【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及一种用于鉴定西瓜种子大小的分子标记、引物组合及其应用，属于分子标记。
技术介绍
1、西瓜（ citrullus lanatus（thunb.）matsum.et nakai）为葫芦科西瓜属一年生蔓生藤本植物，又名寒瓜、水瓜、西瓜皮等。西瓜原产于非洲热带地区，广泛栽培于世界热带到温带地区，我国各地也广泛栽培。西瓜营养丰富、味道甜酥，含有丰富的蛋白质、碳水化合物、粗纤维、钾、磷、钙、铁、钠等及维生素a、b、c等，西瓜逐渐成为世界上最受欢迎的鲜食水果之一。
2、种子是植物中一个独特的器官，是植物生命所必需的。种子大小是一个基本的农艺特征，除了影响对环境胁迫的适应和植物的适应度外，还可以影响质量和产量。这对于以种子为主要产物器官的植物尤其重要。西瓜的种子有双重用途，果肉较多的西瓜通常含有相对较小的种子，这使得小种子或栽培的无籽西瓜在市场上更有吸引力。相比之下，可食用的种子西瓜通常含有更大的种子，为人类提供丰富的营养，如蛋白质和油。因此，培育具有特定种子大小的西瓜品种能够满足消费者的不同需求。
3、西瓜不同种质间种子大小的差异较大，近年来，很多西瓜种子大小相关的基因及其功能得到解析，西瓜种子大小这一性状被证明是由复杂调控机制调控的质量性状。weetman（1937）报道种子大小是由单基因控制的；gao et al.（2016）报道种子大小可能受到主要qtl的调控；kim et al.（2015）的研究表明，西瓜种子的大小受到一个单一的显性基因的调控；z
技术实现思路
1、本专利技术的第一个目的在于提供一种用于鉴定西瓜种子大小的分子标记，提供一种用于鉴定西瓜种子大小的分子标记。
2、本专利技术的第二个目的在于提供一种用于检测所述的分子标记基因型的引物组合，提供一种能够快速、准确检测出所述分子标记基因型的引物。
3、本专利技术的第三个目的在于提供一种分子标记或引物组合在西瓜种子大小辅助筛选和育种中的应用，提供一种快速且准确培育具有特定种子大小的西瓜品种的方法。
4、为了实现上述目的，本专利技术中一种用于鉴定西瓜种子大小的分子标记的技术方案是：
5、一种用于鉴定西瓜种子大小的分子标记，所述snp分子标记由snp分子标记1和snp分子标记2组成；所述snp分子标记1的核苷酸序列如seq id no.1所示，5’端起第71位碱基为a或c；所述snp分子标记2的核苷酸序列如seq id no.2所示，5’端起第71位碱基为a或g。
6、上述技术方案的有益效果在于：本专利技术一种用于鉴定西瓜种子大小的分子标记为开拓型专利技术。本专利技术利用种子千粒重小的父本材料和种子千粒重大的母本材料杂交获得f1代，f1代自交获得f2代后，在f2代中分别选取千粒重大的种子与千粒重小的种子，提取dna后进行重测序。通过对重测序的数据进行分析，在西瓜种子大小相关基因cla97c06g114610上筛选出两个与西瓜种子大小相关的高质量snp位点，物理位置锚定在西瓜6号染色体第5540184 bp和5540261 bp处。进一步通过验证证实，筛选出的两个snp位点与西瓜种子的大小（千粒重）显著相关，snp位点的不同基因型能够有效区分千粒重大和千粒重小的西瓜个体，这说明筛选出的两个snp位点能够作为鉴定西瓜种子大小的snp分子标记。本专利技术的snp分子标记有助于帮助更深入地了解西瓜种子的变异，为检测西瓜种子的大小提供了新的手段，进而加速西瓜种子大小性状的改良进程，提高育种的准确性和选择率。
7、为了实现上述目的，本专利技术中一种用于检测所述的分子标记基因型的引物组合的技术方案是：
8、一种用于检测所述的分子标记基因型的引物组合，所述引物组合包括鉴定snp分子标记1基因型的引物组合1和鉴定snp分子标记1基因型的引物组合2；所述引物组合1中引物的核苷酸序列如seq id no.3~5所示；所述引物组合2中引物的核苷酸序列如seq idno.6~8所示。
9、上述技术方案的有益效果在于：本专利技术针对筛选出的snp分子标记，设计kasp引物，该引物能有效地检测出snp分子标记的基因型，具有快速、准确、高通量的优势，为鉴定西瓜种子的大小提供一种有效的手段。
10、具体地，竞争性等位基因特异性pcr（ksap）是英国lgc公司开发的一种高通量的基于荧光的snp基因分型技术。kasp技术需要根据目标snp位点前后序列设计2条竞争性等位基因特异性正向引物和一条反向引物，通过在正向引物5’端加入不同的荧光基团，基于pcr终端荧光信号的读取判断目标位点的基因型。
