确定RNA的三维结构中的RNA体外转录和纯化及RNA折叠方法技术

本发明专利技术公开了一种确定RNA的三维结构中的RNA体外转录和纯化及RNA折叠方法，包括以下步骤：S1,RNA体外转录和纯化：线性化的DNA模板通过聚合酶链反应或质粒扩增后进行酶切制备，其中可以引入额外的核酶序列和引物修饰，以确保5'和3'末端的序列一致性；使用T7RNA聚合酶或其突变体在优化的条件下进行体外转录，以获得最大产量和均一性；通过变性凝胶电泳快速评估RNA的均一性，而折叠状态通过体外的非变性凝胶电泳进行评估；共转录折叠的RNA通过缓冲液交换直接浓缩或通过尺寸排阻色谱法进行纯化，以分离不同的构象；如果IVT产物存在异质性，则需要进行传统的变性凝胶纯化和在适当条件下的RNA再折叠。S2,RNA折叠条件筛选：非变性凝胶电泳筛选RNA的折叠条件或高通量筛选体外转录和RNA折叠条件的nanoDLS。本发明专利技术帮助实现cryo‑EM结构测定，并辅以cryo‑EM数据处理流程，以解析RNA动态和构象变化，以及RNA建模算法，以生成基于中等到高分辨率cryo‑EM密度图的原子坐标。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及rna的三维结构模型搭建，特别涉及一种确定rna的三维结构中的rna体外转录和纯化及rna折叠方法、一种确定rna的三维结构的方法以及一种确定rna的三维结构的方法的应用。

技术介绍

1、rna参与各种基本生物过程，如催化、转录调控、翻译和信号通路调节。rna的三维结构主要决定了它们的功能，例如，核酶形成紧凑的核心结构来催化反应；核糖开关通过感知不同的配体和环境变化来调节基因表达；长链非编码rna(lncrna)折叠成特定结构并与蛋白质相互作用以执行其功能。

2、在体外或体内进行功能时，结构化的rna可能会经历大的构象变化，单个核苷酸也可能在其功能执行过程中发生局部的动态变化。这使得制备均质rna样本以进行结构测定变得复杂。此外，传统的结构生物学技术，如x射线晶体学、核磁共振(nmr)和冷冻电镜单颗粒分析(cryo-em spa)，在处理不同rna的异质性时都有其技术限制，这些限制共同对rna的高分辨率三维结构分析提出了很大挑战。x射线晶体学通常需要大量rna样本，且rna的总体结构异质性要尽可能小，以促进分子在晶体生长过程中的堆本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种确定RNA的三维结构中的RNA体外转录和纯化及RNA折叠方法，其特征在于，包括以下步骤：

2.一种确定RNA的三维结构中的RNA体外转录和纯化及RNA折叠方法，其特征在于，包括以下步骤：

3.根据权利要求2所述的确定RNA的三维结构中的RNA体外转录和纯化及RNA折叠方法，其特征在于，所述聚合酶链反应包括以下步骤：

4.根据权利要求2所述的确定RNA的三维结构中的RNA体外转录和纯化及RNA折叠方法，其特征在于，所述酶切反应方法包括以下步骤：

5.根据权利要求2所述的确定RNA的三维结构中的RNA体外转录和纯化及RNA折叠方法，其特...

【技术特征摘要】

1.一种确定rna的三维结构中的rna体外转录和纯化及rna折叠方法，其特征在于，包括以下步骤：

2.一种确定rna的三维结构中的rna体外转录和纯化及rna折叠方法，其特征在于，包括以下步骤：

3.根据权利要求2所述的确定rna的三维结构中的rna体外转录和纯化及rna折叠方法，其特征在于，所述聚合酶链反应包括以下步骤：

4.根据权利要求2所述的确定rna的三维结构中的rna体外转录和纯化及rna折叠方法，其特征在于，所述酶切反应方法包括以下步骤：

5.根据权利要求2所述的确定rna的三维结构中的rna体外转录和纯化及rna折叠方法，其特征在于，s02中，用氯仿/异戊...

【专利技术属性】
技术研发人员：苏昭铭，陈星宇，汪鎏，谢家昊，
申请(专利权)人：四川大学，
类型：发明
国别省市：