【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术涉及构建微生物判别用的数据库的方法及装置。
技术介绍
1、在非专利文献1中，公开了2种在使用质量分析法的微生物的判别中能够采用的方法。
2、第1种方法是指纹法，将对未知的微生物测量出的质谱与对每个已知的微生物测量出的质谱的数据库进行比较，由此判别未知的微生物。但是，在该方法中，存在微生物的质谱的图案容易强烈地受到培养基条件及测量的再现法的影响等问题。
3、针对这样的指纹法的问题，作为第2种方法，着眼于基于使用了基因组数据库的生物信息学的方法。在该方法中，将对未知的微生物测量出的质谱与根据基因组数据库预测出的蛋白质的质荷比的数据库进行比较，由此判别未知的微生物。在该方法中，预测的质荷比不受培养基条件及测量的再现法的影响，因此能够解决上述的指纹法的问题。
4、现有技术文献
5、非专利文献
6、非专利文献1：田村广人等，“以核糖体蛋白质为生物标志物的利用maldi-tof ms的细菌识别-s10-利用germs法的细菌的迅速识别-”，岛津评论附印，第70卷，第3·4号，20
【技术保护点】
1.一种构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，具备：
2.如权利要求1所述的构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，所述判定是否满足基准的步骤包括基于基因数是否满足基准值来进行判定的步骤。
3.如权利要求1或2所述的构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，所述判定是否满足基准的步骤包括基于基因组的完整性来进行判定的步骤。
4.如权利要求1或2所述的构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，所述判定是否满足基准的步骤包括基于基因组的污染的比例来进行判定的步骤。
5.如权利要求1或2所述的构建微生物判别用的数...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，具备：
2.如权利要求1所述的构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，所述判定是否满足基准的步骤包括基于基因数是否满足基准值来进行判定的步骤。
3.如权利要求1或2所述的构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，所述判定是否满足基准的步骤包括基于基因组的完整性来进行判定的步骤。
4.如权利要求1或2所述的构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，所述判定是否满足基准的步骤包括基于基因组的污染的比例来进行判定的步骤。
5.如权利要求1或2所述的构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，所述判定是否满足基准的步骤包括基于重叠群的数量来进行判定的步骤。
6.如权利要求1或2所述的构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，所述判定是否满足基准的步骤包括基于未确定的碱基的数量来进行判定的步骤。
7.如权利要求1所述的构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，所述构建质荷比数据库的步骤包括使预测出的蛋白质或质荷比链接与包含有预测出的蛋白质的组相关的信息的步骤。
8.如权利要求7所述的构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，与所述组相关的信息包含蛋白质的名称、蛋白质的功能及家族中的至少1项。
9.如权利要求7或8所述的构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，所述构建质荷比数据库的步骤还包括基于与所述组相关的信息构建特定质荷比数据库的步骤，所述特定质荷比数据库包含仅具有被预测为包含在特定的所述组中的质荷比的特定质荷比列表。
10.如权利要求7或8所述的构建微...
【专利技术属性】
技术研发人员：寺本华奈江，绪方是嗣，关口勇地，三浦大典，
申请(专利权)人：株式会社岛津制作所，
类型：发明
国别省市：
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