11、进一步具体地，以鉴定snp分子标记1基因型的引物组合1为例，核苷酸序列如seqid no.3所示的引物5’端带fam的荧光标签序列，核苷酸序列如seq id no.4所示的引物5’端带hex的荧光标签序列。
12、为了实现上述目的，本专利技术中一种分子标记或引物组合在西瓜种子大小辅助筛选和育种中的应用的技术方案是：
13、一种分子标记或引物组合在西瓜种子大小辅助筛选和育种中的应用。
14、上述技术方案的有益效果在于：本专利技术筛选获得两个用于鉴定西瓜种子大小的分子标记，并利用多份西瓜材料重复检验，证实了这两个snp分子标记可有效应用于鉴定或辅助鉴定西瓜种子大小，能够用于分子标记辅助育种中，在挖掘和筛选不同种子大小的西瓜种质资源或品系研究中具有重要的应用价值。
15、进一步地，本专利技术分子标记或引物组合在西瓜种子大小辅助筛选和育种中的应用，直接以西瓜基因组dna为模板，在西瓜的叶片组织可检测到kasp分子标记的snp位点基因型，有利于方便高效地预测西瓜种子大小，可应用于收获前西瓜种子大小筛选和鉴定。
16、作为进一步地改进，所述西瓜种子大小为西本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种用于鉴定西瓜种子大小的分子标记，其特征在于：所述SNP分子标记由SNP分子标记1和SNP分子标记2组成；所述SNP分子标记1的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，5’端起第71位碱基为A或C；所述SNP分子标记2的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，5’端起第71位碱基为A或G。
2.一种用于检测权利要求1所述的分子标记基因型的引物组合，其特征在于：所述引物组合包括鉴定SNP分子标记1基因型的引物组合1和鉴定SNP分子标记1基因型的引物组合2；所述引物组合1中引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3~5所示；所述引物组合2中引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.6~8所示。
3.一种如权利要求1所述的分子标记或权利要求2所述的引物组合在西瓜种子大小辅助筛选和育种中的应用。
4.根据权利要求3所述的分子标记或引物组合在西瓜种子大小辅助筛选和育种中的应用，其特征在于：所述西瓜种子大小为西瓜种子千粒重。
5.根据权利要求3或4所述的分子标记或引物组合在西瓜种子大小辅助筛选和育种中的应用，其特征在于：利用检测所述SNP分子标
6.根据权利要求3或4所述的分子标记或引物组合在西瓜种子大小辅助筛选和育种中的应用，其特征在于：当SNP分子标记1的基因型为CC和/或SNP分子标记2的基因型为AA时，待测西瓜样本为种子千粒重大的表型；当SNP分子标记1的基因型为AA、CA和/或SNP分子标记2的基因型为GG、AG时，待测西瓜样本为种子千粒重小的表型。
...【技术特征摘要】
1.一种用于鉴定西瓜种子大小的分子标记，其特征在于：所述snp分子标记由snp分子标记1和snp分子标记2组成；所述snp分子标记1的核苷酸序列如seq id no.1所示，5’端起第71位碱基为a或c；所述snp分子标记2的核苷酸序列如seq id no.2所示，5’端起第71位碱基为a或g。
2.一种用于检测权利要求1所述的分子标记基因型的引物组合，其特征在于：所述引物组合包括鉴定snp分子标记1基因型的引物组合1和鉴定snp分子标记1基因型的引物组合2；所述引物组合1中引物的核苷酸序列如seq id no.3~5所示；所述引物组合2中引物的核苷酸序列如seq id no.6~8所示。
3.一种如权利要求1所述的分子标记或权利要求2所述的引物组合在西瓜种子大小辅助筛选和育种中的应用。
4.根据权利要求3所述...
【专利技术属性】
技术研发人员：郭大龙，孙瑞，朱学杰，韦同路，裴茂松，刘海楠，张静，朱忠厚，
申请(专利权)人：河南科技大学，
类型：发明
国别省市：
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