一种基于低浓度胎儿游离DNA的单体型构建方法技术

本发明专利技术公开了一种基于低浓度胎儿游离DNA的单体型构建方法。所述单体型构建方法包括：双轮磁珠筛选获得游离DNA片段，游离DNA片段和UMI分子标签混合构建cfDNA文库，使用探针捕获封闭后的cfDNA文库，纯化探针捕获产物，测序获得测序数据，测序数据进一步筛选得到最终的游离DNA片段，最终的游离DNA片段经序列分析得到胎儿单体型。本发明专利技术使用双轮磁珠筛选流程结合生信筛选流程获得目标长度范围DNA片段，相比于纯实验方法和纯生信方法富集胎儿游离DNA效率更高，目标长度范围更精确，同时本发明专利技术通过引入UMI分子标签标记样本原始DNA分子信息降低因PCR或测序错误引入的碱基错误，极大提高了胎儿单体型构建准确性。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于生物，涉及一种基于低浓度胎儿游离dna的单体型构建方法。

技术介绍

1、无创产前胎儿单基因病的检测难度受其遗传方式的影响：新发突变或者来自父源的显性突变由于没有母体自身突变背景的干扰，仅仅检测出基因突变信号有或无即可判断胎儿自身的基因型，因此采用较为灵敏的数字pcr或者目标区域捕获测序的方法来实现；而隐性遗传的单基因病，在母源背景下识别是否胎儿自身的突变类型，对胎儿浓度、实验设计以及分析的灵敏性和特异性要求较高。对于隐性遗传的无创单基因病检测，通常需要提前构建父亲和母亲的单体型信息，利用单体型模块增加可利用的信息量，通过胎儿特异(父系来源等位突变)及其同单体型上位点计数有和无的显著差异，以及母系两个不同碱基(母系来源等位突变和正常等位碱基)及其同单体型上位点计数之间的显著差异，实现单个位点的遗传情况判断。上述单体型方法进行无创产前检测已经得到广泛应用，但由于母体外周血中胎儿游离dna含量较低，探针捕获和扩增目标区域dna时存在偏好性等原因，一部分胎儿的单体型构建准确度无法保证。优化胎儿单体型构建技术流程，建立低浓度胎儿游离dna的单体型构建方本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种基于低浓度胎儿游离DNA的单体型构建方法，其特征在于，所述单体型构建方法包括：

2.根据权利要求1所述的单体型构建方法，其特征在于，所述双轮磁珠筛选包括第一轮使用0.6-0.8倍胎儿游离DNA片段体积的磁珠进行筛选，第二轮使用1.0-1.4倍胎儿游离DNA片段体积的磁珠进行筛选。

3.根据权利要求1或2所述的单体型构建方法，其特征在于，所述UMI分子标签的核酸序列包括SEQ ID NO.1-SEQ ID NO.20所示的序列。

4.根据权利要求1-3中任一项所述的单体型构建方法，其特征在于，所述探针的核酸序列包括如SEQ ID NO.1-SEQ...

【技术特征摘要】

1.一种基于低浓度胎儿游离dna的单体型构建方法，其特征在于，所述单体型构建方法包括：

2.根据权利要求1所述的单体型构建方法，其特征在于，所述双轮磁珠筛选包括第一轮使用0.6-0.8倍胎儿游离dna片段体积的磁珠进行筛选，第二轮使用1.0-1.4倍胎儿游离dna片段体积的磁珠进行筛选。

3.根据权利要求1或2所述的单体型构建方法，其特征在于，所述umi分子标签的核酸序列包括seq id no.1-seq id no.20所示的序列。

4.根据权利要求1-3中任一项所述的单体型构建方法，其特征在于，所述探针的核酸序列包括如seq id no.1-seq id no.64所示的序列。

5.根据权利要求1-4中任一项所述的单体型构建方法，其特征在于，所述进一步筛选的标准为选择序列末尾是g或c的游离dna片段...

【专利技术属性】
技术研发人员：马燕琳，孙菲，周繇，赵星，康凯，张洁娜，侯美灵，张欣，孔令印，梁波，
申请(专利权)人：海南医学院第一附属医院，
类型：发明
国别省市：