【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术涉及构建微生物判别用的数据库的方法及装置。
技术介绍
1、在非专利文献1中，公开了2种在使用质量分析法的微生物的判别中能够采用的方法。
2、第1种方法是指纹法，将对未知的微生物测量出的质谱与对每个已知的微生物测量出的质谱的数据库进行比较，由此判别未知的微生物。但是，在该方法中，存在微生物的质谱的图案容易强烈地受到培养基条件及测量的再现法的影响等问题。
3、针对这样的指纹法的问题，作为第2种方法，着眼于基于使用了基因组数据库的生物信息学的方法。在该方法中，将对未知的微生物测量出的质谱与根据基因组数据库预测出的蛋白质的质荷比的数据库进行比较，由此判别未知的微生物。在该方法中，预测的质荷比不受培养基条件及测量的再现法的影响，因此能够解决上述的指纹法的问题。
4、现有技术文献
5、非专利文献
6、非专利文献1：田村广人等，“以核糖体蛋白质为生物标志物的利用maldi-tof ms的细菌识别-s10-利用germs法的细菌的迅速识别-”，岛津评论附印，第70卷，第3·4号，2013年
技术实现思路
1、专利技术要解决的技术问题
2、在该第2种方法中，对于预测出的质荷比的数据库的品质，期望进一步提高。例如考虑到基因组数据库中包含的品质较低的基因组数据有可能会影响到预测出的质荷比的数据库的品质。
3、本公开内容是为了解决上述技术问题而完成的，其目的在于，提高用于使用了质量分析法进行的微生物的判别的、以基
4、用于解决上述技术问题的方案
5、本公开内容的第1方面的构建微生物判别用的数据库的方法具备：从基因组数据库获取微生物的基因组数据的步骤；判定所获取的基因组数据是否满足基准的步骤；对被判定为满足基准的每个基因组数据，预测表达的蛋白质的步骤；以及构建包含基于预测出的蛋白质而预测的每个基因组数据的质荷比的列表的质荷比数据库的步骤。
6、本公开内容的第2方面的构建微生物判别用的数据库的装置使用从基因组数据库获取的微生物的基因组数据来构建微生物判别用的数据库。该装置具备处理器和存储部。处理器判定所获取的基因组数据是否满足基准。此外，处理器对被判定为满足基准的每个基因组数据，预测表达的蛋白质。此外，处理器构建包含基于预测出的蛋白质而预测的每个基因组数据的质荷比的列表的质荷比数据库。此外，处理器将质荷比数据库存储至存储部。
7、专利技术效果
8、根据本公开内容的构建微生物判别用的数据库的方法，能够仅基于基因组数据库上的满足基准的基因组数据来构建质荷比数据库。即，能够提高用于使用了质量分析法进行的微生物的判别的、以基因组数据库为基础构建的质荷比的数据库的品质。
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1.一种构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，具备：
2.如权利要求1所述的构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，所述判定是否满足基准的步骤包括基于基因数是否满足基准值来进行判定的步骤。
3.如权利要求1或2所述的构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，所述判定是否满足基准的步骤包括基于基因组的完整性来进行判定的步骤。
4.如权利要求1或2所述的构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，所述判定是否满足基准的步骤包括基于基因组的污染的比例来进行判定的步骤。
5.如权利要求1或2所述的构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，所述判定是否满足基准的步骤包括基于重叠群的数量来进行判定的步骤。
6.如权利要求1或2所述的构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，所述判定是否满足基准的步骤包括基于未确定的碱基的数量来进行判定的步骤。
7.如权利要求1所述的构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，所述构建质荷比数据库的步骤包括使预测出的蛋白质或质荷比链接与包含有预测出的蛋白质的组相关的信息的步
8.如权利要求7所述的构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，与所述组相关的信息包含蛋白质的名称、蛋白质的功能及家族中的至少1项。
9.如权利要求7或8所述的构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，所述构建质荷比数据库的步骤还包括基于与所述组相关的信息构建特定质荷比数据库的步骤，所述特定质荷比数据库包含仅具有被预测为包含在特定的所述组中的质荷比的特定质荷比列表。
10.如权利要求7或8所述的构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，基于以下条件中的至少1个条件来选择所述组：表达量为规定的阈值以上这样的条件、具有对生命维持而言必不可缺的功能这样的条件、氨基酸序列的相似度为规定的阈值以上的微生物以规定的比例以上存在这样的条件、为碱性蛋白质这样的条件、在通过MALDI-MS测量进行测量时能够以±14Da以内的误差范围分析质荷比这样的条件、蛋白质的质量包含于4～30kDa这样的条件、组中包含的蛋白质的种类为规定的数量以上这样的条件，
11.如权利要求7或8所述的构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，所述组包含核糖体蛋白质、侣伴蛋白、DNA结合蛋白中的至少1种。
12.如权利要求1或2所述的构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，所述构建质荷比数据库的步骤包括构建包含预测出的全部质荷比的全体质荷比数据库的步骤。
13.如权利要求7或8所述的构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，所述构建质荷比数据库的步骤还包括构建包含预测出的全部质荷比的全体质荷比数据库的步骤。
14.如权利要求1或2所述的构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，还具备从包含与微生物的分类相关的分类数据的数据库中获取分类数据的步骤，
15.如权利要求1或2所述的构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，所述预测的步骤包括：
16.如权利要求1或2所述的构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，包括：
17.一种构建微生物判别用的数据库的装置，是使用从基因组数据库获取的微生物的基因组数据来构建微生物判别用的数据库的装置，其特征在于，具备处理器和存储部，
...【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，具备：
2.如权利要求1所述的构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，所述判定是否满足基准的步骤包括基于基因数是否满足基准值来进行判定的步骤。
3.如权利要求1或2所述的构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，所述判定是否满足基准的步骤包括基于基因组的完整性来进行判定的步骤。
4.如权利要求1或2所述的构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，所述判定是否满足基准的步骤包括基于基因组的污染的比例来进行判定的步骤。
5.如权利要求1或2所述的构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，所述判定是否满足基准的步骤包括基于重叠群的数量来进行判定的步骤。
6.如权利要求1或2所述的构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，所述判定是否满足基准的步骤包括基于未确定的碱基的数量来进行判定的步骤。
7.如权利要求1所述的构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，所述构建质荷比数据库的步骤包括使预测出的蛋白质或质荷比链接与包含有预测出的蛋白质的组相关的信息的步骤。
8.如权利要求7所述的构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，与所述组相关的信息包含蛋白质的名称、蛋白质的功能及家族中的至少1项。
9.如权利要求7或8所述的构建微生物判别用的数据库的方法，其特征在于，所述构建质荷比数据库的步骤还包括基于与所述组相关的信息构建特定质荷比数据库的步骤，所述特定质荷比数据库包含仅具有被预测为包含在特定的所述组中的质荷比的特定质荷比列表。
10.如权利要求7或8所述的构建微...
【专利技术属性】
技术研发人员：寺本华奈江，绪方是嗣，关口勇地，三浦大典，
申请(专利权)人：株式会社岛津制作所，
类型：发明
国别省市：
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