一种鉴定lncRNA的方法技术

本发明专利技术公开一种鉴定lncRNA的方法，属于鉴定lncRNA技术领域。本发明专利技术为了提供一种简单快捷准确率高的鉴定哺乳动物lncRNA的方法。本发明专利技术提供一种鉴定lncRNA的方法，选取待鉴定的长度大于200nt的非环状RNA的正向的开放阅读框；将获得的开放阅读框的基因序列与编码荧光蛋白的基因连接获得重组序列，将重组序列与表达载体连接获得重组载体；将获得的重组载体进行体外转录获得RNA序列；将获得的RNA注射到猪胚胎中，利用荧光显微镜检测检测荧光强度，若有荧光表达则此RNA并非为lncRNA，若没有荧光表达则此RNA为lncRNA。实现准确快速筛选lncRNA。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于鉴定lncrna，具体涉及一种鉴定lncrna的方法。

技术介绍

1、长链非编码 rna（lncrna）是一类长度超过 200nt，不能编码蛋白或只能编码短肽的 rna 分子，参与调控了多种生物学过程，以下是一种鉴定猪 lncrna 的方法：样品采集：从猪的组织或细胞中提取总 rna；rna 测序：利用二代测序技术对总 rna 进行测序，获得大量的测序数据；数据预处理：对测序数据进行质量控制和过滤，去除低质量的 reads 和接头序列；转录本组装：使用转录本组装软件，如 stringtie 或 cufflinks，将测序 reads组装成转录本；lncrna 鉴定：根据 lncrna 的特征，如长度、编码潜力和表达水平等，从组装的转录本中鉴定出 lncrna；功能预测：对鉴定出的 lncrna 进行功能预测，可通过与已知功能的基因进行关联分析，或利用生物信息学工具预测其可能的生物学功能；实验验证：选择部分 lncrna 进行实验验证，如通过 rt-pcr、northern blot 或 rna 干扰等技术，验证其在猪组织或细胞中的表达和功能。本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种鉴定lncRNA的方法，其特征在于，所述方法的具体步骤如下：

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤1中正向开放阅读框的选择方法：利用Open Reading Frame Finder工具，将待检测RNA的cDNA的GI号、Accession号或序列的fasta格式输入Open Reading Frame Finder工具中，选择Minimal ORF length为75，Genetic code 为standard，ORF start codon to use为“ATG” only，submit后，选择standard为+的所有的ORF。

3.根...

【技术特征摘要】

1.一种鉴定lncrna的方法，其特征在于，所述方法的具体步骤如下：

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤1中正向开放阅读框的选择方法：利用open reading frame finder工具，将待检测rna的cdna的gi号、accession号或序列的fasta格式输入open reading frame finder工具中，选择minimal orf length为75，genetic code 为standard，orf start codon to use为“atg” only，submit后，选择standard为+的所有的orf。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，荧光蛋白为红色荧光蛋白、蓝色荧光蛋白、青色荧光蛋白、黄色荧光蛋白或绿色荧光蛋白。

4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于...

【专利技术属性】
技术研发人员：伟人悦，王加强，
申请(专利权)人：东北农业大学，
类型：发明
国别省市：