人参皂苷合成下游途径转录调控机制的预测方法和系统技术方案

人参皂苷合成下游途径转录调控机制的预测方法和系统，属于植物调控机制技术领域，解决非模式生物人参的合成下游途径转录调控机制预测无法有效实现问题。本发明专利技术的方法包括：通过人工智能领域BERT模型进行迁移学习，例如采用大量植物如拟南芥、水稻等模式植物基因表达数据进行预训练（pre‑train），以获取植物基因的表达模式，再采用人参的基因表达数据对预训练模型进行微调（finetune），以获取药用植物的基因表达专用模式，既考虑了大规模植物的一般性，又关注药用植物的特殊性，提高了网络可信度和可靠性。本发明专利技术适用于人参调控网络注释方式。

【技术实现步骤摘要】

本申请涉及植物调控机制，尤其涉及人参皂苷合成下游途径转录调控机制的预测。

技术介绍

1、人参皂苷的生物合成可分为上下游两个组成部分，见图1。上游合成部分主要通过甲羟戊酸通路 （mva pathway） 进行，且该通路中涉及的关键酶已被成功鉴定。下游过程涉及的确切步骤仍有待确定，比如说，人参皂苷合成后修饰阶段关键酶（osc，cyp450 和 ugt）在植物体内的功能仍未知，关键酶的具体催化过程、结构修饰和转录调控机制（转录因子、mirna 等）方面研究较少，所以人们对人参皂苷生物合成途径的认识仍不够系统和全面。

2、目前研究发现人参皂苷下游生物合成中有几个步骤需要进一步阐明，例如人参皂苷骨架的形成、糖供体的合成和骨架修饰，udp糖基转移酶和cyp450基因的鉴定，通过cyp450酶催化的多次氧化反应和ugts催化的糖基化反应如何产生多种人参皂苷。某些ugt和cyp450基因已被鉴定为参与西洋参下游人参皂苷生物合成的候选基因，如ugt917、ugt913、ugt716和ugt711，与西洋参中的假人参皂苷f11、三角皂苷r1、三黄皂苷r2和西洋参中本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种人参皂苷合成下游途径转录调控机制的预测方法，其特征在于，所述方法包括：

2.根据权利要求1所述的一种人参皂苷合成下游途径转录调控机制的预测方法，其特征在于，步骤1包括：

3.根据权利要求2所述的一种人参皂苷合成下游途径转录调控机制的预测方法，其特征在于，所述使用hisat2软件比对参考基因组，包括：

4.根据权利要求1所述的一种人参皂苷合成下游途径转录调控机制的预测方法，其特征在于，步骤2中，所述模式植物包括但不限于水稻和拟南芥。

5.根据权利要求1所述的一种人参皂苷合成下游途径转录调控机制的预测方法，其特征在于，步骤2包括：...

【技术特征摘要】

1.一种人参皂苷合成下游途径转录调控机制的预测方法，其特征在于，所述方法包括：

2.根据权利要求1所述的一种人参皂苷合成下游途径转录调控机制的预测方法，其特征在于，步骤1包括：

3.根据权利要求2所述的一种人参皂苷合成下游途径转录调控机制的预测方法，其特征在于，所述使用hisat2软件比对参考基因组，包括：

4.根据权利要求1所述的一种人参皂苷合成下游途径转录调控机制的预测方法，其特征在于，步骤2中，所述模式植物包括但不限于水稻和拟南芥。

5.根据权利要求1所述的一种人参皂苷合成下游途径转录调控机制的预测方法，其特征在于，步骤2包括：

6.根据权利要求1所述的一种人参皂苷合成下游途径转录调控机制的预测方法，其特征在于，步骤4包括：使用步骤3中获得的人参的基...

【专利技术属性】
技术研发人员：任艳姣，杨倩倩，李高阳，曹丽英，高春雷，梁雪梅，李维，杨明来，李国峰，徐兴梅，郭宏亮，
申请(专利权)人：吉林农业大学，
类型：发明
国别省市：