【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于液相芯片，涉及家蚕全基因组snp液相芯片及其构建方法和应用。
技术介绍
1、养蚕业多元化发展需要多元品种作为支撑，这要求育种家能高效培育满足不同应用需求的家蚕新品种。分子育种因可以直接作用于性状相关位点和基因而具有较高效率，应用分子育种培育家蚕新品种对推动传统养蚕业转型升级有重要意义。
2、现阶段，常用的分子育种技术有转基因、基因编辑、标记辅助和基因组选择等。家蚕育种性状中，有许多是属于由多基因控制的复杂数量性状，包括茧丝产量和品质性状等。仅对少数基因进行操作对此类性状改良的作用有限。在现有分子育种技术中，基因组选择尤其适合此类复杂性状的改良。完整的基因组选择育种过程包括依托于训练群体基因型及表型数据的预测模型训练和基于育种群体基因型数据的择优传代，而对这两个过程来说，高密度分子标记及其高通量分析技术是其关键基础。且由于基因组选择涉及多代持续的基因分型，降低高通量基因分型的成本也是必须要考虑的因素。此外，研究还发现以育种性状遗传解析为基础，将性状相关位点开发成前景标记能显著提高基因组预测准确性，进而提升基因组选...
【技术保护点】
1.家蚕全基因组SNP液相芯片，其特征在于，该液相芯片包括家蚕40K SNP位点探针，所述家蚕40K SNP位点探针包括家蚕SNP背景位点探针和家蚕SNP前景位点探针，家蚕核心SNP背景位点如表1所示，家蚕SNP前景位点如表2所示：
2.权利要求1所述的家蚕全基因组SNP液相芯片的构建方法，其特征在于包括：
3.根据权利要求2所述的构建方法，其特征在于，步骤(一)中，所述背景标记的筛选为：
4.根据权利要求2所述的构建方法，其特征在于，步骤(二)中，所述前景标记首先按照MAF≥0.01、缺失率≤0.5进行过滤；然后根据SNP位置，依...
【技术特征摘要】
1.家蚕全基因组snp液相芯片，其特征在于，该液相芯片包括家蚕40k snp位点探针，所述家蚕40k snp位点探针包括家蚕snp背景位点探针和家蚕snp前景位点探针，家蚕核心snp背景位点如表1所示，家蚕snp前景位点如表2所示：
2.权利要求1所述的家蚕全基因组snp液相芯片的构建方法，其特征在于包括：
3.根据权利要求2所述的构建方法，其特征在于，步骤(一)中，所述背景标记的筛选为：
4.根据权利要求2所述的构建方法，其特征在于，步骤(二)中，所述前景标记首先按照maf≥0.01、缺失率≤0.5进行过滤；然后根据snp位置，依据exon>utr>upstream>intronvariant>downstream>intergenic regio...
【专利技术属性】
技术研发人员：代方银，李春林，童晓玲，周昂，胡海，高瑞，唐玉霞，韩民锦，陆昆鹏，
申请(专利权)人：西南大学，
类型：发明
国别省市：
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