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一种疾病生物标志物发掘方法、系统及介质技术方案

技术编号:42654693 阅读:39 留言:0更新日期:2024-09-06 01:47
本申请公开了一种疾病生物标志物发掘方法、系统及介质,该疾病生物标志物发掘方法包括以下步骤:基于多种生物信息学工具进行大范围的总蛋白库筛选,得到较大范围的筛选结果;基于GDAS系统程序进行筛选结果分析,筛选得到显著变化的糖蛋白列表;基于糖蛋白列表计算蛋白质组的不同糖肽的比例,并缩小蛋白质数据库范围;基于缩小范围后的蛋白质数据库分析查找疾病中的糖基化类型变化信息,得到靶糖蛋白质;针对筛选出的靶糖蛋白质进行结构解析,得到解析结果;通过对多种生物信息学工具的综合运用,筛选出临床之中与研究之中的潜在的生物标志物,提高筛选的效率和特异性。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及疾病发掘,具体涉及一种疾病生物标志物发掘方法、系统及介质


技术介绍

1、通过糖蛋白质的分析来筛查与疾病相关的生物标志物是疾病早期诊断和治疗预后的重要手段。蛋白糖基化,即糖分子(聚糖)与蛋白质的酶促附着,成为生物标志物发现的一个有前途的途径。聚糖对蛋白质的修饰影响其结构和生理功能,因此糖基化模式的改变常常与疾病的发生和进展相关。糖蛋白生物标志的筛查通常采用质谱来实现,即通过对大量临床样本质谱谱图,与人类蛋白组和聚糖组,通过生物信息学技术方法分析比较疾病中发生变化的糖基化。然而人类蛋白库的数量庞大,目前的分析软件无法有效实现精准快速对高通量糖蛋白数据库分析,为生物标志物的发现带来巨大挑战。


技术实现思路

1、本专利技术的目的是提出一种疾病生物标志物发掘方法以解决无法在两种或以上不同条件下(病理/生理等)高通量分析异常变化糖基化糖蛋白,无法快速有效识别与疾病相关联糖基化的瓶颈。

2、为达到上述专利技术目的,本专利技术采用的技术方案是:一种疾病生物标志物发掘方法,包括以下步骤:

...

【技术保护点】

1.一种疾病生物标志物发掘方法,其特征在于,包括以下步骤:

2.如权利要求1所述的疾病生物标志物发掘方法,其特征在于,步骤S1中多种生物信息学工具包括MSFragger、GlycReSoft、O-Pair或Byonic。

3.如权利要求2所述的疾病生物标志物发掘方法,其特征在于,糖基化类型包括N-糖基化与O-糖基化。使用GlycReSoft对N-糖基化的蛋白质进行筛选,确定变化显著即与疾病相关的N-糖蛋白;同时使用O-Pair对O-糖基化的蛋白质进行筛选,得到与疾病相关的O-糖蛋白。

4.如权利要求3所述的疾病生物标志物发掘方法,其特征在于,步骤S2中...

【技术特征摘要】

1.一种疾病生物标志物发掘方法,其特征在于,包括以下步骤:

2.如权利要求1所述的疾病生物标志物发掘方法,其特征在于,步骤s1中多种生物信息学工具包括msfragger、glycresoft、o-pair或byonic。

3.如权利要求2所述的疾病生物标志物发掘方法,其特征在于,糖基化类型包括n-糖基化与o-糖基化。使用glycresoft对n-糖基化的蛋白质进行筛选,确定变化显著即与疾病相关的n-糖蛋白;同时使用o-pair对o-糖基化的蛋白质进行筛选,得到与疾病相关的o-糖蛋白。

4.如权利要求3所述的疾病生物标志物发掘方法,其特征在于,步骤s2中分析算法步骤如下:

5.如权利要求4...

【专利技术属性】
技术研发人员:杨霜温昇烨高宇
申请(专利权)人:苏州大学
类型:发明
国别省市:

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