一种直接从环境宏基因组克隆新功能基因的方法技术

本发明专利技术涉及分子生物学领域，具体地，本发明专利技术涉及一种直接从环境宏基因组克隆新功能基因的方法。本发明专利技术提供的方法主要包括两部分：第一部分，通过设计有效的简并引物直接通过降落ＰＣＲ的方法从环境宏基因组中扩增大量的目标片段序列；第二部分，以第一部分中获得的目标片段为基础，进一步通过改进的ＴＡＩＬ－ＰＣＲ获得完整的目标功能基因。该方法有效，经济，简单，可以特异性的从环境宏基因组文库中，直接克隆目标序列。并且该方法不需要分离培养微生物，也不需要构建宏基因组文库，因此该方法在从特殊环境中直接克隆具有特点的基因方面具有很好的应用前景。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及分子生物学领域，具体地，本专利技术涉及。
技术介绍
Metage謹e是由Handelsman et al. (1998)提出的新名词，其定义为the ge謹esof the total microbiota found in nature,艮卩生态环境中全部微小生物遗传物 质的总和，国内学者将其翻译为宏基因组，也有人翻译为元基因组，主要指环境样品中 微生物的基因组总和。宏基因组DNA既包含了可培养的又包含了不可培养的微生物基因 组，避开了微生物分离培养的问题，极大地扩展了微生物资源的利用空间。 宏基因组DNA的获得是直接提取环境中所有微生物的总DNA，因此环境宏基因组 具有一些普遍的特点(l)宏基因组DNA的提取效果与其所处的环境相关，不同的环境组成 成分不一样，对DNA的提取效果有直接影响。为了不影响后期的PCR反应，提取的DNA需 要进行严格的纯化处理；(2)宏基因组DNA中包含有成千上万种微生物的DNA，即宏基因组 DNA在组成上比较复杂，含有大量的基因信息；(3)宏基因组DNA中不同种微生物DNA的丰 度存在极大的差异，高丰度菌的DNA的拷贝数可能是低丰度本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种直接从环境宏基因组克隆新功能基因的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：　　１）分离含目的基因的环境宏基因组ＤＮＡ；　　２）基于目的基因的保守序列设计简并引物对；　　３）利用简并引物从含目的基因的环境宏基因组ＤＮＡ中克隆目的基因的部分片段，比对所得的目的基因的部分片段，并选出用于目的基因克隆的片段；　　４）根据用于目的基因克隆的片段的序列设计４个特异性引物对，从上游至下游依次为特异性引物对ＳＰ１、ＳＰ２、ＳＰ３和ＳＰ４，各特异性引物对分别包含特异性上游引物和特异性下游引物；　　５）以特异性引物对ＳＰ１对所述用于目的基因克隆的片段进行第一轮ＴＡＩＬ－ＰＣＲ扩增；　　６）以特异性引物对ＳＰ２...

【技术特征摘要】
一种直接从环境宏基因组克隆新功能基因的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤1)分离含目的基因的环境宏基因组DNA；2)基于目的基因的保守序列设计简并引物对；3)利用简并引物从含目的基因的环境宏基因组DNA中克隆目的基因的部分片段，比对所得的目的基因的部分片段，并选出用于目的基因克隆的片段；4)根据用于目的基因克隆的片段的序列设计4个特异性引物对，从上游至下游依次为特异性引物对SP1、SP2、SP3和SP4，各特异性引物对分别包含特异性上游引物和特异性下游引物；5)以特异性引物对SP1对所述用于目的基因克隆的片段进行第一轮TAIL-PCR扩增；6)以特异性引物对SP2对和简并引物对第一轮TAIL-PCR产物进行第二轮TAIL-PCR扩增；7)以特异性引物对SP3对和简并引物对第二轮TAIL-PCR产物进行第三轮TAIL-PCR扩增；8)以特异性引物对SP4对和简并引物对第三轮TAIL-PCR产物进行第四轮TAIL-PCR扩增；9)分析第三轮和第四轮TAIL-PCR扩增产物，通过拼接获得目的基因的全序列。2. —种直接从环境宏基因组克隆新CP植酸酶的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤1) 分离山羊和牛的瘤胃液宏基因组DNA;2) 设计CP植酸酶的简并引物对CP-F:5' -GTGGACCTRCGRSARGARWCICA-3'，禾口CP-R :5' -GTCCGACCATTGCCTGCYTCRCARTGRAMRTGIADCCA-3'其中，Y代表C或T， R代表A或G， M代表A或C， D代表...

【专利技术属性】
技术研发人员：姚斌，黄火清，罗会颖，王亚茹，杨培龙，史秀云，孟昆，袁铁铮，石鹏君，柏映国，
申请(专利权)人：中国农业科学院饲料研究所，
类型：发明
国别省市：11[中国|北京]