【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术涉及用于样品中核苷酸的高度多重快速检测的方法，以及用于所述方法中的构建体。
技术介绍
1、微生物群通常与彼此及其环境形成复杂的群落，其可以包括真核细胞。这些微生物的空间定位可以对生态系统产生影响，尽管描述每种细菌的功能是一个挑战。
技术实现思路
0、专利技术概述
1、空间转录组学是在其天然生物学背景下鉴定细胞中特定mrna分子的方法，可以是强大的工具，但迄今为止主要是为真核系统开发的，没有触及分析微生物群落的空间特性的方法。为了准确和全面地分析微生物组转录组，可能需要具有高靶标多重性，能够潜在地标记数百万个基因靶标的方法。这种方法的开发可能会彻底改变我们对微生物群落组装的理解，并导致新的诊断和治疗应用。
2、在一个方面，提供了用于分析样品的方法，该方法可以包括使至少一个编码探针与样品接触以产生第一复合物，向第一复合物添加至少两个不同的dna扩增子以产生第二复合物，以及向第二复合物添加发射读出探针。每个编码探针可以包括靶向序列和起始子序列。每个dna扩增子可...
【技术保护点】
1.用于分析样品的方法，所述方法包括：
2.用于分析样品的方法，所述方法包括：
3.权利要求1或2所述的方法，其中所述样品是以下至少一种：细胞、细胞悬浮液、组织活检、组织标本、尿液、粪便、血液、血清、血浆、骨活检、骨髓、呼吸道标本、痰、诱导痰、气管抽吸物、支气管肺泡灌洗液、汗液、唾液、眼泪、眼液、脑脊液、心包液、胸膜液、腹膜液、胎盘、羊膜、脓、鼻拭子、鼻咽拭子、口咽拭子、眼拭子、皮肤拭子、伤口拭子、粘膜拭子、颊拭子、阴道拭子、外阴拭子、指甲、指甲刮片、毛囊、角膜刮片、灌胃液、漱口液、脓肿液、废水或植物活检。
4.权利要求3所述的方法...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.用于分析样品的方法，所述方法包括：
2.用于分析样品的方法，所述方法包括：
3.权利要求1或2所述的方法，其中所述样品是以下至少一种：细胞、细胞悬浮液、组织活检、组织标本、尿液、粪便、血液、血清、血浆、骨活检、骨髓、呼吸道标本、痰、诱导痰、气管抽吸物、支气管肺泡灌洗液、汗液、唾液、眼泪、眼液、脑脊液、心包液、胸膜液、腹膜液、胎盘、羊膜、脓、鼻拭子、鼻咽拭子、口咽拭子、眼拭子、皮肤拭子、伤口拭子、粘膜拭子、颊拭子、阴道拭子、外阴拭子、指甲、指甲刮片、毛囊、角膜刮片、灌胃液、漱口液、脓肿液、废水或植物活检。
4.权利要求3所述的方法，其中所述样品是细胞。
5.权利要求4所述的方法，其中所述细胞是细菌或真核细胞。
6.权利要求3所述的方法，其中所述样品包含多个细胞。
7.权利要求4所述的方法，其中每个细胞包含特异性靶向序列。
8.权利要求1或2所述的方法，其中所述靶向序列靶向以下至少一种：信使rna(mrna)、微小rna(mirna)、长非编码rna(lncrna)、核糖体rna(rrna)、小干扰rna(sirna)、转运rna(trna)、crispr rna(crrna)、反式激活crispr rna(tracrrna)、线粒体rna、内含子rna、病毒mrna、病毒基因组rna、环境rna、双链rna(dsrna)、小核rna(snrna)、小核仁rna(snorna)、piwi相互作用rna(pirna)、基因组dna、合成dna、dna、质粒dna、质粒、病毒dna、逆转录病毒dna、环境dna、细胞外dna、蛋白质、小分子或抗原性靶标。
9.权利要求8所述的方法，其中所述靶标是mrna。
10.权利要求8所述的方法，其中所述靶标是rrna。
11.权利要求8所述的方法，其中所述靶标是mrna和rrna。
12.权利要求1或2所述的方法，其中所述编码探针在5’末端和/或3’末端包含所述起始子序列。
13.权利要求12所述的方法，其中所述编码探针在5’末端包含起始子序列，并且在3’末端包含起始子序列。
14.权利要求13所述的方法，其中所述两个起始子序列具有不同的序列。
15.权利要求13所述的方法，其中所述两个起始子序列具有相同的序列。
16.权利要求1或2所述的方法，其中所述编码探针包含两个部分起始子序列。
17.权利要求1或2所述的方法，其中所述两个dna扩增子之一从5’至3’包含读出序列(r.1)、立足点序列(t.1)、茎序列(s.1)、环序列(l.1)和互补茎序列(cs.1)。
18.权利要求1或2所述的方法，其中所述两个dna扩增子之一从5’至3’包含茎序列(s.2)、环序列(l.2)、互补茎序列(cs.2)、立足点序列(t.2)和读出序列(r.2)。
