【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及生物，具体是指基于低深度测序数据挖掘群体线粒体dna变异的方法。
技术介绍
1、线粒体基因组作为真核细胞基因组的重要组成部分，其dna具有高突变率，遵循母系遗传规律，不发生同源重组等遗传特点，因此线粒体dna被认为适用于群体遗传学研究。
2、伴随基因分型技术的发展，基因组测序技术及dna芯片技术被逐渐应用于遗传学研究中，dna芯片只能检测所设定位点的多态信息，而大群体的高深度基因组测序成本高昂难以实施，因此，以较低深度进行基因组测序并对获取的短序列数据进行处理获得基因组变异信息成为大群体规模基因分型的可选方法。
3、目前在遗传学研究中已产生大量的低深度全基因组测序数据，但还未有方法指明如何从中准确挖掘线粒体基因组遗传信息。本专利技术提供基于低深度全基因组重测序数据进行线粒体基因组变异检测的方法，使用的测序数据深度更低，降低单个样本获取线粒体基因组信息的成本，大幅度提高大群体线粒体基因组学研究的可能性。
技术实现思路
1、本专利技术的目的是提供基于低深度...
【技术保护点】
1.基于低深度测序数据挖掘群体线粒体DNA变异的方法，其特征在于，主要包括以下步骤：
2.根据权利要求1所述的基于低深度测序数据挖掘群体线粒体DNA变异的方法，其特征在于，得到clean reads包括：
3.根据权利要求1所述的基于低深度测序数据挖掘群体线粒体DNA变异的方法，其特征在于，将clean reads比对到全基因组参考序列上包括：
4.根据权利要求1所述的基于低深度测序数据挖掘群体线粒体DNA变异的方法，其特征在于，从比对到全基因组序列中提取线粒体基因组短序列包括：
5.根据权利要求1所述的基于低深度测序数...
【技术特征摘要】
1.基于低深度测序数据挖掘群体线粒体dna变异的方法，其特征在于，主要包括以下步骤：
2.根据权利要求1所述的基于低深度测序数据挖掘群体线粒体dna变异的方法，其特征在于，得到clean reads包括：
3.根据权利要求1所述的基于低深度测序数据挖掘群体线粒体dna变异的方法，其特征在于，将clean reads比对到全基因组参考序列上包括：
4.根据权利要求1所述的基于低深度测序数据挖掘群体线粒体dna变异的方法，其特征在于，从比...
【专利技术属性】
技术研发人员：王丹，宁超，段崇伟，张勤，唐辉，樊新忠，
申请(专利权)人：山东农业大学，
类型：发明
国别省市：
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