一种分子动力学模拟方法技术

本发明专利技术提供一种分子动力学模拟方法，涉及药物设计、材料科学、生物信息学技术领域。该分子动力学模拟方法，包括自适应偏置势，在模拟过程中，沿着集体变量的自由能景观动态添加高斯势函数，以填平能量障碍；集体变量选择，精心选择能够描述系统关键特征的集体变量，以指导系统的采样过程；多步行者策略，并行运行多个模拟轨迹，并将它们的贡献汇总到一个总的偏置势中，提高采样效率；温和元动力学，引入衰减因子控制偏置势的增长，避免系统被推向不感兴趣的区域。Meta Dynamics可以模拟共价抑制剂与靶标蛋白之间的相互作用，帮助识别和预测可能的共价结合位点。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及药物设计、材料科学、生物信息学，具体为一种分子动力学模拟方法。

技术介绍

1、meta dynamics技术在分子动力学模拟领域是一种先进的增强采样方法。它通过引入一个随时间变化的偏置势来加速系统的采样过程，帮助研究那些在传统模拟中难以观察到的稀有事件或慢过程。meta dynamics的核心思想是沿着某个或某些特定的自由度(集体变量)自适应地构建一个偏置势，这个偏置势可以加速系统在这些自由度上的采样，帮助系统跨越能量障碍，从而探索更广泛的构型空间。

2、meta dynamics技术由al essandro laio和m iche l e parr i ne l l o在2002年提出，它已经成为分子动力学模拟中的一个重要工具。它通过在集体变量空间中自适应构造的与历史相关的偏置势来加速采样，从而对原始算法进行了显著的改进。metadynamics的高效、灵活和准确等优点使其在多个科学领域发现了许多成功的应用。

3、meta dynamics技术有几个变体，包括多步行者元动力学(mu lt i p l e wa lke本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种分子动力学模拟方法，其特征在于：包括：

2.根据权利要求1所述的一种分子动力学模拟方法，其特征在于：所述自适应偏置势包括以下步骤：

3.根据权利要求1所述的一种分子动力学模拟方法，其特征在于：所述集体变量选择包括以下步骤：

4.根据权利要求1所述的一种分子动力学模拟方法，其特征在于：所述多步行者策略包括以下步骤：

5.根据权利要求1所述的一种分子动力学模拟方法，其特征在于：所述温和元动力学包括以下步骤：

【技术特征摘要】

1.一种分子动力学模拟方法，其特征在于：包括：

2.根据权利要求1所述的一种分子动力学模拟方法，其特征在于：所述自适应偏置势包括以下步骤：

3.根据权利要求1所述的一种分子动力学模拟方法，其特征在于：所述集体...

【专利技术属性】
技术研发人员：王腾杨，刘天悦，杨凌智，江民川，邝泰维，黄圣杰，李梓昕，袁茗，
申请(专利权)人：暨南大学，
类型：发明
国别省市：