【技术实现步骤摘要】
本文提供了筛查子宫内膜癌(ec)的技术，并且特别但不仅仅是检测子宫内膜癌和各种子宫内膜癌亚型的存在的方法、组合物和相关用途。
技术介绍
1、尽管子宫内膜癌(ec)是美国和许多其它发达国家最常见的妇科恶性肿瘤，但缺乏早期检测ec的方法(参见siegel,r.l.等人,cancer statistics,2016.ca cancer j clin,2016.66(1):第7-30页；parkin,d.等人,global cancer statistics,2002.ca cancer jclin.,2005.55(2):第74-108页)。虽然低风险的早期ec预后良好，5年总生存率(os)>95％，但被诊断为iii期或iv期时的5年os分别变为68％和17％(参见fridley,b.l.等人,plosone,2010.5(9):第e12693页)。大多数ec都是低级别子宫内膜样组织学，并且之前都有增生前体；然而，更具侵袭性的3级子宫内膜样、浆液性、透明细胞和癌肉瘤组织学占新诊断的ec的10-15％，并且可能是高度致命的(参见felix,a.s.等人,cancer causes control,2010.21(11):第1851-6页；moore,k.n.和a.n.fader,clin obstet gynecol,2011.54(2):第278-91页；cancer genome atlas research,n.等人,nature,2013.497(7447):第67-73页；hussein,y.r.等人,int j gyn
2、需要改进检测ec和各种ec亚型的方法。
3、本专利技术满足了这些需要。
技术实现思路
1、已经将甲基化dna作为大多数肿瘤类型组织中潜在的一类生物标志物进行研究。在许多情况下，dna甲基转移酶在胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤(cpg)岛位点处添加甲基至dna，作为基因表达的表观遗传控制。在生物学上有吸引力的机制中，认为肿瘤抑制基因启动子区域中的获得性甲基化事件会使表达沉默，从而促进肿瘤发生。dna甲基化可能是比rna或蛋白质表达更具有化学和生物学稳定性的诊断工具(laird(2010)nat rev genet 11:191-203)。此外，在如散发性结肠癌等其它癌症中，甲基化标志物提供了极好的特异性，并且比单独dna突变具有更广泛的信息和更灵敏(zou等人(2007)cancer epidemiol biomarkersprev 16:2686-96)。
2、当应用于动物模型和人类细胞系时，对cpg岛的分析产生了重要的发现。例如，zhang和同事发现来自同一cpg岛的不同部分的扩增子可能具有不同的甲基化水平(zhang等人(2009)plos genet 5:e1000438)。此外，甲基化水平在高度甲基化与未甲基化序列之间呈双峰分布，这进一步证明了dna甲基转移酶活性的二元开关样模式(zhang等人(2009)plos genet 5:e1000438)。对鼠体内组织和体外细胞系的分析表明，只有约0.3％的高cpg密度启动子(hcp，定义为在300个碱基对区域内具有>7％ cpg序列)被甲基化，而低cpg密度区域(lcp，定义为在300个碱基对区域内具有<5％ cpg序列)往往以动态组织特异性模式频繁甲基化(meissner等人(2008)nature 454:766-70)。hcp包括普遍存在的看家基因和高度调控的发育基因的启动子。在>50％甲基化的hcp位点中，有几个已建立的标志物，例如wnt2、ndrg2、sfrp2和bmp3(meissner等人(2008)nature 454:766-70)。
3、已经将dna甲基转移酶在胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤(cpg)岛位点处对dna的表观遗传甲基化作为大多数肿瘤类型组织中潜在的一类生物标志物进行研究。在生物学上有吸引力的机制中，认为肿瘤抑制基因启动子区域中的获得性甲基化事件会使表达沉默，从而促进肿瘤发生。dna甲基化可能是比rna或蛋白质表达更具有化学和生物学稳定性的诊断工具。此外，在如散发性结肠癌等其它癌症中，异常的甲基化标志物比单独dna突变具有更广泛的信息和更灵敏，并且提供了极好的特异性。
