一种临床宠物源大肠杆菌抗菌药物耐药表型预测方法及系统技术方案

本发明专利技术公开一种临床宠物源大肠杆菌抗菌药物耐药表型预测方法及系统，属于智能医学检验领域。对宠物源大肠杆菌样本进行抗菌药物的MIC测试和全基因组测序，分别得到MIC分类标签和泛基因组特征；筛选与MIC分类标签相关的泛基因组特征，得到最优特征组合；构建并优化前馈神经网络模型，得到抗菌药物优化预测模型；将最优特征组合输入抗菌药物优化预测模型，并输出抗菌药物的MIC预测结果；将MIC预测结果转化为SIR标签，确定抗菌药物的耐药表型。本发明专利技术从多个角度筛选出与耐药表型相关的泛基因组作为特征输入模型，并同时对MIC标签以及敏感、中介和耐药三分类的SIR标签进行预测，为宠物临床的细菌感染诊疗及后续研究提供助力。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及智能医学检验，更具体的说是涉及一种临床宠物源大肠杆菌抗菌药物耐药表型预测方法及系统。

技术介绍

1、在宠物医疗领域，抗菌药物作为治疗感染疾病的重要手段，其广泛应用已成为推动细菌耐药性发展的重要驱动力之一。换言之，宠物临床中对抗菌药物的频繁和可能不当的使用，是加剧细菌产生抗药性现象的一个核心因素。

2、目前，犬和猫感染的大肠杆菌对多种抗菌药物耐药率已高于人源。现有药敏测试需要较长的周期以及技术人员要求较高，已开发试剂盒往往只针对特定耐药基因，不足以推广。已开发细菌耐药表型预测模型尚未有专注于宠物临床样本构建的，泛化性不足。同时，现有模型缺少特征工程，因此纳入模型较多无意义的特征，不利于临床及科研后续的研究。

3、因此，提出一种临床宠物源大肠杆菌抗菌药物耐药表型预测方法及系统，提高耐药表型预测准确率，是本领域技术人员亟需解决的问题。

技术实现思路

1、有鉴于此，本专利技术提供了一种临床宠物源大肠杆菌抗菌药物耐药表型预测方法及系统。

2、为了实现上述目的，本专利技术本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种临床宠物源大肠杆菌抗菌药物耐药表型预测方法，其特征在于，包括以下步骤：

2.根据权利要求1所述的一种临床宠物源大肠杆菌抗菌药物耐药表型预测方法，其特征在于，筛选与所述MIC分类标签相关的泛基因组特征，得到最优特征组合，包括：

3.根据权利要求2所述的一种临床宠物源大肠杆菌抗菌药物耐药表型预测方法，其特征在于，基于方差分析对所述泛基因组特征进行初步筛选，得到初步筛选特征，包括：

4.根据权利要求2所述的一种临床宠物源大肠杆菌抗菌药物耐药表型预测方法，其特征在于，所述遗传算法基于随机森林实现。

5.根据权利要求1所述的一种临床宠物源大肠...

【技术特征摘要】

1.一种临床宠物源大肠杆菌抗菌药物耐药表型预测方法，其特征在于，包括以下步骤：

2.根据权利要求1所述的一种临床宠物源大肠杆菌抗菌药物耐药表型预测方法，其特征在于，筛选与所述mic分类标签相关的泛基因组特征，得到最优特征组合，包括：

3.根据权利要求2所述的一种临床宠物源大肠杆菌抗菌药物耐药表型预测方法，其特征在于，基于方差分析对所述泛基因组特征进行初步筛选，得到初步筛选特征，包括：

4.根据权利要求2所述的一...

【专利技术属性】
技术研发人员：汪洋，王璐，邹之宇，夏兆飞，吕艳丽，马士珍，杨璐，陈丝雨，吴聪明，沈建忠，
申请(专利权)人：中国农业大学，
类型：发明
国别省市：