一种梭杆菌遗传型的检测分型方法技术

本发明专利技术提供了一组L1和L5遗传型梭杆菌特异性DNA序列，并设计了相应的检测引物以应用于L1/L5遗传型梭杆菌的检测分型，上述检测分型方法是一种直观并精确的用来测定L1/L5遗传分型的梭杆菌的方法，其可实现对L1和L5型梭杆菌直接快速的定性和定量检测，操作简单、耗时短，适用于单一菌株样本或含混合菌体样本，可根据PCR和定量PCR结果直接进行判读，不需要额外的测序和数据分析工作，在目前所测试的菌株中准确度可达到100％，上述L1/L5遗传型可能在结直肠癌(CRC)中发挥不同的致病作用，精确的检测鉴定对于了解其致病机制具有深远意义，并具有潜在的临床应用价值。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及生物医药，尤其涉及一组用于l1和l5遗传型梭杆菌检测分型的特异性dna序列及其筛选方法，以及提供了上述特异性序列在梭杆菌遗传型的检测分型方面的应用。

技术介绍

1、肠道菌群失衡与人体多种疾病发生发展有密切关联。其中，肠道菌群中梭杆菌(fusobacterium)在结直肠癌(colorectal cancer，crc)等肠道疾病中富集，促进疾病发生发展。梭杆菌属成员中，目前对具核梭杆菌在crc中的研究最为深入。但梭杆菌具有广泛遗传多样性，其他成员的临床分布及致病性鲜有报道。

2、专利技术人前期研究中已通过进化分析发现梭杆菌菌种构成9个主要遗传分支(lineage)，并将其定义为l1-l9遗传型(dexi bi,et al.“profiling fusobacteriuminfection at high taxonomic resolution reveals lineage-specific correlationsin colorectal cancer”,nature communications,2022,13:3336)。本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种筛选用于梭杆菌遗传型的检测分型的特异性序列的方法，其特征在于，包括步骤：对特定遗传型梭杆菌进行泛基因组分析：从所得基因聚类簇中，通过序列比对筛选出特定遗传型梭杆菌中在核苷酸序列水平高度保守的基因；再通过比对从中筛选出与其他遗传型梭杆菌在核苷酸和蛋白序列水平均无同源性的基因；将所得基因序列与NCBI核苷酸数据库中的非梭杆菌物种进行核苷酸序列比对，剔除与非梭杆菌物种有一定序列相似性的基因，并排除含有插入、截断以及拷贝数在菌株间不一致的基因。

2.根据权利要求1所述的筛选方法，其特征在于，所述特定遗传型梭杆菌为L1遗传型梭杆菌或L5遗传型梭杆菌。

3.根据权利要...

【技术特征摘要】

1.一种筛选用于梭杆菌遗传型的检测分型的特异性序列的方法，其特征在于，包括步骤：对特定遗传型梭杆菌进行泛基因组分析：从所得基因聚类簇中，通过序列比对筛选出特定遗传型梭杆菌中在核苷酸序列水平高度保守的基因；再通过比对从中筛选出与其他遗传型梭杆菌在核苷酸和蛋白序列水平均无同源性的基因；将所得基因序列与ncbi核苷酸数据库中的非梭杆菌物种进行核苷酸序列比对，剔除与非梭杆菌物种有一定序列相似性的基因，并排除含有插入、截断以及拷贝数在菌株间不一致的基因。

2.根据权利要求1所述的筛选方法，其特征在于，所述特定遗传型梭杆菌为l1遗传型梭杆菌或l5遗传型梭杆菌。

3.根据权利要求2所述的筛选方法，其特征在于，所述特异性序列包括用于l1遗传型梭杆菌检测分型的特异性序列或用于l5遗传型梭杆菌检测分型的特异性序列；

4.一组特异性序列的应用，其特征在于，所述应用选自以下应用中的至少一种：在梭杆菌遗传型的检测分型中的应用、在制备梭杆菌遗传型的检测分型产品中的应用、在生物信息学分析中的应用、在确定结直肠癌的致病机制及分子流行病学特征中的应用；其中，所述特异性序列包括用于l1遗传型梭...

【专利技术属性】
技术研发人员：毕德玺，秦环龙，蔚青，
申请(专利权)人：上海市第十人民医院，
类型：发明
国别省市：

全部详细技术资料下载 我是这个专利的主人