4、有几种方法可用于搜索新的甲基化标志物。虽然基于微阵列的cpg甲基化询问是一种合理的高通量方法，但这种策略偏向于已知的感兴趣区域，主要是已确立的肿瘤抑制启动子。在过去十年中，已经开发了用于全基因组dna甲基化分析的替代方法。有三种基本方法。第一种采用通过识别特定甲基化位点的限制酶消化dna，然后是几种可能的分析技术，这些技术提供的甲基化数据仅限于酶识别位点或用于在定量步骤中扩增dna的引物(例如甲基化特异性pcr；msp)。第二种方法使用针对甲基胞嘧啶或其它甲基化特异性结合结构域的抗体富集基因组dna的甲基化部分，然后进行微阵列分析或测序以将片段映射至参考基因组。这种方法不提供片段内所有甲基化位点的单核苷酸分辨率。第三种方法首先是对dna进行亚硫酸氢盐处理，将所有未甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶，然后是限制酶消化，并在与接头配体偶联后对所有片段进行完整测序。限制酶的选择可以富集cpg密集区域的片段，减少在分析过程中可能映射至多个基因位置的冗余序列的数目。
5、在中高读取覆盖率下rrbs在单核苷酸分辨率下产生所有cpg岛的80-90％和大多数肿瘤抑制启动子的cpg甲基化状态数据。在癌症病例对照研究中，对这些读数的分析可鉴定差异甲基化区域(dmr)。在之前对胰腺癌样本的rrbs分析中，发现了数百个dmr，其中许多从未与致癌作用相关联，并且许多未注释。对独立组织样品集的进一步验证研究证实了在性能方面具有100％灵敏度和特异性的标志物cpg。
6、ec自发脱落肿瘤细胞(参见chin,a.b.等人,american journal of obstetricsand gynecology,2000.182(6):第1278-1282页)并且通过微创方法检测ec生物标志物是一种很有前景的方法(参见kinde,i.等人,science translational medicine,2013.5(167):第167ra4页；bakkum-gamez,j.n.等人,gynecologic oncology,2015.137(1):第14-22页；wentzensen,n.等人,international journal of cancer,2014.135(8):第1860-1868页；fiegl h,g.c.等人,cancer epidemiol biomarkers prev,2004.13(5):第882-8页)；然而，需要优化标志物、标准化收集方法和提高特异性。dn本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种方法，所述方法包括：
2.一种表征样品的方法，所述方法包括：
3.一种方法，所述方法包括：
4.一种用于表征从人类受试者获得的样品的系统，所述系统包括：分析组件，所述分析组件被配置用于确定样品的甲基化状态；软件组件，所述软件组件被配置用于将所述样品的所述甲基化状态与数据库中记录的对照样品或参考样品甲基化状态进行比较；以及警报组件，所述警报组件被配置用于基于甲基化状态的组合确定单个值并向用户发出关于子宫内膜癌相关的甲基化状态的警报。
5.一种试剂盒，所述试剂盒包括：
6.一种试剂盒，所述试剂盒包括亚硫酸氢盐试剂和根据SEQ ID NO 1-288的寡核苷酸。
7.一种组合物，所述组合物包含含有DMR的核酸和亚硫酸氢盐试剂。
8.一种组合物，所述组合物包含含有DMR的核酸和根据SEQ ID NO 1-288的寡核苷酸。
9.一种用于筛查从受试者获得的样品中的子宫内膜癌的方法，所述方法包括使包含DMR的核酸与亚硫酸氢盐试剂反应以产生与亚硫酸氢盐反应过的核酸；对所述与亚硫酸氢盐反应过的
10.一种用于筛查从受试者获得的样品中的子宫内膜癌的系统，所述系统包括：分析组件，所述分析组件被配置用于确定样品的甲基化状态；软件组件，所述软件组件被配置用于将所述样品的所述甲基化状态与数据库中记录的对照样品或参考样品甲基化状态进行比较；
...【技术特征摘要】
1.一种方法，所述方法包括：
2.一种表征样品的方法，所述方法包括：
3.一种方法，所述方法包括：
4.一种用于表征从人类受试者获得的样品的系统，所述系统包括：分析组件，所述分析组件被配置用于确定样品的甲基化状态；软件组件，所述软件组件被配置用于将所述样品的所述甲基化状态与数据库中记录的对照样品或参考样品甲基化状态进行比较；以及警报组件，所述警报组件被配置用于基于甲基化状态的组合确定单个值并向用户发出关于子宫内膜癌相关的甲基化状态的警报。
5.一种试剂盒，所述试剂盒包括：
6.一种试剂盒，所述试剂盒包括亚硫酸氢盐试剂和根据seq id no 1-288的寡核苷酸。
7.一种组合物，所述组合物包含含有dmr的核酸和亚硫酸氢盐试剂。
8.一种组合物，所述组合物...
【专利技术属性】
技术研发人员：威廉·R·泰勒，约翰·B·基谢尔，道格拉斯·W·马奥尼，大卫·A·阿尔奎斯特，哈特姆·T·阿拉维，玛丽亚·贾库莫普洛斯，
申请(专利权)人：梅约医学教育与研究基金会，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。