一种先导编辑系统及其应用技术方案

技术编号:43918317 阅读:26 留言:0更新日期:2025-01-03 13:23
本申请公开一种先导编辑系统,包括:xseA4crRNA或其编码基因、sbcB3crRNA或其编码基因、sbcB6crRNA或其编码基因以及exoX4crRNA或其编码基因;和/或,PE蛋白或其编码基因;和/或,epegRNA或其编码基因。本申请提供的先导编辑系统:同时敲除sbcB、xseA和exoX可以使点突变的效率提升3.6~42.3倍,实现在多个位点的点突变效率从13.9%提升到64.5%;同时敲除sbcB、xseA和exoX可以使插入或删除的效率分别提升6.6~99.5倍和23.1~69.6倍,在多个位点的插入或删除效率分别从2.1%提升到20.6%和从0.5%提升到26.8%。

【技术实现步骤摘要】

本说明书涉及生物,特别涉及一种先导编辑系统及其应用


技术介绍

1、基因编辑是一种用来研究模式生物中基因的功能的重要工具。crispr/cas(clustered regularly interspaced short palindromic repeats/crispr-associatedprotein)基因组编辑系统自问世以来,由于其简便性和高效性,已经被广泛应用于生物、医学、农学等领域。通过融合失活的cas核酸酶与碱基脱氨酶或者逆转录酶,crispr/cas系统还可以进一步被改造成碱基编辑系统(base editor,be)和先导编辑系统(prime editor,pe)。先导编辑能够在不产生双链dna断裂的情况下在靶向位置实现插入,删除和所有类型的点突变,并且广泛应用于果蝇,斑马鱼,小麦,水稻,小鼠胚胎和人类干细胞等多个细胞系中。

2、先导编辑系统由pegrna(prime editing guide rna)和融合了逆转录酶的cas9nickase构成。在先导编辑的过程中,pe-pegrna复合物结合到靶向链并在非靶向链上产生切口,本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种CRISPRi表达构建体,所述CRISPRi表达构建体中包括xseA4 crRNA编码核苷酸序列、sbcB3 crRNA编码核苷酸序列、sbcB6 crRNA编码核苷酸序列以及exoX4 crRNA编码核苷酸序列。

2.如权利要求1所述的CRISPRi表达构建体,其特征在于,所述xseA4 crRNA编码核苷酸序列如SEQ ID NO.15所示,所述sbcB3 crRNA编码核苷酸序列如SEQ ID NO.16所示,所述sbcB6 crRNA编码核苷酸序列如SEQ ID NO.17所示,所述exoX4 crRNA编码核苷酸序列如SEQ ID NO.18所示。

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【技术特征摘要】

1.一种crispri表达构建体,所述crispri表达构建体中包括xsea4 crrna编码核苷酸序列、sbcb3 crrna编码核苷酸序列、sbcb6 crrna编码核苷酸序列以及exox4 crrna编码核苷酸序列。

2.如权利要求1所述的crispri表达构建体,其特征在于,所述xsea4 crrna编码核苷酸序列如seq id no.15所示,所述sbcb3 crrna编码核苷酸序列如seq id no.16所示,所述sbcb6 crrna编码核苷酸序列如seq id no.17所示,所述exox4 crrna编码核苷酸序列如seq id no.18所示。

3.如权利要求1所述的crispri表达构建体,其特征在于,所述crispri表达构建体的核苷酸序列如seq id no.1所示。

4.如权利要求1~3任一项所述的crispri表达构建体在基因编辑中的应用。

5.如权利要求4所述的应用,其特征在于,所述基因编辑选自基因切割、基因删除、基因插入、碱基替换、点突变、转录抑制、转录激活或基础编辑中至少一种;优选的,所述基因编辑选自基因删除、基因插入或点突变。

6.一种epegrna,所述epegrna包括pegrna spacer、pegrna 3’extension和pegrnascaffold。

7.如权利要求6所述的epegrna,其特征在于,所述epegrna的编码核苷酸序列选自如seq id no.9、seq id no.10或seq id no.11中任一所示的序列。

8.一种epegrna表达构建体,其特征在于,所述epegrna表达构建体含有如权利要求6或7所述的epegrna的编码核苷酸序列。

9.如权利要求8所述的epegrna表达构建体,其特征在于,所述epegrna表达构建体通过将如权利要求6或7所述的epegrna的编码核苷酸序列插入空质粒pegrna2_tevopreq1得到,所述pegrna2_tevopreq1的核苷酸序列如seq id no.12所示。

10.如权利要求8所述的epegrna表达构建体,其特征在于,所述epegrna表达构建体的的核苷酸序列选自如seq id no.5、seq id no.6或seq id no.7中任一所示的序列。

11.一种先导编辑系统,其特征在于,包括:xsea4 crrna或其编码基因、sbcb3 crrna或其编码基因、sbcb6 crrna或其编码基因以及exox4 crrna或其编码基...

【专利技术属性】
技术研发人员:季泉江陈萧阳张洪源
申请(专利权)人:上海科技大学
类型:发明
国别省市:

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