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一种面向分子三维网格模型的相互作用体积计算方法技术

技术编号:42923600 阅读:17 留言:0更新日期:2024-10-11 15:49
本申请提供了一种面向分子三维网格模型的相互作用体积计算方法,涉及三维网格模型技术领域,对两个分子三维网格模型进行预匹配切割,获取切割点;确定两个分子三维网格模型同时存在切割点的公共层;在每个公共层内,对两个分子三维网格模型分别形成的多轮廓组,判断每个子轮廓在所属多轮廓组内被包含的次数;以及对属于不同分子三维网格模型的多轮廓组中的子轮廓,计算任意两个子轮廓之间的相交轮廓;基于每两个子轮廓被包含的次数和相交轮廓,计算并得到带正符号或者负符号的相交轮廓面积,且基于相交轮廓面积计算并得到两个分子三维网格模型的相互作用体积,从而达到提高计算分子三维网格模型的相互作用体积的精度。

【技术实现步骤摘要】

本申请涉及三维网格模型,具体而言,涉及一种面向分子三维网格模型的相互作用体积计算方法


技术介绍

1、不对称催化是合成手性化合物的重要途径之一,高效手性催化剂的设计和合成一直是不对称催化领域的核心问题,其中,催化口袋作为催化剂的反应中心,是催化剂和底物的结合位点,决定了催化效果。为了找到一个合理的位置安排催化袋,研究人员往往需要先依靠自己的经验,然后进行大量的实验验证,这不仅耗时且昂贵。理论上,可以通过计算机辅助计算的方法,在三维空间上构建催化剂分子和底物分子静电势的三维等值面模型,并计算它们之间的相互作用体积,以此来预测催化口袋的合理位置。这相较于传统的试错方法,能够明显提高催化口袋设计的效率。

2、现有的计算分子相互作用体积方法主要面向对象是分子的三维点云模型,但这会受到两分子之间点云密度差异的影响,进而会降低相互作用体积的计算精度。


技术实现思路

1、有鉴于此,本申请的目的在于提供一种面向分子三维网格模型的相互作用体积计算方法,能够提高计算相互作用体积的准确性和稳定性。</p>

2、第一本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种面向分子三维网格模型的相互作用体积计算方法,其特征在于,所述方法包括以下步骤:

2.根据权利要求1所述一种面向分子三维网格模型的相互作用体积计算方法,其特征在于,所述对两个分子三维网格模型进行预匹配切割,获取两个所述分子三维网格模型被切割形成的切割点,包括以下步骤:

3.根据权利要求2所述一种面向分子三维网格模型的相互作用体积计算方法,其特征在于,其中,对两个分子三维网格模型中所有的边沿三维坐标系中的z轴进行预匹配切割,得到可能切割边的切片平面表示如下:

4.根据权利要求3所述一种面向分子三维网格模型的相互作用体积计算方法,其特征在于,所述切片...

【技术特征摘要】

1.一种面向分子三维网格模型的相互作用体积计算方法,其特征在于,所述方法包括以下步骤:

2.根据权利要求1所述一种面向分子三维网格模型的相互作用体积计算方法,其特征在于,所述对两个分子三维网格模型进行预匹配切割,获取两个所述分子三维网格模型被切割形成的切割点,包括以下步骤:

3.根据权利要求2所述一种面向分子三维网格模型的相互作用体积计算方法,其特征在于,其中,对两个分子三维网格模型中所有的边沿三维坐标系中的z轴进行预匹配切割,得到可能切割边的切片平面表示如下:

4.根据权利要求3所述一种面向分子三维网格模型的相互作用体积计算方法,其特征在于,所述切片平面与边的端点坐标值满足的真实切割关系如下:

5.根据权利要求4所述一种面向分子三维网格模型的相互作用体积计算方法,其特征在于,其中,基于经典多边形布尔运算算法计算任意两个子轮廓之间的相交轮廓。

6.根据权利要求5所述一种面向分子三维网格模型的相互作用体积计算方法,其...

【专利技术属性】
技术研发人员:刘凯刘小华李芳婷周宇乔
申请(专利权)人:四川大学
类型:发明
国别省市:

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