19.权利要求17或18所述的方法，其中所述两个dna扩增子进一步包含间隔区序列，其中所述间隔区序列为约1至3个核苷酸长。
20.权利要求17至19中任一项所述的方法，其中所述立足点序列(t.1)是与另一dna扩增子的所述环序列(l.2)互补的序列。
21.权利要求17至20中任一项所述的方法，其中所述环序列(l.1)是与另一dna扩增子的所述立足点序列(t.2)互补的序列。
22.权利要求17至21中任一项所述的方法，其中每个dna扩增子的所述读出序列是相同的序列。
23.权利要求17-21中任一项所述的方法，其中每个dna扩增子的所述读出序列是不同的。
24.权利要求1或2所述的方法，其中所述方法包括添加四个dna扩增子。
25.权利要求24所述的方法，其中所述四个dna扩增子之一从5’至3’包含扩增子起始子序列(hi.1)、立足点序列(t.1)、茎序列(s.1)、环序列(l.1)和互补茎序列(cs.1)。
26.权利要求24所述的方法，其中所述四个dna扩增子之一从5’至3’包含茎序列(s.2)、环序列(l.2)、互补茎序列(cs.2)、立足点序列(t.2)和扩增子起始子序列(hi.2)。
27.权利要求24所述的方法，其中所述四个dna扩增子之一从5’至3’包含读出序列(r.1-2)、立足点序列(t.1-2)、茎序列(s.1-2)、环序列(l.1-2)和互补茎序列(cs.1-2)。
28.权利要求24所述的方法，其中所述四个dna扩增子之一从5’至3’包含茎序列(s.2-1)、环序列(l.2-1)、互补茎序列(cs.2-1)、立足点序列(t.2-1)和读出序列(r.2-1)。
29.权利要求24-28中任一项所述的方法，其中所述四个dna扩增子进一步包含间隔区序列，其中所述间隔区序列为约1至3个核苷酸长。
30.权利要求25-29中任一项所述的方法，其中所述扩增子起始子序列(hi.1)是与包含所述读出序列的另一dna扩增子之一的所述环序列(l.1-2或l.2-1)互补的序列。
31.权利要求25-30中任一项所述的方法，其中所述立足点序列(t.1)是与包含所述扩增子起始子序列的另一dna扩增子的所述环序列(l.2)互补的序列。
32.权利要求25-31中任一项所述的方法，其中所述环序列(l.1)是与包含所述扩增子起始子序列的另一dna扩增子的所述立足点序列(t.2)互补的序列。
33.权利要求1或2所述的方法，其中所述发射读出探针在5’末端或3’末端包含标记。
34.权利要求1或2所述的方法，其中所述发射读出探针在5’末端包含标记，并且在3’末端包含标记。
35.权利要求34所述的方法，其中所述标记是相同的。
36.权利要求34所述的方法，其中所述标记是不同的。
37.权利要求33-36中任一项所述的方法，其中所述标记是：alexa fluor350、alexafluor 405、alexa fluor 430、alexa fluor 488、alexa fluor 514、alexa fluor 532、alexa fluor 546、alexa fluor 555、alexa fluor 561、alexa fluor 568、alexa fluor594、alexa fluor 610、alexa fluor 633、alexa fluor635、alexa fluor 647、alexafluor 647-r-藻红蛋白、alexa fluor 660、alexa fluor 680、alexa fluor 680-别藻蓝蛋白、alexa fluor 700、alexa fluor 750、alexa fluor 790、alexa fluor plus 405、alexafluor plus 488、alexa fluor plus555、alexa fluor plus 594、alexa fluor plus 647、alexa fluor plus 680、alexa fluor plus 750、alexa fluor plus 800、太平洋蓝、太平洋绿、罗丹明红x、dylight 485-ls、dylight-510-ls、dylight 515-ls、dylight 521-ls、羟基香豆素、甲氧基香豆素、cy2、fam、荧光素fitc、r-藻红蛋白(pe)、tamara、cy3.5 581、rox、红613、德克萨斯红、cy5、cy5.5、cy...
【专利技术属性】
技术研发人员：P·S·伯恩汉姆，G·T·布瑟，H·布罗森，M·P·程，I·德弗拉敏克，H·石，P·塞加尔，
申请(专利权)人：坎瓦斯生物科学股份有限公司，
类型：发明
国别省市：
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