法，其中所述阈值数量的重取向通过以下来满足：(i)所述第三残基中需要重取向以与所述化合物相互作用的原子的数量，(ii)所述第三残基中的一个或多个原子需要经历以与所述化合物相互作用的重取向的角度，和/或(iii)所述第三残基中的所述一个或多个原子需要经历以与所述化合物相互作用的重取向的距离。
6.根据权利要求4至5中任一项所述的方法，其进一步包括：
7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中确定所述第一扰动集进一步包括
8.根据权利要求7所述的方法，其中确定所述第一扰动集进一步包括确定所述第一簇残基中的残基的第一数量和所述第二簇残基中的残基的第二数量，
9.根据权利要求1至8中任一项所述的方法，其中所述结果包括以下中的至少一者：(i)所述化合物的第一几何中心与所述第一扰动集中的所述第一多个残基中的多个主链氮(n)原子的第二几何中心之间的第一距离，以及(ii)所述化合物的第一几何中心与所述第一扰动集中的所述第一多个残基中存在的一个或多个酰胺氮原子之间的第二距离。
10.根据权利要求1至9中任一项所述的方法，其中所述一轮或多轮分子动力学模拟包括在第一温度进行的第一轮分子动力学模拟和在第二温度进行的第二轮分子动力学模拟。
11.根据权利要求1至10中任一项所述的方法，其中所述一轮或多轮分子动力学模拟包括进行第一时间长度的第一轮分子动力学模拟和进行第二时间长度的第二轮分子动力学模拟。
12.根据权利要求1至11中任一项所述的方法，其中所述一轮或多轮分子动力学模拟包括针对与所述第一扰动集相关联的所述蛋白质分子的所述第一构象进行的第一轮分子动力学模拟以及针对...
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