分析食管鳞状细胞癌的肿瘤微环境的方法技术

本申请公开了分析食管鳞状细胞癌的肿瘤微环境的方法。该方法包括：选定肿瘤微环境中待分析的基本组织结构蛋白、进行细胞分割及蛋白表达水平提取、聚类识别细胞类型、识别三级淋巴结构及其邻域并确定免疫细胞占比和关键功能蛋白的表达水平、识别组织区域及其邻域并确定不同细胞占比和关键功能蛋白的表达水平，以及确定所述肿瘤微环境中的细胞‑细胞间空间互作。本申请提供的方法能够大大提高预测干预效果的效率和准确性。

【技术实现步骤摘要】

本申请涉及诊断或伴随诊断领域，进一步涉及分析食管鳞状细胞癌的肿瘤微环境的方法。

技术介绍

1、食管鳞状细胞癌（escc）是一个全球性的健康挑战。escc的病因是多因素的，主要风险因素包括烟草使用、酒精消费、营养不良、环境毒素和遗传易感性，影响其发病机制。标准治疗包括根据疾病阶段量身定制的手术、化疗和放疗；然而，全球五年生存率仍然很低，仅为15%-25%。新辅助化学免疫治疗旨在通过重新激活对肿瘤细胞的免疫反应来减少肿瘤负担并改善手术结果。

2、目前缺少能够预测干预效果的方式，因而难以对治疗方法进行改进。而分析肿瘤微环境能够大大提高预测干预效果的效率和准确性。

3、因此，本领域亟需开发出能够对肿瘤微环境进行分析的方法。

技术实现思路

1、基于此，有必要至少提供一种分析食管鳞状细胞癌的肿瘤微环境的方法。

2、食管鳞状细胞癌（escc）因其侵袭性强和预后普遍差而面临重大临床和治疗挑战。通过一项临床试验，评估一种先驱性的包含程序性死亡-1（pd-1）阻滞剂（toripalimab）、本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种食管鳞状细胞癌患者的干预效果的预测和/或诊断分析方法，其特征在于，包括：于干预前检测预测因子，所述预测因子包括：样本中功能性CD8 T细胞的耗竭标志物的含量或其表达水平和样本中炎症性巨噬细胞的含量；

2.一种分析食管鳞状细胞癌的肿瘤微环境(TME)的方法，其特征在于，所述的方法包括：

3.如权利要求2所述的方法，其特征在于，所述基本组织结构蛋白满足如下条件中的一项或多项：

4.如权利要求2或权利要求3所述的方法，其特征在于，所述模型为TissueNet模型。

5.如权利要求2或权利要求3所述的方法，其特征在于，在对获得的所述表达水平...

【技术特征摘要】

1.一种食管鳞状细胞癌患者的干预效果的预测和/或诊断分析方法，其特征在于，包括：于干预前检测预测因子，所述预测因子包括：样本中功能性cd8 t细胞的耗竭标志物的含量或其表达水平和样本中炎症性巨噬细胞的含量；

2.一种分析食管鳞状细胞癌的肿瘤微环境(tme)的方法，其特征在于，所述的方法包括：

3.如权利要求2所述的方法，其特征在于，所述基本组织结构蛋白满足如下条件中的一项或多项：

4.如权利要求2或权利要求3所述的方法，其特征在于，所述模型为tissuenet模型。

5.如权利要求2或权利要求3所述的方法，其特征在于，在对获得的所述表达水平的信息进行处理的步骤中，包括对所述表达水平的信息进行反双曲正弦函数转换，对转换后的数值进行截断和标准化。

6.如权利要求2或权利要求3所述的方法，其特征在于，所述初始聚类使用选自：由cd14、cd16、cd4、cd8、collageni、cd31、e-cadherin、cd45、cd163、cd68、cd11b、cd20、cd11c、cd15、cd3、fap、cd57、pan-cytokeratin和αsma构成的群组中的一种或多种标记物来鉴定主要细胞群；

7.如权利要求2或权利要求3所述的方法，其特征在于，在所述识别三级淋巴结构及其邻域并确定免疫细胞占比和关键功能蛋白的表达水平中，所述关键功能蛋白选自：由免疫耗竭相关标志物和免疫细胞功能相关的标志物构成的群组。

8.如权利要求7所述的方法，其特征在于，所述免疫耗竭相关标志物选自：由pd-1、tim3、ctla4、cd39、tigit、vista、gitr和lag3构成的群组；

9.如权利要求2或权利...

【专利技术属性】
技术研发人员：王琳，
申请(专利权)人：杭州茵菲多组学生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：