【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及分子检测，具体涉及一种条斑紫菜10k液相芯片及其设计方法和应用。
技术介绍
1、条斑紫菜是我国及亚洲范围内重要的大型经济海藻，对其进行重测序并开发高密度的snp标记，有助于在全基因组水平对条斑紫菜的重要经济性状进行关联分析以及群体结构分析，并为全基因组选择育种提供支持。因此，建立有效、快速、稳定且通量高、成本低的基因型鉴定方法是必不可少。
2、目前在多个农作物中都开发了基于snp的基因芯片，而大型海藻中尚是空白。
技术实现思路
1、本专利技术的目的在于提供一种条斑紫菜10k液相芯片及其设计方法和应用，以实现对条斑紫菜的群体结构分析和全基因组关联分析。
2、本专利技术通过下述技术方案实现：
3、一种条斑紫菜10k液相芯片，条斑紫菜10k液相芯片的基因分型位点包括12942个snp位点；12942个snp位点的物理位置是基于条斑紫菜参考基因组的全基因组序列比对确定的，条斑紫菜参考基因组的全基因组序列的版本号为gca_009829735.1；其中...
【技术保护点】
1.一种条斑紫菜10K液相芯片，其特征在于，所述条斑紫菜10K液相芯片的基因分型位点包括12942个SNP位点；12942个SNP位点的物理位置是基于条斑紫菜参考基因组的全基因组序列比对确定的，所述条斑紫菜参考基因组的全基因组序列的版本号为GCA_009829735.1；其中，12942个SNP位点如表1所示：
2.根据权利要求1所述的一种条斑紫菜10K液相芯片，其特征在于，还包括根据覆盖12942个SNP位点的基因序列设计的探针。
3.如权利要求1或2所述的条斑紫菜10K液相芯片的设计方法，其特征在于，包括如下步骤：
4.根据权利...
【技术特征摘要】
1.一种条斑紫菜10k液相芯片，其特征在于，所述条斑紫菜10k液相芯片的基因分型位点包括12942个snp位点；12942个snp位点的物理位置是基于条斑紫菜参考基因组的全基因组序列比对确定的，所述条斑紫菜参考基因组的全基因组序列的版本号为gca_009829735.1；其中，12942个snp位点如表1所示：
2.根据权利要求1所述的一种条斑紫菜10k液相芯片，其特征在于，还包括根据覆盖12942个snp位点的基因序列设计的探针。
3.如权利要求1或2所述的条斑紫菜10k液相芯片的设计方法，其特征在于，包括如下步骤：
4.根据权利要求3所述的设计方法，其特征在于，步骤s3中，筛选过程包括位点过滤和位点评估。
5.根据权利要求4所述...
【专利技术属性】
技术研发人员：孔凡娜，茅云翔，唐磊，王俊皓，张坤杰，
申请(专利权)人：中国海洋大学，
类型：发明
国别省市：
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